CAA31 · 1ère chambre — 12 février 2026

Vu la procédure suivante : 
 
Procédure contentieuse antérieure : 
 
La société par actions simplifiée Kyomed a demandé au tribunal administratif de Montpellier de prononcer la décharge des rappels de taxe sur les salaires qui lui ont été réclamés au titre des années 2017 et 2018. 
 
Par un jugement n° 2203640 du 22 avril 2024, le tribunal administratif de Montpellier a rejeté sa demande. 
 
 Procédure devant la cour : 
 
Par une requête et un mémoire complémentaire, enregistrés le 24 juin 2024 et le 7 janvier 2025, la société Kyomed, représentée par Me Eveno et Me Avrilleau, demande à la cour : 
 
1°) d’annuler ce jugement du 22 avril 2024 du tribunal administratif de Montpellier ; 
 
2°) de prononcer la décharge des rappels de taxe sur les salaires qui lui ont été réclamés au titre des années 2017 et 2018 ; 
 
3°) à titre subsidiaire, de prononcer la réduction de ces rappels ; 
 
4°) de mettre à la charge de l’État une somme de 5 000 euros sur le fondement de l’article L. 761-1 du code de justice administrative. 
 
Elle soutient que : 
- à titre principal, les subventions qu’elle a perçues ne doivent pas être prises en compte dans le rapport d’assujettissement à la taxe sur les salaires, dès lors qu’elles sont par nature exceptionnelles au sens des paragraphes n° 160, n° 163 et n° 165 de la doctrine référencée BOI-TPS-TS-20-30 du 6 avril 2016 et des réponses ministérielles, publiées le 9 juillet 2019 et le 12 mars 2024, à des questions n° 18639 et n° 10669 ; 
- à défaut, ces subventions sont exceptionnelles, dès lors que, prises individuellement, elles respectent le critère de l’accessoire au chiffre d’affaires ; 
- ces subventions ne sont pas des recettes et autres produits au sens de l’article 231 du code général des impôts ; 
- l’application de la réponse ministérielle, publiée le 8 janvier 1996, à une question n° 27390 conduit à ne pas tenir compte des subventions versées par le fonds européen de développement régional pour apprécier le caractère exceptionnel des subventions perçues ; 
- à titre subsidiaire, le rapport d’assujettissement à la taxe sur les salaires est de 23 % au lieu de 37 %. 
 
 
Par deux mémoires en défense, enregistrés le 7 novembre 2024 et le 4 novembre 2025, le ministre de l’économie, des finances et de la souveraineté industrielle, énergétique et numérique conclut au rejet de la requête. 
  
Il soutient qu’aucun des moyens soulevés par la société appelante n’est fondé. 
 
 
Par une ordonnance du 16 septembre 2025, la clôture de l’instruction a été fixée au 13 novembre 2025. 
 
Vu les autres pièces du dossier. 
 
Vu : 
- le code général des impôts et le livre des procédures fiscales ; 
- le code de justice administrative. 
 
 
Les parties ont été régulièrement averties du jour de l’audience. 
 
Ont été entendus au cours de l’audience publique : 
- le rapport de M. Lafon, 
- les conclusions de Mme Fougères, rapporteure publique, 
- et les observations de Me Maunder et Me Jara-Ferrand pour la société Kyomed. 
 
 
Considérant ce qui suit : 
 
1. La société par actions simplifiée Kyomed, qui exerce une activité de recherche et développement dans le domaine de la santé et de la médecine personnalisée, fait appel du jugement du 22 avril 2024 par lequel le tribunal administratif de Montpellier a rejeté sa demande tendant à la décharge des rappels de taxe sur les salaires qui lui ont été réclamés au titre des années 2017 et 2018. Ces impositions procèdent de la prise en compte, dans le rapport d’assujettissement à la taxe, de subventions qu’elle a perçues de la caisse d’assurance retraite et de la santé au travail, du fonds européen de développement régional et de l’entreprise Sanofi, qui ont été regardées par le service comme ne présentant pas un caractère exceptionnel. 
  
Sur le bien-fondé du jugement : 
 
En ce qui concerne l’application de la loi fiscale : 
 
2. Le I de l’article 231 du code général des impôts, après avoir précisé que les sommes payées à titre de rémunérations aux salariés sont soumises à une taxe sur les salaires au taux de 4,25 %, dispose que : « Cette taxe est à la charge des entreprises et organismes qui emploient ces salariés (…) qui paient ces rémunérations lorsqu'ils ne sont pas assujettis à la taxe sur la valeur ajoutée ou ne l'ont pas été sur 90 % au moins de leur chiffre d'affaires au titre de l'année civile précédant celle du paiement desdites rémunérations. L'assiette de la taxe due par ces personnes ou organismes est constituée par une partie des rémunérations versées, déterminée en appliquant à l'ensemble de ces rémunérations le rapport existant, au titre de cette même année, entre le chiffre d'affaires qui n'a pas été passible de la taxe sur la valeur ajoutée et le chiffre d'affaires total. Le chiffre d'affaires qui n'a pas été assujetti à la taxe sur la valeur ajoutée en totalité ou sur 90 p. 100 au moins de son montant, ainsi que le chiffre d'affaires total mentionné au dénominateur du rapport s'entendent du total des recettes et autres produits, y compris ceux correspondant à des opérations qui n'entrent pas dans le champ d'application de la taxe sur la valeur ajoutée. Le chiffre d'affaires qui n'a pas été passible de la taxe sur la valeur ajoutée mentionné au numérateur du rapport s'entend du total des recettes et autres produits qui n'ont pas ouvert droit à déduction de la taxe sur la valeur ajoutée (…) ». 
 
3. Il résulte de ces dispositions que l’assiette de la taxe sur les salaires due par les assujettis partiels à la taxe sur la valeur ajoutée s’obtient en appliquant au montant total des rémunérations le rapport existant entre le chiffre d’affaires qui n’a pas été passible de la taxe sur la valeur ajoutée et le chiffre d’affaires total. Ce rapport est déterminé en faisant figurer, au numérateur, le chiffre d’affaires qui n’a pas ouvert droit à déduction de la taxe sur la valeur ajoutée et qui, en conséquence, est constitué des recettes correspondant à des opérations exonérées ou situées hors du champ d’application de cette taxe, et, au dénominateur, la totalité des recettes correspondant à des opérations imposables ou exonérées ou situées hors du champ d’application de la taxe sur la valeur ajoutée. En l’espèce, la seule circonstance que les subventions en cause ne proviendraient pas directement de l’activité de la société Kyomed n’est pas de nature à remettre en cause leur qualification de recettes ou autres produits devant être inclus dans les chiffres d’affaires retenus pour l’assujettissement à la taxe sur les salaires. Par ailleurs, il est constant que ces subventions étaient situées en-dehors du champ d’application de la taxe sur la valeur ajoutée. Dès lors, c’est à bon droit que, pour calculer la taxe sur les salaires dont la société Kyomed était redevable, ces mêmes subventions ont été portées au numérateur du rapport déterminant l’assiette de cette taxe. 
 
En ce qui concerne l’interprétation administrative de la loi fiscale : 
 
4. Aux termes de l’article L. 80 A du livre des procédures fiscales : « (…) / Lorsque le redevable a appliqué un texte fiscal selon l'interprétation que l'administration avait fait connaître par ses instructions ou circulaires publiées et qu'elle n'avait pas rapportée à la date des opérations en cause, elle ne peut poursuivre aucun rehaussement en soutenant une interprétation différente. Sont également opposables à l'administration, dans les mêmes conditions, les instructions ou circulaires publiées relatives au recouvrement de l'impôt et aux pénalités fiscales ». 
 
5. En premier lieu, aux termes des paragraphes n° 160, n° 163 et n° 165 de l’instruction référencée BOI-TPS-TS-20-30 du 6 avril 2016 : « Les subventions non imposables à la TVA doivent être prises en compte dans tous les cas pour le calcul du rapport d’assujettissement à la taxe sur les salaires, y compris lorsque le redevable dispose par ailleurs d’un droit à déduction intégral en matière de TVA. / Néanmoins, les subventions à caractère exceptionnel et les subventions d’équipement ne sont pas prises en compte pour le calcul du rapport d’assujettissement à la taxe sur les salaires. / La notion de subvention exceptionnelle s'apprécie chez le bénéficiaire. / Il doit s'agir d'une aide non répétitive, destinée à financer une dépense précise ou à soutenir une opération particulière. Son versement peut être toutefois échelonné. / Enfin, son montant doit être accessoire au regard des recettes normales de l'entreprise. / Dans ces conditions, sont notamment exceptionnelles les subventions et aides suivantes : / (…) / - aides à l'emploi et à l'embauche, y compris lorsque ces aides accordées par l’Etat à un employeur sont forfaitaires ; / (…) / - aides à caractère forfaitaire reçues à titre exceptionnel par des entreprises pour le développement de la recherche ou de l'innovation, y compris les abandons d'avances qui, lors de leur octroi, sont remboursables en cas de succès ». Cette interprétation ne précise pas, en cas de pluralité de subventions, que la notion de subvention exceptionnelle doive s’apprécier de manière individualisée, subvention par subvention. En l’espèce, les subventions en cause ont représenté respectivement 37,07 % et 37,45 % du chiffre d’affaires réalisé par la société Kyomed au cours des années de leur perception. Une part significative de l’activité de l’intéressée est donc effectuée grâce à ces subventions, qui constituent, par suite, un mode de financement régulier et habituel et ne peuvent être regardées comme des subventions exceptionnelles. La société Kyomed, qui, percevant un chiffre d’affaires et des aides répétées, et ne relevant pas de la catégorie des jeunes entreprises innovantes, n’entre  pas, en tout état de cause, dans les prévisions des réponses ministérielles, publiées les 9 juillet 2019 et 12 mars 2024, à des questions n° 18639 et n° 10669, ne peut en conséquence se prévaloir, sur le fondement de l’article L. 80 A du livre des procédures fiscales, de ce que ces subventions doivent être exclues du rapport d’assujettissement. 
 
6. En deuxième lieu, aux termes de la réponse ministérielle, publiée le 8 janvier 1996, à une question n° 27390 : « Les subventions versées par les organismes de la Communauté européenne à des entreprises non agricoles en contrepartie des prestations de services désignées à l’article 259 B du code général des impôts ainsi que celles qui présentent le caractère de complément de prix d’opérations ouvrant droit à déduction ne sont pas à soumettre à la TVA et figurent aux deux termes du prorata de déduction de la TVA. Dans les deux cas, s’agissant de recettes afférentes à des opérations ouvrant droit à déduction, elles ne figurent bien entendu qu’au seul dénominateur du rapport d’assujettissement à la taxe sur les salaires. Enfin, les subventions en cause qui ne présentent pas le caractère du prix d’un service ou d’un complément de prix ne sont pas imposables à la TVA et ne sont pas à inscrire au prorata de déduction de la TVA. Il est également admis qu’elles ne soient pas prises en compte pour la détermination du rapport d’assujettissement à la taxe sur les salaires ». Les énonciations de cette réponse ministérielle, qui n’ont pas été reprises dans la base documentaire « Bulletin officiel des finances publiques - Impôts », ont été rapportées à la date du 12 septembre 2012, soit antérieurement aux années en litige, ou même des périodes de référence du rapport d’assujettissement y afférent, par l’instruction n° 13 A-2-12 du 7 septembre 2012 relative à la création de cette base, de sorte que la société Kyomed n’est pas fondée à s’en prévaloir, sur le fondement de l’article L. 80 A du livre des procédures fiscales, pour faire obstacle à la prise en compte, dans la détermination du rapport d’assujettissement à la taxe sur les salaires, des subventions qui lui ont été versées par le fonds européen de développement régional. 
 
7. En troisième lieu, il résulte de ce qui a été dit au point précédent que la société Kyomed ne peut valablement se prévaloir de l’exclusion des subventions perçues du fonds européen de développement régional dans le rapport d’assujettissement à la taxe sur les salaires et déduire, en tout état de cause, de cette exclusion que les autres subventions perçues revêtaient un caractère exceptionnel au sens des paragraphes précitées de l’instruction référencée BOI-TPS-TS-20-30 du 6 avril 2016. 
 
8. Il résulte de tout ce qui précède que la société Kyomed n’est pas fondée à soutenir que c’est à tort que, par le jugement attaqué, le tribunal administratif de Montpellier a rejeté sa demande. 
 
Sur les frais liés au litige : 
 
9. Les dispositions de l’article L. 761-1 du code de justice administrative font obstacle à ce que soit mis à la charge de l’État, qui n’est pas dans la présente instance la partie perdante, le versement de quelque somme que ce soit sur leur fondement. 
 
 
 
D É C I D E : 
 
 
Article 1er : La requête de la société Kyomed est rejetée. 
 
Article 2 : Le présent arrêt sera notifié à la société par actions simplifiée Kyomed et au ministre de l’économie, des finances et de la souveraineté industrielle, énergétique et numérique. 
Copie en sera adressée à la direction de contrôle fiscal Occitanie. 
 
Délibéré après l’audience du 29 janvier 2026, où siégeaient : 
 
 
M. Faïck, président, 
M. Lafon, président-assesseur, 
Mme Crassus, première conseillère. 
 
 
Rendu public par mise à disposition au greffe le 12 février 2026. 
 
 
 
Le rapporteur, 
 
 
 
 
 
N. Lafon  
Le président, 
 
 
 
 
 
F. Faïck 
 
 
 
 
La greffière, 
 
 
 
 
E. Ocana 
La République mande et ordonne au ministre de l’économie, des finances et de la souveraineté industrielle, énergétique et numérique en ce qui le concerne ou à tous commissaires de justice à ce requis en ce qui concerne les voies de droit commun contre les parties privées, de pourvoir à l'exécution de la présente décision. 
 
Pour expédition conforme,  
La greffière,