CAA54 · 1ère chambre - formation à 3 — 6 novembre 2025

Vu la procédure suivante : 
 
Procédure contentieuse antérieure :  
 
L’association pour la défense du patrimoine et du paysage de la vallée de la Vingeanne, la société pour la protection des paysages et de l’esthétique de la France, Mme D... B... et M. A... C... ont demandé au tribunal administratif de Besançon d’annuler l’arrêté du 28 avril 2016 par lequel le préfet de la Haute-Saône a délivré à la société Eole-Res, à laquelle a été substituée la société CEPE Trois Provinces, une autorisation unique portant sur la construction et l’exploitation d’un parc éolien composé de neuf aérogénérateurs et de trois postes de livraison sur le territoire de la commune de Champlitte et de mettre à la charge de l’Etat et de la société Eole-Res la somme de 3 000 euros au titre de l’article L. 761-1 du code de justice administrative. 
 
Par un jugement n° 1601044 du 5 décembre 2019, le tribunal administratif de Besançon a rejeté leur demande. 
 
 
 
Procédure devant la cour : 
 
I. Par une requête et des mémoires complémentaires enregistrés sous le n° 20NC00311 le 5 février 2020, le 26 juin 2021, le 29 novembre 2021, le 11 février 2022, le 3 mai 2024 et le 10 juin 2024, un mémoire récapitulatif produit en application de l’article R. 611-8-1 du code de justice administrative enregistré le 16 juillet 2025 et des mémoires enregistrés le 22 août 2025 et le 23 septembre 2025, l’association pour la défense du patrimoine et du paysage de la vallée de la Vingeanne, la société pour la protection des paysages et de l’esthétique de la France, Mme D... B... et M. A... C..., représentés par Me Monamy demandent à la cour, dans le dernier état de leurs écritures :  
 
1°) d’annuler ce jugement du tribunal administratif de Besançon ; 
 
2°) d’annuler l’arrêté du préfet de la Haute-Saône du 28 avril 2016 ainsi que les arrêtés modificatifs du 15 avril 2022 et du 27 octobre 2023 accordant à la société CEPE Trois Provinces une autorisation unique portant sur la construction et l’exploitation d’un parc éolien composé de neuf aérogénérateurs et de trois postes de livraison sur le territoire de la commune de Champlitte ;  
 
3°) subsidiairement, en cas d’annulation partielle ou de sursis à statuer en vue d’une régularisation, de suspendre l’exécution des parties de l’arrêté du 28 avril 2016 non viciées ;  
 
4°) de mettre à la charge de l’Etat et de la société CEPE Trois Provinces la somme de 3 000 euros au titre de l’article L. 761-1 du code de justice administrative. 
 
Les requérants soutiennent que :  
- la requête d’appel est recevable ; ils justifient d’un intérêt leur donnant qualité pour agir contre l’arrêté préfectoral ; 
- l’avis émis par l’autorité environnementale est irrégulier dès lors qu’il a été rendu en méconnaissance du 1 de l’article 6 de la directive n° 2011/92/UE du 13 décembre 2011 ; cette irrégularité implique l’annulation de l’arrêté du 28 avril 2016 et des arrêtés modificatifs du 15 avril 2022 et du 27 octobre 2023 ;  
- l’étude d’impact est insuffisante ; l’impact résiduel du projet sur les chiroptères a été évalué de manière erronée ; l’évaluation de l’état initial du secteur d’un point de vue avifaunistique est erronée ; les impacts du déboisement sur les habitats naturels d’espèces protégées est évalué de manière erronée ;  
- l’arrêté modificatif du 15 avril 2022 est insuffisamment motivé ;  
- le projet porte atteinte à l’environnement en créant un effet de saturation visuelle pour les habitants des communes alentour ;  
- le projet porte atteinte à des espèces de chiroptères et d’oiseaux protégés en méconnaissance des articles L. 511-1 du code de l’environnement ;   
- compte tenu de l’impact du projet sur des espèces protégées une demande de dérogation à l’interdiction de destruction des espèces protégées et de destruction des habitats naturels aurait dû être présentée sur le fondement de l’article L. 411-2 du code de l’environnement.  
 
 
 
Par des mémoires en défense, enregistrés le 26 avril 2021, le 25 octobre 2021, le 14 janvier 2022, le 18 janvier 2022, le 21 mars 2024, le 15 juillet 2024, le 22 août 2025 et le 3 octobre 2025, la société CPE Trois Provinces, représentée par Me Cambus, conclut à titre principal au rejet de la requête, subsidiairement à ce qu’il soit sursis à statuer afin de permettre la régularisation des vices qui seraient retenus et de mettre à la charge de chacun des requérants la somme de 1 000 euros en application de l’article L. 761-1 du code de justice administrative. 
 
Elle soutient que la requête de Mme D... B... et de M. A... C... est irrecevable et que les moyens soulevés par l’association pour la défense du patrimoine et du paysage de la vallée de la Vingeanne, la société pour la protection des paysages et de l’esthétique de la France ne sont pas fondés. 
 
 
Par un mémoire en défense, enregistré le 22 septembre 2021, le ministre de la transition écologique conclut au rejet de la requête. 
 
La clôture d’instruction a été fixée au 8 octobre 2025 à 12h00 par une ordonnance du 6 octobre 2025.  
 
Les parties ont été informées, en application des dispositions de l’article R. 611-7 du code de justice administrative, de ce que l’arrêt était susceptible d’être fondé sur un moyen relevé d’office, tiré de l’irrecevabilité des conclusions d’annulation contre les arrêtés du 15 avril 2022 et du 27 octobre 2023 qui soulèvent un litige distinct.  
 
 
II. Par une requête et des mémoires complémentaires enregistrés sous le n° 22NC02181 le 16 août 2022, le 3 mai 2024, le 10 juin 2024, un mémoire récapitulatif produit en application de l’article R. 611-8-1 du code de justice administrative enregistré le 16 juillet 2025 et des mémoires enregistrés le 22 août 2025 et le 23 septembre 2025, l’association pour la défense du patrimoine et du paysage de la vallée de la Vingeanne, la société pour la protection des paysages et de l’esthétique de la France, représentés par Me Monamy demandent à la cour, dans le dernier état de leurs écritures:  
 
1°) d’annuler l’arrêté du préfet de la Haute-Saône du 15 avril 2022 et du 27 octobre 2023 modifiant l’arrêté du 28 avril 2016 accordant à la société CEPE Trois Provinces une autorisation unique portant sur la construction et l’exploitation d’un parc éolien composé de neuf aérogénérateurs et de trois postes de livraison sur le territoire de la commune de Champlitte ;  
 
2°) subsidiairement, en cas d’annulation partielle ou de sursis à statuer en vue d’une régularisation, de suspendre l’exécution des parties de l’arrêté du 28 avril 2016 non viciées ;  
 
3°) de mettre à la charge de l’Etat et de la société CEPE Trois Provinces la somme de 3 000 euros au titre de l’article L. 761-1 du code de justice administrative. 
 
Ils soutiennent que :  
- la requête d’appel est recevable ; ils justifient d’un intérêt leur donnant qualité pour agir contre l’arrêté préfectoral ; 
 
 
 
- l’avis émis par l’autorité environnementale est irrégulier dès lors qu’il a été rendu en méconnaissance du 1 de l’article 6 de la directive n° 2011/92/UE du 13 décembre 2011 ; cette irrégularité implique l’annulation de l’arrêté du 28 avril 2016 et des arrêtés modificatifs du 15 avril 2022 et du 27 octobre 2023 ;  
- l’étude d’impact est insuffisante ; l’impact résiduel du projet sur les chiroptères a été évalué de manière erronée ; l’évaluation de l’état initial du secteur d’un point de vue avifaunistique est erronée ; les impacts du déboisement sur les habitats naturels d’espèces protégées est évalué de manière erronée ;  
- l’arrêté modificatif du 15 avril 2022 est insuffisamment motivé ;  
- le projet porte atteinte à l’environnement en créant un effet de saturation visuelle pour les habitants des communes alentour ;  
- le projet porte atteinte à des espèces de chiroptères et d’oiseaux protégés en méconnaissance des articles L. 511-1 du code de l’environnement ;   
- compte tenu de l’impact du projet sur des espèces protégées une demande de dérogation à l’interdiction de destruction des espèces protégées et de destruction des habitats naturels aurait dû être présentée sur le fondement de l’article L. 411-2 du code de l’environnement.  
 
 
Par un mémoire en défense, enregistré le 25 mai 2023, le ministre de la transition écologique conclut au rejet de la requête ; subsidiairement si une dérogation sur le fondement de l’article L. 411-2 du code de l’environnement était requise, il demande à ce que la cour fasse usage des pouvoirs qu’elle tient du II de l’article L. 181-18 du code de l’environnement et à ce qu’il soit sursis à statuer en vue d’une régularisation de l’arrêté. 
 
 
Par des mémoires en défense, enregistrés les 23 mai 2023, 20 juin 2023, 12 mars 2024, 21 mars 2024, le 15 juillet 2024, le 22 août 2025 et le 3 octobre 2025, la société CPE Trois Provinces, représentée par Me Cambus, conclut à titre principal au rejet de la requête, subsidiairement à ce qu’il soit sursis à statuer afin de permettre la régularisation des vices qui seraient retenus et de mettre à la charge de chacun des requérants la somme de 1 000 euros en application de l’article L. 761-1 du code de justice administrative. 
 
 
Par des mémoires en défense, enregistrés le 31 mai 2024, le 8 juillet 2024 et le 20 août 2025 le préfet de la Haute-Saône conclut au rejet de la requête 
 
Il soutient que la requête est irrecevable en l’absence d’intérêt donnant qualité pour agir aux requérants ; subsidiairement que les moyens soulevés par les requérants ne sont pas fondés. 
 
Les parties ont été informées, en application des dispositions de l’article R. 611-7 du code de justice administrative, de ce que l’arrêt était susceptible d’être fondé sur un moyen relevé d’office, tiré de l’irrecevabilité des conclusions d’annulation contre l’arrêté du 15 avril 2016 qui relèvent d’un litige distinct et tiré de l’irrecevabilité des conclusions d’annulation contre l’arrêté du 27 octobre 2023 présentées après l’expiration du délai de recours contentieux.  
 
 
 
Vu les autres pièces des dossiers.  
 
Vu :  
- la directive n° 2011/92/UE du 13 décembre 2011 ;  
- le code de l’environnement ; 
- l’ordonnance n° 2017-80 du 26 janvier 2017 ; 
- le code de justice administrative. 
 
 
Les parties ont été régulièrement averties du jour de l’audience. 
 
Ont été entendus au cours de l’audience publique : 
- le rapport de Mme Guidi, présidente, 
- les conclusions de M. Denizot, rapporteur public, 
- et les observations de Me Monamy avocat de l’association pour la défense du patrimoine et du paysage de la vallée de la Vingeanne, ainsi que celles de Me Cambus avocat de la société CPE Trois Provinces. 
 
 
Des notes en délibéré ont été enregistrées le 17 octobre 2025 pour la société CPE Trois Provinces. 
 
 
Considérant ce qui suit : 
 
1. Le 27 avril 2015, la société Eole-Res, à laquelle la société CEPE Trois Provinces s’est substituée, a déposé une demande d’autorisation unique pour la construction et l’exploitation de neuf éoliennes et de trois postes de livraison sur le territoire de la commune de Champlitte. Par un arrêté du 28 avril 2016, le préfet de la Haute-Saône a délivré cette autorisation. L’association pour la défense du patrimoine et du paysage de la vallée de la Vingeanne, la société pour la protection des paysages et de l’esthétique de la France, Mme B... et M. C... relèvent appel du jugement du 5 décembre 2019 par lequel le tribunal administratif de Besançon a rejeté leur recours en annulation de cet arrêté. L’association pour la défense du patrimoine et du paysage de la vallée de la Vingeanne, la société pour la protection des paysages et de l’esthétique de la France, Mme B... et M. C... demandent également, par une requête distincte, l’annulation des arrêtés du préfet de la Haute-Saône du 15 avril 2022 et du 27 octobre 2023 modifiant l’arrêté du 28 avril 2016. 
 
2. Les requêtes n° 20NC00311 et n° 22NC02181 dirigées contre les arrêtés du préfet de la Haute-Saône du 15 avril 2022 et du 27 octobre 2023 modifiant l’arrêté du 28 avril 2016 accordant à la société CEPE Trois Provinces une autorisation unique portant sur la construction et l’exploitation d’un parc éolien composé de neuf aérogénérateurs et de trois postes de livraison sur le territoire de la commune de Champlitte, présentées par l’association pour la défense du patrimoine et du paysage de la vallée de la Vingeanne et autres présentent à juger les mêmes questions. Il y a lieu de les joindre pour statuer par un seul arrêt. 
 
 
 
 
Sur le cadre juridique applicable : 
 
3. En premier lieu, aux termes de l’article 15 de l’ordonnance n° 2017-80 du 26 janvier 2017 : « Les dispositions de la présente ordonnance entrent en vigueur le 1er mars 2017, sous réserve des dispositions suivantes : / 1° Les autorisations délivrées au titre du chapitre IV du titre Ier du livre II ou du chapitre II du titre Ier du livre V du code de l’environnement dans leur rédaction antérieure à la présente ordonnance, ou au titre de l’ordonnance n° 2014-355 du 20 mars 2014 ou de l’ordonnance n° 2014-619 du 12 juin 2014, avant le 1er mars 2017, sont considérées comme des autorisations environnementales relevant du chapitre unique du titre VIII du livre Ier de ce code, avec les autorisations, enregistrements, déclarations, absences d’opposition, approbations et agréments énumérés par le I de l’article L. 181-2 du même code que les projets ainsi autorisés ont le cas échéant nécessités ; les dispositions de ce chapitre leur sont dès lors applicables, notamment lorsque ces autorisations sont contrôlées, modifiées, abrogées, retirées, renouvelées, transférées, contestées ou lorsque le projet autorisé est définitivement arrêté et nécessite une remise en état ; / 2° Les demandes d’autorisation au titre du chapitre IV du titre Ier du livre II ou du chapitre II du titre Ier du livre V du code de l’environnement, ou de l’ordonnance n° 2014-355 du 20 mars 2014 ou de l’ordonnance n° 2014-619 du 12 juin 2014 régulièrement déposées avant le 1er mars 2017 sont instruites et délivrées selon les dispositions législatives et réglementaires dans leur rédaction antérieure à l’entrée en vigueur de la présente ordonnance ; après leur délivrance, le régime prévu par le 1° leur est applicable (…) ». Sous réserve des dispositions de son article 15, l’article 16 de la même ordonnance abroge les dispositions de l’ordonnance n° 2014-355 du 20 mars 2014. 
 
4. Il appartient au juge du plein contentieux des installations classées pour la protection de l’environnement d’apprécier le respect des règles relatives à la forme et la procédure régissant la demande d’autorisation au regard des circonstances de fait et de droit en vigueur à la date de délivrance de l’autorisation et celui des règles de fond régissant le projet en cause au regard des circonstances de fait et de droit en vigueur à la date à laquelle il se prononce, sous réserve du respect des règles d’urbanisme qui s’apprécie au regard des circonstances de fait et de droit applicables à la date de l’autorisation. Les demandes d’autorisation régulièrement déposées avant le 1er mars 2017 sont instruites et délivrées selon les dispositions législatives et réglementaires dans leur rédaction antérieure à l’entrée en vigueur de l’ordonnance du 26 janvier 2017. 
 
5. En deuxième lieu, aux termes de l’article R. 311-5 du code de justice administrative : «  Les cours administratives d’appel sont compétentes pour connaître, en premier et dernier ressort, des litiges portant sur les décisions suivantes, y compris leur refus, relatives aux installations de production d’électricité utilisant l’énergie mécanique du vent classées au titre de l’article L. 511-2 du code de l’environnement, à leurs ouvrages connexes, ainsi qu’aux ouvrages de raccordement propres au producteur et aux premiers postes du réseau public auxquels ils sont directement raccordés : (…) 20° Les décisions modifiant ou complétant les prescriptions contenues dans les autorisations mentionnées au présent article ». 
 
Sur la recevabilité des conclusions de la requête n° 20NC00311 : 
 
6. Les conclusions de l’association pour la défense du patrimoine et du paysage de la vallée de la Vingeanne et autres tendant à l’annulation des arrêtés du préfet de la Haute-Saône du 15 avril 2022 et du 27 octobre 2023 modifiant l’arrêté du 28 avril 2016 accordant à la société CEPE Trois Provinces une autorisation unique portant sur la construction et l’exploitation d’un parc éolien composé de neuf aérogénérateurs et de trois postes de livraison sur le territoire de la commune de Champlitte présentées dans la requête n° 20NC00311 d’appel contre le jugement du tribunal administratif de Besançon du 5 décembre 2019 soulèvent un litige distinct et sont par suite irrecevables.  
 
 
Sur la recevabilité des conclusions de la requête n° 22NC02181 :  
 
7. En premier lieu, les conclusions de l’association pour la défense du patrimoine et du paysage de la vallée de la Vingeanne et autres tendant à l’annulation de l’arrêté du préfet de la Haute-Saône du 28 avril 2016 accordant à la société CEPE Trois Provinces une autorisation unique portant sur la construction et l’exploitation d’un parc éolien composé de neuf aérogénérateurs et de trois postes de livraison sur le territoire de la commune de Champlitte présentées dans la requête n° 22NC02181 soulèvent un litige distinct de celui tendant à l’annulation des arrêtés du préfet de la Haute-Saône du 15 avril 2022 et du 27 octobre 2023 modifiant l’arrêté du 28 avril 2016 et sont par suite irrecevables. 
 
8. En deuxième lieu, aux termes de l’article R. 181-50 du code de l’environnement, dans sa rédaction applicable au litige : « Les décisions mentionnées aux articles L. 181-12 à L. 181-15-1 peuvent être déférées à la juridiction administrative : 2° Par les tiers intéressés en raison des inconvénients ou des dangers pour les intérêts mentionnés à l’article L. 181-3, dans un délai de quatre mois à compter de : L’affichage en mairie dans les conditions prévues au 2° de l’article R. 181-44 ; b) La publication de la décision sur le site internet de la préfecture prévue au 4° du même article. Le délai court à compter de la dernière formalité accomplie. Si l’affichage constitue cette dernière formalité, le délai court à compter du premier jour d’affichage de la décision. ». Aux termes de l’article R. 181-45 du même code : « (…) L’arrêté complémentaire est publié sur le site internet des services de l’Etat dans le département où il a été délivré, pendant une durée minimale de quatre mois ». 
 
9. Il résulte de l’instruction que l’arrêté complémentaire du préfet de la Haute-Saône du 27 octobre 2023 a été publié sur le site internet de la préfecture de la Haute-Saône le 3 novembre 2023. Par suite, les conclusions tendant à son annulation, enregistrées le 10 juin 2024, sont tardives et doivent être rejetées comme irrecevables. 
 
Sur les fins de non-recevoir opposées par la société CEPE Trois Provinces :  
 
10. Dans l’hypothèse où des conclusions communes sont présentées par des requérants différents dans une même requête, il suffit que l’un des requérants soit recevable à agir devant la juridiction pour que le juge puisse, au vu d’un moyen soulevé par ce requérant, faire droit à ces conclusions communes. 
 
11. En premier lieu, la société pour la protection des paysages et de l’esthétique de la France, association agréée pour la protection de l’environnement en application de l’article L. 141-1 du code de l’environnement, a pour but, en vertu de l’article 1er de ses statuts, « d’empêcher que les sites naturels ou urbains qui font la beauté du visage de la France, ne soient dégradés ou détruits par des spéculations des industries, des constructions, des travaux publics, conçus, installés, exécutés sans aucun souci de l’aspect de la région et des intérêts même matériels qui sont attachés à cet aspect ». Cet objet social lui confère ainsi un intérêt suffisant pour agir contre l’arrêté du 28 avril 2016 du préfet de la Haute-Saône modifié par les arrêtés du 15 avril 2022 et du 27 octobre 2023 accordant à la société  
 
CEPE Trois Provinces une autorisation unique portant sur la construction et l’exploitation d’un parc éolien. 
 
12. En deuxième lieu, l’association pour la défense du patrimoine et du paysage de la vallée de la Vingeanne a, aux termes de l’article 2 de ses statuts, pour objet « la défense de l’environnement et du patrimoine culturel de la vallée de la Vingeanne en la protégeant des projets qui auraient un impact sur l’environnement, sur le paysage, sur le bâti de caractère ou sur la qualité de vie. Les activités de l’association se limitent aux communes situées sur la Vingeanne dans le département de la Côte-d’Or ainsi qu’aux communes voisines dans les départements de la Côte-d’Or, de la Haute-Marne et de la Haute-Saône. Ainsi l’association étend son action aux communes suivantes : […] Champlitte […] ». Cet objet social lui confère ainsi un intérêt suffisant pour agir contre l’arrêté du 28 avril 2016 du préfet de la Haute-Saône modifié par les arrêtés du 15 avril 2022 et du 27 octobre 2023 accordant à la société CEPE Trois Provinces une autorisation unique portant sur la construction et l’exploitation d’un parc éolien. 
 
13. En troisième lieu, Mme D... B... et M. A... C... qui résident à Orain, commune limitrophe du projet, soutiennent qu’ils ont un intérêt pour agir en se prévalant de la proximité de leurs habitations avec les lieux d’implantation des éoliennes et de l’impact visuel qui en résultera du fait de la topographie des lieux. Il résulte de l’instruction que les éoliennes C4 à C9 seront visibles depuis la propriété de M. C... et l’éolienne C9 sera visible depuis la propriété de Mme B.... Dans ces conditions, Mme B... et M. C... justifient d’un intérêt leur donnant qualité pour agir. 
 
14. Il résulte de ce qui précède que les fins de non-recevoir tirées du défaut d’intérêt donnant qualité pour agir des requérants opposées par la société CEPE Trois Provinces doivent être écartées. 
 
Sur les conclusions à fin d’annulation :  
 
En ce qui concerne l’avis de l’autorité environnementale : 
 
15. Aux termes du III de l’article L. 122-1 du code de l’environnement dans sa rédaction en vigueur à la date de l’arrêté attaqué : « Dans le cas d’un projet relevant des catégories d’opérations soumises à étude d’impact, le dossier présentant le projet, comprenant l’étude d’impact et la demande d’autorisation, est transmis pour avis à l’autorité administrative de l’Etat compétente en matière d’environnement (…) ». Aux termes du III de l’article R. 122-6 du code de l’environnement alors applicable : « III.- Dans les cas ne relevant pas du I ou du II, l’autorité administrative de l’Etat compétente en matière d’environnement mentionnée à l’article L. 122-1 est le préfet de la région sur le territoire de laquelle le projet de travaux, d’ouvrage ou d’aménagement doit être réalisé. Lorsque le projet est situé sur plusieurs régions ou lorsqu’il appartient à un programme de travaux au sens du II de l’article L. 122-1 situé sur plusieurs régions et ne relevant pas du I ou du II ci-dessus, la décision d’examen au cas par cas en application de l’article R. 122-3 ou l’avis sont rendus conjointement par les préfets de région concernés ». 
 
16. D’une part, la directive du Parlement européen et du Conseil du 27 juin 2001 relative à l’évaluation des incidences de certains plans et programmes sur l’environnement comme celle du  13 décembre 2011 concernant l’évaluation des incidences de certains projets publics et privés sur  
 
 
l’environnement ont pour finalité commune de garantir qu’une autorité compétente et objective en matière d’environnement soit en mesure de rendre un avis sur l’évaluation environnementale des plans  
et programmes ou sur l’étude d’impact des projets, publics ou privés, susceptibles d’avoir des incidences notables sur l’environnement, avant leur approbation ou leur autorisation, afin de permettre la prise en compte de ces incidences. Eu égard à l’interprétation des dispositions de l’article 6 de la directive du 27 juin 2001 donnée par la Cour de justice de l’Union européenne dans son arrêt rendu le 20 octobre 2011 dans l’affaire C-474/10, et à la finalité identique des dispositions des deux directives relatives au rôle « des autorités susceptibles d’être concernées par le projet, en raison de leurs responsabilités spécifiques en matière d’environnement », il résulte clairement des dispositions de l’article 6 de la directive du 13 décembre 2011 que, si elles ne font pas obstacle à ce que l’autorité publique compétente pour autoriser un projet ou en assurer la maîtrise d’ouvrage soit en même temps chargée de la consultation en matière environnementale, elles imposent cependant que, dans une telle situation, une séparation fonctionnelle soit organisée au sein de cette autorité, de manière à ce qu’une entité administrative, interne à celle-ci, dispose d’une autonomie réelle, impliquant notamment qu’elle soit pourvue de moyens administratifs et humains qui lui sont propres, et soit ainsi en mesure de remplir la mission de consultation qui lui est confiée et de donner un avis objectif sur le projet concerné. 
 
17. D’autre part, lorsque le projet est autorisé par un préfet de département autre que le préfet de région, l’avis rendu sur le projet par le préfet de région en tant qu’autorité environnementale doit, en principe, être regardé comme ayant été émis par une autorité disposant d’une autonomie réelle répondant aux exigences de l’article 6 de la directive, sauf dans le cas où c’est le même service qui a, à la fois, instruit la demande d’autorisation et prépare l’avis de l’autorité environnementale. En particulier, les exigences de la directive, tenant à ce que l’entité administrative appelée à rendre l’avis environnemental sur le projet dispose d’une autonomie réelle, impliquant notamment qu’elle soit pourvue de moyens administratifs et humains qui lui soient propres, ne peuvent être regardées comme satisfaites lorsque le projet a été instruit pour le compte du préfet de département par la Direction régionale de l’environnement, de l’aménagement et du logement (DREAL) et que l’avis environnemental émis par le préfet de région a été préparé par la même direction, à moins que l’avis n’ait été préparé, au sein de cette direction, par le service mentionné à l’article R. 122-21 du code de l’environnement qui a spécialement pour rôle de préparer les avis des autorités environnementales. 
 
18. En l’espèce, l’avis de l’autorité environnementale a été émis le 25 septembre 2015 par le préfet de la région Bourgogne-Franche-Comté et l’autorisation litigieuse a été délivrée par la préfète de la Haute-Saône, qui n’avait pas qualité de préfète de région. Cependant, l’instruction du projet pour le compte de la préfète de la Haute-Saône a été réalisée par la DREAL de Bourgogne-Franche-Comté et il résulte des termes même de l’avis environnemental qu’il a été préparé par l’unité « inter départementale 25-70-90 antenne de Vesoul » de la DREAL de Bourgogne-Franche-Comté et a été signé par le secrétaire général pour les affaires régionales pour le préfet de région, de sorte qu’il n’apparaît pas qu’il ait été préparé par un service disposant d’une autonomie réelle et, notamment, pourvu de moyens administratifs et humains qui lui soient propres. Par suite, l’association pour la défense du patrimoine et du paysage de la vallée de la Vingeanne et autres sont fondées à soutenir que l’avis de l’autorité environnementale est irrégulier.  
 
19. Si les actes administratifs doivent être pris selon les formes et conformément aux procédures prévues par les lois et règlements, un vice affectant le déroulement d’une procédure administrative préalable, suivie à titre obligatoire ou facultatif, n’est de nature à entacher d’illégalité la décision prise que s’il ressort des pièces du dossier qu’il a été susceptible d’exercer, en l’espèce, une influence sur le sens de la décision prise ou qu’il a privé les intéressés d’une garantie.  
 
20. L’évaluation environnementale a pour objet d’assurer un niveau élevé de protection de l’environnement afin de respecter notamment les objectifs de la directive du 13 décembre 2011 précitée. Compte tenu du rôle joué par l’autorité environnementale au début du processus d’évaluation, de l’autonomie dont cette autorité doit disposer et de la portée de l’avis qu’elle rend, l’irrégularité qui l’entache a été de nature à priver le public de la garantie tendant à ce qu’un avis objectif émis par une autorité disposant d’une autonomie réelle soit émis sur les projets susceptibles d’avoir des incidences notables sur l’environnement. 
 
21. Il résulte de ce qui précède que l’irrégularité de l’avis émis par l’autorité environnementale entache d’illégalité l’arrêté modifié du préfet de la Haute-Saône du 28 avril 2016 accordant à la société CEPE Trois Provinces une autorisation unique portant sur la construction et l’exploitation d’un parc éolien composé de neuf aérogénérateurs et de trois postes de livraison sur le territoire de la commune de Champlitte. 
 
En ce qui concerne la demande de dérogation sur le fondement de l’article L. 411-2 du code de l’environnement :  
 
22. D’une part, aux termes de l’article L. 411-1 du code de l’environnement : « I. - Lorsqu’un intérêt scientifique particulier, le rôle essentiel dans l’écosystème ou les nécessités de la préservation du patrimoine naturel justifient la conservation de sites d’intérêt géologique, d’habitats naturels, d’espèces animales non domestiques ou végétales non cultivées et de leurs habitats, sont interdits: / 1° La destruction ou l’enlèvement des œufs ou des nids, la mutilation, la destruction, la capture ou l’enlèvement, la perturbation intentionnelle, la naturalisation d’animaux de ces espèces ou, qu’ils soient vivants ou morts, leur transport, leur colportage, leur utilisation, leur détention, leur mise en vente, leur vente ou leur achat ; (…) / 3° La destruction, l’altération ou la dégradation de ces habitats naturels ou de ces habitats d’espèces (…) ».  
 
23. D’autre part, aux termes de l’article L. 411-2 du même code : « I. – Un décret en Conseil d’Etat détermine les conditions dans lesquelles sont fixées : (…) / 4° La délivrance de dérogations aux interdictions mentionnées aux 1°, 2° et 3° de l’article L. 411-1, à condition qu’il n’existe pas d’autre solution satisfaisante, pouvant être évaluée par une tierce expertise menée, à la demande de l’autorité compétente, par un organisme extérieur choisi en accord avec elle, aux frais du pétitionnaire, et que la dérogation ne nuise pas au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle : a) Dans l’intérêt de la protection de la faune et de la flore sauvages et de la conservation des habitats naturels ; (…) c) Dans l’intérêt de la santé et de la sécurité publiques ou pour d’autres raisons impératives d’intérêt public majeur, y compris de nature sociale ou économique, et pour des motifs qui comporteraient des conséquences bénéfiques primordiales pour l’environnement ; (…) ». Aux termes de l’article L. 411-2-1 du code de l’environnement : « La dérogation mentionnée au 4° du I de l’article L. 411-2 n’est pas requise lorsqu’un projet comporte des mesures d’évitement et de réduction 
présentant des garanties d’effectivité telles qu’elles permettent de diminuer le risque de destruction ou de perturbation des espèces mentionnées à l’article L. 411-1 au point que ce risque apparaisse comme n’étant pas suffisamment caractérisé et lorsque ce projet intègre un dispositif de suivi permettant d’évaluer l’efficacité de ces mesures et, le cas échéant, de prendre toute mesure supplémentaire nécessaire pour garantir l’absence d’incidence négative importante sur le maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées./Sont réputés répondre à une raison impérative d’intérêt public majeur, au sens du c du 4° du I de l’article L. 411-2 du présent code, les projets d’installations de production d’énergies renouvelables ou de stockage d’énergie dans le système électrique satisfaisant aux conditions prévues à l’article L. 211-2-1 du code de l’énergie.(…) ». 
 
24. Il résulte de ces dispositions que la destruction ou la perturbation des espèces animales concernées, ainsi que la destruction ou la dégradation de leurs habitats, sont interdites. Toutefois, l’autorité administrative peut déroger à ces interdictions dès lors que sont remplies trois conditions distinctes et cumulatives tenant d’une part, à l’absence de solution alternative satisfaisante, d’autre part, à la condition de ne pas nuire au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle et, enfin, à la justification de la dérogation par l’un des motifs limitativement énumérés et parmi lesquels figure le fait que le projet réponde, par sa nature et compte tenu des intérêts économiques et sociaux en jeu, à une raison impérative d’intérêt public majeur. 
 
25. Le système de protection des espèces résultant des dispositions citées ci-dessus, qui concerne les espèces de mammifères terrestres et d’oiseaux figurant sur les listes fixées par les arrêtés du 23 avril 2007 et du 29 octobre 2009, impose d’examiner si l’obtention d’une dérogation est nécessaire dès lors que des spécimens de l’espèce concernée sont présents dans la zone du projet, sans que l’applicabilité du régime de protection dépende, à ce stade, ni du nombre de ces spécimens, ni de l’état de conservation des espèces protégées présentes. 
 
26. Il résulte de l’instruction que le projet de la société CEPE Trois Provinces est pour partie situé en zone forestière et implique un déboisement d’une superficie de 8,5 ha dont 3 ha soumis à autorisation de défrichement. Ainsi que le décrivent l’étude d’impact initiale et son actualisation de juin 2023, ces zones boisées sont riches en avifaune, soixante-six espèces d’oiseaux dont douze figurent sur la liste de l’arrêté du 29 octobre 2009 modifié fixant la liste des oiseaux protégés sur l’ensemble du territoire et les modalités de leur protection ayant été recensées dans la zone d’étude rapprochée, dont le pic noir et le pic mar, espèces forestières nicheuses protégées. Les enjeux de protection de ces espèces ont été évalués à fort avant mesures d’évitement et de réduction pour le dérangement des espèces en nidification durant les travaux. Par ailleurs vingt-six espèces de chauves-souris, qui figurent sur la liste des mammifères terrestre protégés sur l’ensemble du territoire et les modalités de leur protection, fixée par l’arrêté du 23 avril 2007 modifié ont été recensées. Les enjeux de protection de ces espèces, et en particulier de la barbastelle d’Europe, du minioptère de Shreibers, de la pipistrelle commune, du grand murin, du grand rhinolophe, grand murin à oreille échancrée, petit rhinolophe, murin de Beichtein, murin de Brandt, noctule commune, noctule de Leister et sérotine commune ont été évalués de modéré à fort avant mesures d’évitement et de réduction. Il résulte également de l’instruction que la majeure partie des contacts de chiroptères d’intérêt patrimonial a été enregistrée au niveau du sol. L’étude d’impact identifie en outre pour les sites d’implantation de l’accès à l’éolienne C9 et de la zone d’emprise du chemin créé pour accéder aux éoliennes C5 et C6 des risques de destruction d’individus ou de colonies en gîtage dans les arbres. Dans ces conditions, eu égard à l’altération ou la dégradation des habitats d’espèces protégées dans le cadre des opérations de déboisement et de défrichement requises par le projet, le risque les concernant est suffisamment caractérisé et impose de solliciter la dérogation prévue au 4° de l’article L. 411-2 du code de l’environnement.  
 
 
 
En ce qui concerne les conséquences à tirer des vices entachant d’illégalité l’arrêté du 28 avril 2016 modifié : 
 
27. Aux termes du I de l’article L. 181-18 du code de l’environnement : « Le juge administratif qui, saisi de conclusions dirigées contre une autorisation environnementale, estime, après avoir constaté que les autres moyens ne sont pas fondés : / 1° Qu’un vice n’affecte qu’une phase de l’instruction de la demande d’autorisation environnementale, ou une partie de cette autorisation, peut limiter à cette phase ou à cette partie la portée de l’annulation qu’il prononce et demander à l’autorité administrative compétente de reprendre l’instruction à la phase ou sur la partie qui a été entachée d’irrégularité ; / 2° Qu’un vice entraînant l’illégalité de cet acte est susceptible d’être régularisé par une autorisation modificative peut, après avoir invité les parties à présenter leurs observations, surseoir à statuer jusqu’à l’expiration du délai qu’il fixe pour cette régularisation. Si une telle autorisation modificative est notifiée dans ce délai au juge, celui-ci statue après avoir invité les parties à présenter leurs observations. II.- En cas d’annulation ou de sursis à statuer affectant une partie seulement de l’autorisation environnementale, le juge détermine s’il y a lieu de suspendre l’exécution des parties de l’autorisation non viciées ».  
 
28. Cet article précise le régime contentieux de l’autorisation environnementale. Ses dispositions mentionnent la faculté, pour le juge, de prononcer des annulations limitées soit à une ou plusieurs des anciennes autorisations désormais regroupées dans l’autorisation environnementale, soit à certains éléments de ces autorisations à la condition qu’ils en soient divisibles et prévoient que le juge, en cas d’annulation ou de sursis à statuer affectant une partie seulement de l’autorisation environnementale, détermine s’il y a lieu de suspendre l’exécution des parties non viciées de celle-ci. 
 
29. Il résulte de ce qui précède que l’autorisation en litige est entachée de deux vices tirés de l’irrégularité de l’avis de l’autorité environnementale et de l’absence de demande de dérogation prévue au 4° de l’article L. 411-2 du code de l’environnement. Ces illégalités peuvent toutefois être régularisées.  
 
En ce qui concerne la régularisation du vice affectant l’avis de l’autorité environnementale : 
 
30. L’irrégularité de l’avis émis par l’autorité environnementale peut être régularisée par la consultation d’une autorité environnementale présentant les garanties d’impartialité requises. 
 
31. Pour que cette régularisation puisse être effectuée, ce nouvel avis devra être rendu dans les conditions définies aux articles R. 122-6 à R. 122-8 et R. 122-24 du code de l’environnement, applicables à la date de l’émission de cet avis ou de la constatation de l’expiration du délai requis pour qu’il soit rendu, par la mission régionale de l’autorité environnementale (MRAe) compétente pour la région Bourgogne-Franche-Comté. Ce nouvel avis devra être rendu au regard d’informations actualisées sur le parc concernant notamment les espèces protégées et les mesures pour éviter, réduire et compenser l’impact sur celles-ci, ainsi que les informations relatives à la demande de dérogation relative aux espèces protégées et à son instruction.  
 
32. Lorsque ce nouvel avis aura été rendu, ou lorsqu’il sera constaté que la mission régionale de l’autorité environnementale compétente pour la région Bourgogne-Franche-Comté n’a pas émis d’observations dans le délai qui lui est imparti par les dispositions du code de l’environnement mentionnées au point précédent, ce nouvel avis ou l’information relative à l’absence d’observations  
 
émises par la mission régionale sera mis en ligne sur un site internet suffisamment accessible et ayant une notoriété suffisante, tels que le site de la préfecture de la région Bourgogne-Franche-Comté ou celui de la préfecture de Haute-Saône, de manière à ce qu’une information suffisante du public soit assurée et que celui-ci ait la possibilité, par des cadres définis et pouvant accepter un nombre suffisant de caractères, de présenter ses observations et propositions. L’accessibilité de cet avis implique également qu’il soit renvoyé à son contenu intégral par un lien hypertexte figurant sur la page d’accueil du site en cause. 
 
33. Dans l’hypothèse où, après avoir tenu compte d’éventuels changements significatifs des circonstances de fait, ce nouvel avis indiquerait, comme le faisait l’avis irrégulièrement émis le 25 septembre 2015 que le dossier de création du parc éolien des Trois Provinces est assorti d’une étude d’impact de qualité suffisante, le préfet de la Haute-Saône pourra, après qu’il aura été satisfait aux exigences liées à la régularisation des autres vices, décider de procéder à l’édiction d’un arrêté modificatif régularisant ces vices initiaux. Le préfet pourra procéder de manière identique en cas d’absence d’observations de l’autorité environnementale émises dans le délai requis par les dispositions du code de l’environnement. 
 
34. Dans l’hypothèse où, à l’inverse, le nouvel avis émis par la mission régionale de l’autorité environnementale différerait substantiellement de celui qui avait été émis le 25 septembre 2015, une enquête publique complémentaire devra être organisée, selon les modalités prévues par les articles L. 123-14 et R. 123-23 du code de l’environnement, dans le cadre de laquelle sera soumis au public, outre l’avis recueilli à titre de régularisation, tout autre élément de nature à régulariser d’éventuels vices révélés par le nouvel avis. Au vu des résultats de cette nouvelle enquête organisée comme indiqué précédemment, le préfet de la Haute-Saône pourra décider de procéder à l’édiction d’un arrêté modificatif régularisant les vices entachant l’autorisation initiale. 
 
En ce qui concerne la régularisation du vice relatif à l’absence de demande de dérogation relative aux espèces protégées :  
 
35. Le vice résultant de l’absence de demande de dérogation en application du 4° de l’article L. 411-2 du code de l’environnement pourra être régularisé par une décision modificative du préfet de la Haute-Saône qui devra statuer sur la dérogation prévue par le 4° de l’article L. 411-2 du code de l’environnement au vu de la demande présentée en ce sens par la société pétitionnaire. Les informations relatives à l’éventuelle demande de dérogation, ainsi que celles relatives aux possibles propositions de mesures pour éviter, réduire et compenser l’impact devront être présentées au public dans le cadre soit de la procédure de mise à disposition prévue au point 32, soit, si elle est mise en œuvre, de la procédure d’enquête publique complémentaire prévue au point 34.  
 
36. Il est sursis à statuer sur la présente requête jusqu’à ce que le préfet de Haute-Saône ait procédé à la transmission d’un arrêté de régularisation ou, à défaut, jusqu’à l’expiration d’un délai de 16 mois à compter de la notification du présent arrêt si la procédure de mise à disposition prévue au point 32 est mise en œuvre ou d’un délai de 18 mois dans l’hypothèse prévue au point 34.  
 
37. Il y a lieu dès lors de réserver dans l’attente de cet avis, les conclusions des parties et les moyens soulevés par les requérants tirés de la méconnaissance des articles L. 181-3, L. 181-12 et L. 511-1 du code de l’environnement ainsi que de l’insuffisance de l’étude d’impact et du défaut de motivation de l’arrêté du 15 avril 2022. 
 
 
 
Sur la suspension de l’exécution de l’autorisation en application du II de l’article L. 181-18 du code de l’environnement :  
  
38. Aux termes du II de l’article L. 181-18 du code de l’environnement : « II. – En cas d’annulation ou de sursis à statuer affectant une partie seulement de l’autorisation environnementale, le juge détermine s’il y a lieu de suspendre l’exécution des parties de l’autorisation non viciées ». 
 
39. Le II de l’article L. 181-18 prévoit que le juge, en cas d’annulation ou de sursis à statuer affectant une partie seulement de l’autorisation environnementale, détermine s’il y a lieu de suspendre l’exécution des parties non viciées de celle-ci. Il en résulte que lorsque le juge prononce l’annulation d’une partie divisible de l’autorisation, il peut suspendre l’exécution des parties non annulées dans l’attente de la nouvelle décision que l’administration devra prendre sur la partie annulée. Il en résulte également que le juge qui sursoit à statuer pour permettre la régularisation de l’autorisation a la faculté de suspendre l’exécution de celle-ci. 
 
40. Les vices relevés aux points 21 et 26 du présent arrêt peuvent faire l’objet d’une régularisation mais affectent, en l’état de l’instruction, la totalité de l’exécution de l’arrêté litigieux initial tel que modifié par les arrêtés du 15 avril 2022 et du 27 octobre 2023. Par suite, les conclusions tendant à la suspension d’exécution doivent être accueillies. 
 
 
 
D E C I D E : 
 
 
Article 1er :  Les conclusions de la requête n° 20NC00311 tendant à l’annulation des arrêtés du 15 avril 2022 et du 27 octobre 2023 sont rejetées. 
 
Article 2 : Les conclusions de la requête n° 22NC02181 tendant à l’annulation des arrêtés du 28 avril 2016 et du 27 octobre 2023 sont rejetées. 
 
Article 3 : Il est sursis à statuer sur les autres conclusions présentées par l’association pour la défense du patrimoine et du paysage de la vallée de la Vingeanne et autres jusqu’à ce que le préfet de la Haute-Saône ait procédé à la transmission d’un arrêté de régularisation après le respect des différentes modalités définies aux points 29 à 33 du présent arrêt ou, à défaut, jusqu’à l’expiration d’un délai de dix-huit mois à compter de la notification du présent arrêt.  
 
 
 
 
 
  
 
 
 
 
Article 4 : Tous droits et moyens des parties sur lesquels il n’est pas statué par le présent arrêt sont réservés jusqu’à la fin de l’instance. 
  
Article 5 : L’exécution de l’autorisation sollicitée par la société CEPE Trois Provinces est suspendue. 
Article 6 : Le présent arrêt sera notifié à l’association pour la défense du patrimoine et du paysage de la vallée de la Vingeanne représentant unique des autres requérants en application des dispositions de l’article R. 751-3 du code de justice administrative, au préfet de Haute-Saône, au ministre de la transition écologique, de la biodiversité et des négociations internationales sur le climat et la nature et à la société CEPE Trois Provinces. 
 
 
Délibéré après l’audience du 9 octobre 2025, à laquelle siégeaient : 
 
- M. Wallerich, président de chambre, 
- Mme Guidi, présidente-assesseure,  
- M. Michel, premier conseiller. 
 
Rendu public par mise à disposition au greffe, le 6 novembre 2025. 
 
 
La rapporteure, 
Signé : L. Guidi 
Le président, 
Signé : M. Wallerich 
 
 
 
La greffière, 
 
Signé : I. Legrand 
 
 
La République mande et ordonne au ministre de la transition écologique, de la biodiversité et des négociations internationales sur le climat et la nature en ce qui le concerne ou à tous commissaires de justice à ce requis en ce qui concerne les voies de droit commun contre les parties privées, de pourvoir à l’exécution de la présente décision. 
Pour expédition conforme, 
La greffière, 
 
 
I. Legrand