CAA54 · 1ère chbre / 3ème chbre réunies — 21 décembre 2023

Vu les procédures suivantes : 
 I. L'association " Les amis du patrimoine et de l'environnement de Sermange ", l'association " Les vieilles maisons françaises ", la société pour la protection des paysages et de l'esthétique de la France, l'association " La demeure historique ", l'association " Promenade historique dans la vallée de l'Ognon ", M. et Mme A N, M. O D, M. et Mme F D, M. et Mme P G, M. et Mme B Q, M. et Mme I H ont demandé au tribunal administratif de Besançon d'annuler l'arrêté préfectoral du 27 juillet 2017 autorisant la société Energie Nord Jura à exploiter un parc éolien constitué de onze aérogénérateurs et trois postes de livraison. 
 Par un jugement n° 1702058 du 30 janvier 2020, le tribunal administratif de Besançon a annulé l'arrêté préfectoral du 27 juillet 2017. 
 Procédure devant la cour : 
 Par une requête, enregistrée le 31 mars 2020 sous le n° 20NC00848, la société Energie Nord Jura, représentée par Me Versini-Campinchi, demande à la cour : 
 1°) d'annuler le jugement n°1702058 du tribunal administratif de Besançon ; 
 2°) de rejeter la demande initiale introduite devant le tribunal administratif de Besançon, subsidiairement, de surseoir à statuer dans l'attente d'une régularisation de l'autorisation d'exploitation en application de l'article L. 181-18 du code de l'environnement ; 
 3°) de mettre solidairement à la charge des requérants de première instance la somme de 3 000 euros en application de l'article L. 761-1 du code de justice administrative. 
 Elle soutient que : 
 - le jugement rendu est irrégulier car il est insuffisamment motivé ; 
 - les capacités techniques et financières de la société pétitionnaire sont suffisamment établies ; en tout état de cause, une insuffisance du dossier de demande sur ce point serait régularisable ;  
 - le dossier d'enquête publique était complet ; 
 - la dérogation espèce protégée était légale et justifiée ; 
 - les juges de première instance ont méconnu la portée du schéma régional éolien en lui accordant une valeur réglementaire, commettant ainsi une erreur de droit ; 
 - le second avis rendu par le Conseil national de la protection de la nature (CNPN) a été émis hors délai et ne peut être pris en compte ; 
 - les critiques formulées par le CNPN dans son second avis sont infondées, l'étude d'impact est suffisante.  
 Par un mémoire en défense, enregistré le 26 octobre 2020, l'association " Les amis du patrimoine et de l'environnement de Sermange ", l'association " Les vieilles maisons françaises ", la société pour la protection des paysages et de l'esthétique de la France, l'association " La demeure historique ", l'association " Promenade historique dans la vallée de l'Ognon ", M. et Mme A N, M. O D, M. et Mme F D, M. et Mme P G, M. et Mme B Q, M. et Mme I H, représentés par Me Monamy, concluent au rejet de la requête et à ce qu'une somme de 3 000 euros soit mise à la charge de la société Energie Nord Jura au bénéfice des exposants au titre de l'article L.761-1 du code de justice administrative. 
 Ils soutiennent que : 
 - le jugement est suffisamment motivé ; 
 - les capacités financières du pétitionnaire ne sont pas établies ; 
 - le dossier d'enquête publique était incomplet ; 
 - la délivrance de la dérogation prévue par l'article L. 411-2 du code de l'environnement n'était pas justifiée pour les motifs suivants :  
 - le second avis du CNPN aurait dû être pris en compte et conduire au rejet de la demande de dérogation ; 
 - le pétitionnaire s'est abstenu de rechercher de manière efficiente des solutions alternatives satisfaisantes ; 
 - le pétitionnaire ne justifie pas d'une raison impérative d'intérêt public majeur ; 
   - la demande d'autorisation environnementale est incomplète au motif qu'une demande de dérogation prévue par l'article L. 411-2 du code de l'environnement aurait dû être demandée pour le milan noir, espèce protégée présente sur site. 
 La requête a été communiquée à la ministre de la transition écologique qui n'a pas produit d'observations. 
 Par une ordonnance du 27 octobre 2020, la clôture d'instruction a été fixée au 20 novembre 2020.  
 La société Energie Nord Jura a présenté un mémoire le 20 novembre 2020 qui n'a pas été communiqué. 
 II. L'association " Commission de protection des eaux de Franche-Comté " a demandé au tribunal administratif de Besançon d'annuler l'arrêté préfectoral du 27 juillet 2017 en tant que le préfet du Jura a autorisé la construction et l'exploitation de l'éolienne n° 1 sur le territoire de la commune de Saligney, les éoliennes n° 2, 3 et 5 sur le territoire de la commune de Sermange et l'éolienne n° 6 sur le territoire de la commune de Gendrey, et, d'autre part, de modifier les mesures d'évitement et de réduction concernant les éoliennes n° 4, 7, 8, 9, 10 et 11. 
 Par un jugement n° 1702113 du 30 janvier 2020, le tribunal administratif de Besançon a annulé partiellement l'arrêté préfectoral du 27 juillet 2017 en tant qu'il autorise la construction et l'exploitation de l'éolienne n° 1 sur le territoire de la commune de Saligney, les éoliennes n° 2, 3 et 5 sur le territoire de la commune de Sermange et l'éolienne n° 6 sur le territoire de la commune de Gendrey et en tant qu'il a fixé les mesures d'évitement et de réduction concernant les éoliennes n° 4, 7, 8, 9, 10 et 11 . 
 Procédure devant la cour : 
 Par une requête, enregistrée le 31 mars 2020 sous le n° 20NC00852, la société Energie Nord Jura, représentée par Me François Versini-Campinchi, demande à la cour : 
 1°) d'annuler le jugement n° 1702113 du tribunal administratif de Besançon ; 
 2°) de rejeter la demande initiale introduite devant le tribunal administratif de Besançon ; 
 3°) de mettre à la charge de l'association " Commission de protection des eaux de Franche-Comté " la somme de 3 000 euros en application de l'article L. 761-1 du code de justice administrative. 
 Elle soutient que : 
 - le jugement rendu est irrégulier car il est insuffisamment motivé ; 
 - l'étude d'impact a pris en compte les enjeux relatifs aux chiroptères et a prévu suffisamment de mesures d'évitement et de réduction ;  
 - le dossier d'enquête publique était complet ; 
 - le tribunal s'est mépris sur la portée du schéma régional éolien  
 de Franche-Comté (SREFC) en considérant que l'implantation du projet dans une zone d'exclusion rendait automatiquement illégale la dérogation prévue par l'article L. 411-2 du code de l'environnement ; les juges de première instance ont méconnu la portée du schéma régional éolien qui est dénué de valeur réglementaire ; 
 - le tribunal ne pouvait pas se fonder que sur le SREFC, document dénué de valeur réglementaire, sans tenir compte des résultats de l'étude d'impact ; 
 - le second avis rendu par le conseil national de la protection de la nature (CNPN) a été émis hors délai et ne peut être pris en compte ; 
 - les critiques formulées par le CNPN dans son second avis sont infondées, l'étude d'impact est suffisante et retrace les enjeux ainsi que les impacts sur l'environnement.  
 Par un mémoire en défense et d'appel incident, enregistré le 23 octobre 2020, l'association " Commission de protection des eaux de Franche-Comté ", représentée par Me Dufour, demande à la cour : 
 1°) à titre principal, de confirmer le jugement n° 1702113 du 30 janvier 2020 du tribunal administratif de Besançon en ce qu'il a annulé l'arrêté du 27 juillet 2017 du préfet du Jura en tant qu'il en autorise la construction et l'exploitation de l'éolienne n° 1 sur le territoire de la commune de Saligney, les éoliennes n° 2, 3 et 5 sur le territoire de la commune de Sermange et l'éolienne n° 6 sur le territoire de la commune de Gendrey et de réformer en tant qu'il annule les mesures d'évitement et de réduction concernant les éoliennes n° 4, 7, 8, 9, 10 et 11 ; 
 2°) d'ordonner ou enjoindre au préfet du Jura de prendre des mesures d'évitement et de réduction suivantes :  
 - au titre des mesures d'évitement : les éoliennes (n° 4, 7 et 11) devront notamment respecter une distance de 200 mètres aux lisières forestières ; 
 - au titre des mesures de réduction, pour les éoliennes (n° 4, 7, 8, 9, 10 et 11) : arrêt des éoliennes sur l'ensemble du parc lorsque la vitesse du vent est inférieure à 6,2m/s et par des températures extérieures supérieures à 8°C du 1er mars au 30 novembre de chaque année ; 
 3°) mettre solidairement à la charge de l'Etat et de la société Energie Nord Jura la somme de 3 500 euros au titre de l'article L. 761-1 du code de justice administrative ainsi que les entiers dépens. 
 Elle soutient que : 
 - le jugement est suffisamment motivé ; 
 - l'étude d'impact est insuffisante et comporte de nombreuses omissions et inexactitudes ; 
 - le SREFC est opposable à la société Energie Nord Jura et il prévoit un secteur d'exclusion au titre de la présence du site d'Ougney-Vitreux, site d'intérêt majeur pour les chiroptères en Franche-Comté ; 
 - le second avis du CNPN devait être obligatoirement pris en compte compte-tenu de  son caractère défavorable ; 
 - l'avis du CNPN retrace fidèlement les insuffisances et inexactitudes de l'étude d'impact et ne saurait être remis en cause ; 
 - le juge d'appel est tenu d'ordonner au préfet ou, à défaut, de prescrire les mesures d'évitement et de réductions annulées par les juges de première instance. 
 La requête a été communiquée à la ministre de la transition écologique qui n'a pas produit d'observations. 
 Par une ordonnance du 26 octobre 2020, la clôture d'instruction a été fixée au 20 novembre 2020.  
 La société Energie Nord Jura a présenté un mémoire le 20 novembre 2020 qui n'a pas été communiqué. 
 III- L'association Commission de protection des eaux de Franche-Comté (CPE) a demandé au tribunal administratif de Besançon d'annuler l'arrêté préfectoral du 27 juillet 2017 en tant que le préfet du Jura a autorisé la construction et l'exploitation de l'éolienne n° 1 sur le territoire de la commune de Saligney, les éoliennes n° 2, 3 et 5 sur le territoire de la commune de Sermange et l'éolienne n° 6 sur le territoire de la commune de Gendrey, et, d'autre part, de modifier les mesures d'évitement et de réduction concernant les éoliennes n° 4, 7, 8, 9, 10 et 11. 
 Par un jugement n° 1702113 du 30 janvier 2020, le tribunal administratif de Besançon a annulé partiellement l'arrêté préfectoral du 27 juillet 2017 en tant qu'il autorise la construction et l'exploitation de l'éolienne n° 1 sur le territoire de la commune de Saligney, les éoliennes n° 2, 3 et 5 sur le territoire de la commune de Sermange et l'éolienne n° 6 sur le territoire de la commune de Gendrey et en tant qu'il a fixé les mesures d'évitement et de réduction concernant les éoliennes n° 4, 7, 8, 9, 10 et 11. 
 Procédure devant la cour : 
 Par une requête, enregistrée le 24 août 2020 sous le n° 20NC2486 et trois mémoires enregistrés le 30 septembre 2020, 27 janvier 2022 et 17 octobre 2022, l'association " Commission de protection des eaux de Franche-Comté ", représentée par Me Dufour, demande à la cour : 
 1°) de confirmer partiellement le jugement n° 1702113 du 30 janvier 2020 du tribunal administratif de Besançon en ce qu'il a annulé l'arrêté du 27 juillet 2017 pris par le préfet du Jura autorisant la construction et l'exploitation de l'éolienne n° 1 sur le territoire de la commune de Saligney, des éoliennes n° 2, 3 et 5 sur le territoire de la commune de Sermange et de l'éolienne n° 6 sur le territoire de la commune de Gendrey ; 
 2°) de réformer le jugement n° 1702113 en tant qu'il annule les mesures d'évitement et de réduction concernant les éoliennes n°4, 7, 8, 9, 10 et 11 et en tant qu'il refuse de mettre à la charge de l'Etat et de la société Energie Nord Jura la somme de 2 445 euros sur le fondement de l'article L. 761-1 du code de justice administrative ; 
 3°) d'ordonner ou enjoindre au préfet du Jura de prendre des mesures d'évitement et de réduction suivantes :  
 - au titre des mesures d'évitement : les éoliennes (n°4, 7 et 11) devront notamment respecter une distance de 200 mètres aux lisières forestières ; 
 - au titre des mesures de réduction pour les éoliennes (n°4, 7, 8, 9, 10 et 11) : arrêt des éoliennes sur l'ensemble du parc lorsque la vitesse du vent est inférieure à 6,2m/s et par des températures extérieures supérieures à 8°C du 1er mars au 30 novembre de chaque année ; 
 4°) mettre solidairement à la charge de l'Etat et de la société Energie Nord Jura la somme de 3 500 euros au titre de l'article L. 761-1 du code de justice administrative ainsi que les entiers dépens. 
 Elle soutient que : 
 - les juges de première instance auraient dû prendre des prescriptions fixant des mesures d'évitement et de réduction ; l'annulation des mesures définies par l'arrêté préfectoral a pour conséquence qu'il n'existe plus aucune mesure d'évitement pour l'ensemble des éoliennes, ni de mesures de réduction pour les éoliennes n°4, 7 et 11 ; 
 - les juges de première instance auraient dû mettre à la charge de la société Energie Nord Jura les frais de l'instance en application de l'article L. 761-1 du code justice administrative. 
 Par des mémoires en défense, enregistrés les 6 avril 2021 et 1er juillet 2022, la société Energie Nord Jura, représentée par Me Versini-Campinchi, conclut au rejet de la requête et demande de mettre la somme de 3 000 euros à la charge de l'association " Commission de protection des eaux de Franche-Comté " au titre de l'article L. 761-1 du code justice administrative. 
 Elle soutient que : 
 - les mesures d'évitement et de réduction initialement prévues sont suffisantes et adaptées aux enjeux, l'étude d'impact était suffisante et retrace les enjeux environnementaux ; 
 - les mesures sollicitée par l'association " Commission de protection des eaux de Franche-Comté " ne sont pas justifiées ;  
 - la demande de condamnation au paiement des frais irrépétibles au titre des frais de première instance n'est pas fondée et serait inéquitable ; 
 - l'avis rendu par l'autorité environnementale a fait une juste appréciation de l'état initial. 
 La requête a été communiquée à la ministre de la transition écologique qui n'a pas produit d'observations. 
 Par une ordonnance du 28 octobre 2022, la clôture d'instruction a été fixée au 14 novembre 2022.  
 Vu les autres pièces des dossiers. 
 Vu : 
 - le code de l'environnement ; 
 - l'ordonnance n° 2014-355 du 20 mars 2014 relative à l'expérimentation d'une autorisation unique en matière d'installations classées pour la protection de l'environnement ; 
 - le décret n° 2014-450 du 2 mai 2014 relatif à l'expérimentation d'une autorisation unique en matière d'installations classées pour la protection de l'environnement ; 
 - l'arrêté du 23 avril 2007 fixant la liste des mammifères terrestres protégés sur l'ensemble du territoire et les modalités de leur protection modifié ;  
 - le code de justice administrative. 
 Les parties ont été régulièrement averties du jour de l'audience. 
 Ont été entendus au cours de l'audience publique : 
 - le rapport de Mme Guidi,  
 - les conclusions de Mme Antoniazzi, rapporteure publique, 
 - et les observations de Me Versini-Campinchi représentant la société Energie Nord Jura et de Me Monamy représentant l'association " Les amis du patrimoine et de l'environnement de Sermange ", l'association " Les vieilles maisons françaises ", la société pour la protection des paysages et de l'esthétique de la France, l'association " La demeure historique ", l'association " Promenade historique dans la vallée de l'Ognon ", M. et Mme A N, M. O D, M. et Mme F D, M. et Mme P G, M. et Mme B Q, M. et Mme I H. 
 Une note en délibéré, présentée pour la société Energie Nord Jura, a été enregistrée le 14 décembre 2023 dans le dossier 20NC00848.  
 Une note en délibéré, présentée pour la société Energie Nord Jura, a été enregistrée le 18 décembre 2023 dans le dossier 20NC00852.  
 Considérant ce qui suit : 
 1. Le 28 mai 2015, la société Energie Nord Jura a déposé une demande d'autorisation unique pour la construction et l'exploitation de onze éoliennes et de trois postes de livraison sur le territoire des communes de Gendrey, Saligney et Sermange. Par un arrêté du 27 juillet 2017, le préfet du Jura a délivré à la société Energie Nord Jura l'autorisation sollicitée.  
 2. Par une requête enregistrée le 5 décembre 2017, l'association " Commission de protection des eaux de Franche-Comté " a, d'une part, demandé au tribunal administratif de Besançon d'annuler l'autorisation unique du 27 juillet 2017 en tant qu'elle porte sur les éoliennes n° 1 sur le territoire de la commune de Saligney, les éoliennes n° 2, 3 et 5 sur le territoire de la commune de Sermange et l'éolienne n° 6 sur le territoire de la commune de Gendrey et, d'autre part, d'ordonner ou d'enjoindre au préfet du Jura de prendre des mesures d'évitement et de réduction complémentaires consistant en le respect par les éoliennes n°4, 7 et 11 d'une distance de 200 mètres aux lisières forestières et l'arrêt des éoliennes n°4, 7, 8, 9, 10 et 11 sur l'ensemble du parc lorsque la vitesse du vent est inférieure à 6,2m/s et par des températures extérieures supérieures à 8°C du 1er mars au 30 novembre de chaque année. Par un jugement n° 1702113 du 30 janvier 2020, le tribunal administratif de Besançon a annulé l'arrêté préfectoral en tant qu'il autorise les éoliennes E1, E2, E3, E5 et E6 et a annulé l'arrêté en tant qu'il a fixé des mesures d'évitement et de réduction concernant les éoliennes E4, E7, E8, E9, E10 et E11. La société Energie Nord Jura et l'association " Commission de protection des Eaux de Franche-Comté " relèvent appel de ce jugement. 
 3. Par une requête enregistrée le 28 novembre 2017, l'association " Les amis du patrimoine et de l'environnement de Sermange ", l'association " Les vieilles maisons françaises ", la société pour la protection des paysages et de l'esthétique de la France, l'association " La demeure historique ", l'association " Promenade historique dans la vallée de l'Ognon ", M. et Mme A N, M. O D, M. et Mme F D, M. et Mme P G, M. et Mme B Q, M. et Mme I H ont demandé au tribunal administratif de Besançon d'annuler l'arrêté du préfet du Jura délivré à la société Energie Nord Jura le 27 juillet 2017 pour la construction et l'exploitation de onze éoliennes et de trois postes de livraison sur le territoire des communes de Gendrey, Saligney et Sermange. Par un jugement n° 1702058 du 30 janvier 2020, le tribunal administratif de Besançon a annulé cet arrêté préfectoral. La société Energie Nord Jura relève appel de ce jugement. 
 Sur la régularité du jugement n° 1702058 :  
 4. Aux termes de l'article 9 du code de justice administrative : " Les jugements sont motivés ".  
 5. Contrairement à ce que soutient la société Energie Nord Jura, le tribunal, qui n'était pas tenu de répondre à tous les arguments des parties, a suffisamment motivé sa réponse au paragraphe 2 de son jugement concernant le risque que l'implantation des éoliennes présenterait pour le maintien dans un état de conservation favorable des populations de chiroptères dans leur aire de répartition naturelle dans ce secteur. Par suite, la société Energie Nord Jura n'est pas fondée à soutenir que le jugement serait irrégulier pour ce motif.  
 Sur le bien-fondé du jugement n° 1702058 :  
 6. Aux termes de l'article L. 411-1 du code de l'environnement : " I. - Lorsqu'un intérêt scientifique particulier, le rôle essentiel dans l'écosystème ou les nécessités de la préservation du patrimoine naturel justifient la conservation de sites d'intérêt géologique, d'habitats naturels, d'espèces animales non domestiques ou végétales non cultivées et de leurs habitats, sont interdits : / 1° La destruction ou l'enlèvement des œufs ou des nids, la mutilation, la destruction, la capture ou l'enlèvement, la perturbation intentionnelle, la naturalisation d'animaux de ces espèces ou, qu'ils soient vivants ou morts, leur transport, leur colportage, leur utilisation, leur détention, leur mise en vente, leur vente ou leur achat () 3° La destruction, l'altération ou la dégradation de ces habitats naturels ou de ces habitats d'espèces () ". Aux termes de l'article L. 411-2 du même code : " I. - Un décret en Conseil d'Etat détermine les conditions dans lesquelles sont fixées : () 4° La délivrance de dérogations aux interdictions mentionnées aux 1°, 2° et 3° de l'article L. 411-1, à condition qu'il n'existe pas d'autre solution satisfaisante, pouvant être évaluée par une tierce expertise menée, à la demande de l'autorité compétente, par un organisme extérieur choisi en accord avec elle, aux frais du pétitionnaire, et que la dérogation ne nuise pas au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle : () a) Dans l'intérêt de la protection de la faune et de la flore sauvages et de la conservation des habitats naturels () ". 
 7. Il résulte de ces dispositions qu'un projet d'aménagement ou de construction d'une personne publique ou privée susceptible d'affecter la conservation d'espèces animales ou végétales protégées et de leurs habitats ne peut être autorisé, à titre dérogatoire, que s'il répond, par sa nature et compte tenu notamment du projet dans lequel il s'inscrit, à une raison impérative d'intérêt public majeur. En présence d'un tel intérêt, le projet ne peut cependant être autorisé, eu égard aux atteintes portées aux espèces protégées appréciées en tenant compte des mesures de réduction et de compensation prévues, que si, d'une part, il n'existe pas d'autre solution satisfaisante et, d'autre part, cette dérogation ne nuit pas au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle. 
 8. D'une part, si la société Energie Nord Jura a présenté des variantes à son projet consistant en des localisations différentes des éoliennes au sein du même périmètre, il ne résulte pas de l'instruction qu'une implantation alternative de l'ensemble du parc éolien ait été sérieusement envisagée, ni qu'il n'existait aucune autre solution satisfaisante pour la réalisation du projet en litige. 
 9. D'autre part, pour déterminer si une dérogation peut être accordée sur le fondement du 4° du I de l'article L. 411-2 du code de l'environnement, il appartient à l'autorité administrative, sous le contrôle du juge, de porter une appréciation qui prenne en compte l'ensemble des aspects mentionnés au point 7, parmi lesquels figurent les atteintes que le projet est susceptible de porter aux espèces protégées, compte tenu, notamment, des mesures d'évitement, réduction et compensation proposées par le pétitionnaire et de l'état de conservation des espèces concernées.  
 10. Pour apprécier si le projet ne nuit pas au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle, il appartient à l'autorité administrative, sous le contrôle du juge, de déterminer, dans un premier temps, l'état de conservation des populations des espèces concernées et, dans un deuxième temps, les impacts géographiques et démographiques que les dérogations envisagées sont susceptibles de produire sur celui-ci. 
 11. Le projet en litige, qui consiste en onze éoliennes et trois postes de livraison, est situé sur le territoire des communes de Gendrey, Saligney et Sermange. Ces communes se trouvent en zone favorable du schéma régional éolien de Franche-Comté mais elles sont également partiellement incluses dans un secteur d'exclusion défini par ce schéma autour du site des mines d'Ougney-Vitreux, site classé en ZNIEFF de type 1, en raison notamment de la présence de nombreuses espèces de chiroptères, dont le petit et le grand rhinolophe, la barbastelle d'Europe, le murin à oreilles échancrées, le murin de Bechstein et le grand murin, espèces qui présentent un intérêt patrimonial fort, ainsi que le minioptère de Schreibers, espèce menacée bénéficiant de plusieurs classements de protection. A cet égard, le minioptère de Schreibers est inscrit en annexe II de la convention de Berne, en annexe II de la convention de Bonn, aux annexes II et IV de la directive 92/43/CEE du Conseil, du 21 mai 1992, concernant la conservation des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvages. Enfin, cette espèce est classée " espèce protégée " au titre de l'arrêté du 23 avril 2007 fixant la liste des mammifères terrestres protégés sur l'ensemble du territoire et les modalités de leur protection. Eu égard à l'impact du projet d'éoliennes implanté à proximité de la mine d'Ougney-Vitreux et dans l'aire de répartition naturelle d'espèces protégées de chauves-souris, il n'est pas contesté que la délivrance de l'autorisation requiert la dérogation, prévue par l'article L. 411-2 du code l'environnement, à l'interdiction de destruction, d'altération ou dégradation des habitats naturels d'espèces à préserver énoncée par l'article L. 411-1 du même code. 
 12. Si le diagnostic chiroptérologique établi en novembre 2015, l'étude d'impact relative aux incidences du projet, l'étude de dangers et l'évaluation des incidences Natura 2000, réalisés par la société Energie Nord Jura à l'appui de sa demande d'autorisation, concluent que le projet n'aura, en réalité, que très peu d'effets sur les espèces de chiroptères identifiées dans le secteur compte tenu de leur faible activité à proximité immédiate des lieux d'implantation des éoliennes, de leurs zones de chasse et de leurs parcours de déplacement, il résulte toutefois de l'instruction que la méthodologie mise en œuvre pour procéder à ces études a fait l'objet de critiques sérieuses dans le cadre de l'instruction de la demande d'autorisation. Ainsi, l'autorité environnementale, dans son avis du 22 juillet 2016, a relevé que l'absence d'incidence constatée du projet manquait de justifications, que l'étude au sol avait été réalisée dans des conditions météorologiques défavorables, que les points d'écoute avaient été insuffisants pour déterminer précisément toutes les routes de vols des différentes espèces et que les pics d'activité des chiroptères n'avaient pas été pris en compte. Le rapport établi par l'inspection des installations classées le 19 mai 2017 relève également que, compte tenu des modalités selon lesquelles elle a été effectuée, l'étude d'impact ne permet pas d'apprécier correctement l'état initial chiroptérologique. Enfin, l'avis défavorable, émis le 29 juin 2016 par le conseil national de la protection de la nature dans sa formation collégiale, souligne le caractère lacunaire des inventaires faunistiques s'agissant de la prise en considération de la fréquentation des parties boisées concernées par le projet et de l'état initial des gites des chiroptères. Si la société Energie Nord Jura fait valoir qu'un premier avis, émis le 13 juin 2016 par le conseil national de protection de la nature, était un avis favorable, aucune disposition législative ou réglementaire ne fait obstacle à ce qu'un organisme consultatif revienne sur sa position durant l'instruction d'une demande. Si la société Energie Nord Jura a effectué une étude d'impact complémentaire au cours de l'année 2020, cette étude se borne à un état complémentaire portant sur un seul mat (E8) localisé en milieu ouvert au centre du parc éolien à Gendrey et donc à près de 5 km des mines de fer d'Ougney-Vitreux où se concentrent les colonies de chiroptères protégés, alors que d'autres mats sont plus proches et situés en zones boisées ou en lisière de forêt, particulièrement fréquentées par le minioptère de Schreibers. Dans ces conditions, cette étude n'a pu pallier les carences de l'étude d'impact sur l'état initial non exhaustif et précis de la population des chiroptères susceptibles d'être impactés par le projet et, en particulier, du minioptère de Schreibers et l'autorité administrative ne pouvait légalement délivrer la dérogation prévue par les dispositions de l'article L. 411-2 du code l'environnement.  
 13. En deuxième lieu, aux termes de l'article L. 181-18 du code de l'environnement : " I. Le juge administratif qui, saisi de conclusions dirigées contre une autorisation environnementale, estime, après avoir constaté que les autres moyens ne sont pas fondés : / 2° Qu'un vice entraînant l'illégalité de cet acte est susceptible d'être régularisé par une autorisation modificative peut, après avoir invité les parties à présenter leurs observations, surseoir à statuer jusqu'à l'expiration du délai qu'il fixe pour cette régularisation. Si une telle autorisation modificative est notifiée dans ce délai au juge, celui-ci statue après avoir invité les parties à présenter leurs observations. / II. En cas d'annulation ou de sursis à statuer affectant une partie seulement de l'autorisation environnementale, le juge détermine s'il y a lieu de suspendre l'exécution des parties de l'autorisation non viciées ". 
 14. Eu égard au motif d'annulation de la dérogation accordée sur le fondement de l'article L. 411-2 du code de l'environnement, il n'y a pas lieu de faire application des dispositions de l'article L. 181-18 du code de l'environnement et de surseoir à statuer dans l'attente de la délivrance d'une autorisation modificative pour régularisation. 
 15. Il résulte de tout ce qui précède que, sans qu'il soit besoin de se prononcer sur les autres moyens de la requête, la société Energie Nord Jura n'est pas fondée à soutenir que c'est à tort que, par le jugement attaqué, le tribunal administratif de Besançon a annulé l'arrêté du préfet du Jura du 27 juillet 2017. 
 Sur le jugement n° 1702113 :  
 16. En premier lieu, il appartient au juge de plein contentieux des installations classées pour la protection de l'environnement de se prononcer sur l'étendue des obligations mises à la charge des exploitants par l'autorité compétente au regard des circonstances de fait et de droit existant à la date à laquelle il statue. Il en résulte que si l'acte attaqué, pris pour l'application de la législation relative aux installations classées, est annulé dans le cadre d'un autre recours dirigé contre la même autorisation d'exploiter relevant de la législation sur les installations classées pour la protection de l'environnement, il n'y a plus lieu de se prononcer sur le mérite de la seconde demande dont il est saisi. 
 17. Le présent arrêt annulant l'arrêté du préfet du Jura du 27 juillet 2017 autorisant la société Energie Nord Jura à construire et exploiter onze éoliennes et trois postes de livraison sur le territoire des communes de Gendrey, Saligney et Sermange, il n'y a pas lieu de statuer sur les conclusions d'appel de la société Energie Nord Jura et de l'association " Commission des eaux de Franche-Comté " contre le jugement n° 1702113 du tribunal administratif de Besançon du 30 janvier 2020 en tant qu'il annule cet arrêté préfectoral du 27 juillet 2017 en tant qu'il autorise les éoliennes E1, E2, E3, E5 et E6 et en tant qu'il fixe des mesures d'évitement et de réduction concernant les éoliennes E4, E7, E8, E9, E10 et E11. 
 18. En second lieu, aux termes de l'article L. 761-1 du code de justice administrative : " Dans toutes les instances, le juge condamne la partie tenue aux dépens, ou à défaut la partie perdante, à payer à l'autre partie la somme qu'il détermine, au titre des frais exposés et non compris dans les dépens. Le juge tient compte de l'équité ou de la situation économique de la partie condamnée. Il peut, même d'office, pour des raisons tirées des mêmes considérations, dire qu'il n'y a pas lieu à cette condamnation ". 
 19. Si l'association " Commission de protection des eaux de Franche-Comté " relève également appel du jugement n° 1702113 du tribunal administratif de Besançon en tant qu'il n'a pas fait droit à sa demande présentée sur le fondement de l'article L. 761-1 du code de justice administrative, il ne ressort pas des pièces du dossier que le tribunal aurait méconnu les dispositions de l'article L. 761-1 du code de justice administrative en jugeant qu'il n'y avait pas lieu, dans les circonstances de l'espèce, de faire droit à ces conclusions. 
 Sur les frais de l'instance : 
 20. Les dispositions de l'article L. 761-1 du code de justice administrative font obstacle à ce que soit mise à la charge de l'association " Commission de protection des eaux de Franche-Comté ", l'association " Les amis du patrimoine et de l'environnement de Sermange ", l'association " Les vieilles maisons françaises ", la société pour la protection des paysages et de l'esthétique de la France, l'association " La demeure historique ", l'association " Promenade historique dans la vallée de l'Ognon ", M. et Mme A N, M. O D, M. et Mme F D, M. et Mme P G, M. et Mme B Q, M. et Mme I H, qui ne sont pas la partie perdante dans la présente instance, la somme que la société Energie Nord Jura demande au titre des frais exposés et non compris dans les dépens. Il y a lieu, en revanche, de mettre à la charge de la société Energie Nord Jura une somme de 3 000 euros au titre des frais exposés par l'association " Les amis du patrimoine et de l'environnement de Sermange ", l'association " Les vieilles maisons françaises ", la société pour la protection des paysages et de l'esthétique de la France, l'association " La demeure historique ", l'association " Promenade historique dans la vallée de l'Ognon ", M. et Mme N, M. D, M. et Mme D, M. et Mme G, M. et Mme Q, M. et Mme H, et non compris dans les dépens. Il y a également lieu de mettre à la charge de la société Energie Nord Jura une somme de 1 000 euros au titre des frais exposés par l'association " Commission de protection des eaux de Franche-Comté " et non compris dans les dépens.  
 D E C I D E : 
 Article 1er : La requête n° 20NC00848 de la société Energie Nord Jura est rejetée. 
 Article 2 : Il n'y a pas lieu à statuer sur les conclusions de la requête n° 20NC00852 de la société Energie Nord Jura et n° 20NC02486 de la Commission de protection des eaux de Franche-Comté tendant à l'annulation du jugement n° 1702113 du tribunal administratif de Besançon du 30 janvier 2020 annulant d'une part l'arrêté du 27 juillet 2017 du préfet du Jura en tant qu'il en autorise la construction et l'exploitation de l'éolienne n° 1 sur le territoire de la commune de Saligney, les éoliennes n° 2, 3 et 5 sur le territoire de la commune de Sermange et l'éolienne n° 6 sur le territoire de la commune de Gendrey et annulant, d'autre part, les mesures d'évitement et de réduction concernant les éoliennes n°4, 7, 8, 9, 10 et 11. 
 Article 3 : La société Energie Nord Jura versera globalement une somme de 3 000 euros à l'association " Les amis du patrimoine et de l'environnement de Sermange ", l'association " Les vieilles maisons françaises ", la société pour la protection des paysages et de l'esthétique de la France, l'association " La demeure historique ", l'association " Promenade historique dans la vallée de l'Ognon ", M. et Mme A N, M. O D, M. et Mme F D, M. et Mme P G, M. et Mme B Q, M. et Mme I H au titre de l'article L. 761-1 du code de justice administrative. 
 Article 4 : La société Energie Nord Jura versera une somme de 1 000 euros à l'association " Commission de protection des eaux de Franche-Comté " au titre de l'article L. 761-1 du code de justice administrative. 
 Article 5 : Le surplus des conclusions des parties est rejeté. 
 Article 6 : Le présent arrêt sera notifié à la société Energie Nord Jura, au ministre de la transition écologique et de la cohésion des territoires, à l'association " Les amis du patrimoine et de l'environnement de Sermange ", à l'association " Les vieilles maisons françaises ", à la société pour la protection des paysages et de l'esthétique de la France, à l'association " La demeure historique ", à l'association " Promenade historique dans la vallée de l'Ognon ", à M. et Mme A N, à M. O D, à M. et Mme F D, à M. et Mme P G, à M. et Mme B Q, à M. et Mme I H et à l'association " Commission de protection des eaux de Franche-Comté ". 
 Copie en sera adressée à Mme M C, à M. et Mme L K et à M. J E. 
 Délibéré après l'audience du 11 décembre 2023, à laquelle siégeaient : 
 - Mme Rouselle, présidente de la cour, 
 - M. Wurtz, président, 
 - M. Wallerich, président, 
 - Mme Bauer, présidente-assesseure,  
 - Mme Guidi, présidente-assesseure, 
 - M. Barteaux, premier conseiller,  
 - M. Sibileau, premier conseiller. 
 Rendu public par mise à disposition au greffe le 21 décembre 2023. 
 La rapporteure, 
 Signé : L. GUIDILa présidente de la cour, 
 Signé : P. ROUSSELLELe greffier, 
 Signé : F. LORRAIN       La République mande et ordonne au préfet du Jura, en ce qui le concerne, ou à tous commissaires de justice à ce requis, en ce qui concerne les voies de droit commun contre les parties privées, de pourvoir à l'exécution de la présente décision. 
 Pour expédition conforme, 
 Le greffier : 
 S. ROBINET 
 N°s 20NC00848, 20NC00852, 20NC02486