TA13 · 5ème Chambre — 13 juillet 2022

Vu la procédure suivante : 
 Un jugement avant dire droit, en date du 1er avril 2021, a été rendu sur la requête n°1805238 présentée par l'association Les Amis de la Terre France, représentée par Me Cofflard, par l'association Greenpeace France, l'association France nature environnement (FNE), l'association France nature environnement PACA (FNE PACA), l'association France nature environnement 13 (FNE 13) et l'association Ligue de protection des oiseaux PACA (LPO PACA), représentées par Me Victoria, tendant : 
 1°) à l'annulation de l'arrêté du 16 mai 2018 par lequel le préfet des Bouches-du-Rhône a autorisé la SAS Total raffinage France, aux droits de laquelle est venue la SAS Total Energies Raffinage France (TERF), à poursuivre l'exploitation de la raffinerie de Provence située sur le territoire des communes de Martigues et de Châteauneuf-les-Martigues ; 
 2°) dans le dernier état des écritures de l'association Les Amis de la Terre France, à ce qu'une somme de 3 000 euros soit mise à la charge de l'Etat au titre des dispositions de l'article L. 761-1 du code de justice administrative ;  
 3°) dans le dernier état des écritures des autres associations requérantes, à ce que l'Etat et la SAS Total Energies raffinage France leur versent une somme de 3 000 euros chacune au titre de l'article L. 761-1 du code de justice administrative.  
 Par ce jugement avant dire droit, le tribunal :  
 1°) a annulé l'arrêté du préfet des Bouches-du-Rhône en date du 16 mai 2018 en tant seulement qu'il ne fixait pas de limitation quantitative annuelle plus stricte que celle indiquée à l'article 1.8.1 à l'utilisation d'huile de palme et de ses dérivés dans le fonctionnement de la bioraffinerie de La Mède ; 
 2°) a enjoint au préfet de prendre un arrêté modificatif pour procéder à la fixation de cette limite à l'issue des mesures de régularisation définies aux points 103 à 110 des motifs du jugement ; 
 3°) a fait application des dispositions du 2° du I de l'article L. 181-18 du code de l'environnement et, avant de statuer sur le surplus des conclusions de la requête, a sursis à statuer et donné au préfet des Bouches-du-Rhône un délai de neuf mois pour la régularisation des vices affectant la légalité de l'arrêté d'autorisation du 16 mai 2018, cette procédure impliquant que le préfet régularise l'insuffisance de l'étude d'impact quant aux effets du projet sur le climat en faisant compléter sur ce point l'étude par l'exploitant, qu'il régularise également l'avis de l'autorité environnementale par l'émission d'un nouvel avis rendu par la mission régionale d'autorité environnementale du conseil général de l'environnement et du développement durable (CGEDD) compétente pour la région Provence-Alpes-Côte d'Azur, qu'il organise une enquête publique complémentaire selon les modalités prévues par les articles L. 123-14 et R. 123-23 du code de l'environnement pour y soumettre l'étude d'impact complémentaire et le nouvel avis d'autorité environnementale avec le dossier d'enquête publique initiale et, enfin, qu'il prenne un arrêté d'autorisation modificative en tenant compte ;   
 4°) a estimé qu'il n'y avait pas lieu de suspendre l'exécution de l'autorisation délivrée à l'exploitant ; 
 5°) et a réservé tous droits, moyens et conclusions des parties, sur lesquels il n'aurait pas été statué par ce jugement avant dire droit, jusqu'à la fin de l'instance. 
 Le préfet des Bouches-du-Rhône a transmis les 3 août 2021, 28 septembre 2021, 24 mars 2022, 4 mai 2022 et 10 mai 2022 les pièces suivantes qu'il a été invité à produire par le tribunal en vue de compléter l'instruction :  
 - l'étude d'impact du projet mise à jour en juillet 2021 et complétée d'un volet climat ; 
 - l'avis en date du 23 septembre 2021 de la mission régionale d'autorité environnementale Provence-Alpes-Côte d'Azur du CGEDD sur le projet de reconversion de la plateforme de la Mède sur les communes de Châteauneuf-les-Martigues et de Martigues ; 
 - le rapport, les conclusions et l'avis du commissaire enquêteur du 3 mars 2022 sur l'enquête publique réalisée du 24 janvier au 24 février 2022 portant sur l'actualisation de l'étude d'impact présentée par la société Total Energies Raffinage France ; 
 - l'arrêté du préfet des Bouches-du-Rhône du 2 mai 2022 modifiant l'arrêté du 16 mai 2018 autorisant la société Total Energies Raffinage France à exploiter une bioraffinerie située sur le territoire des communes de Châteauneuf-les-Martigues et Martigues.  
 L'association Greenpeace France, l'association France nature environnement, l'association France nature environnement PACA, l'association France nature environnement 13 et l'association Ligue de protection des oiseaux PACA, représentées par Me Victoria, ont présenté des observations le 6 juin 2022 par lesquelles : 
 1°) à titre principal, elles persistent dans leurs précédentes écritures tendant à l'annulation de l'arrêté du préfet des Bouches-du-Rhône en date du 16 mai 2018, ensemble l'arrêté complémentaire du 2 mai 2022 ; 
 2°) à titre subsidiaire, elles demandent l'annulation de l'article 1.8.1 de l'arrêté du 16 mai 2018, dans sa version résultant de l'article 1.4 de l'arrêté du 2 mai 2022 ;  
 3°) elles maintiennent leur demande présentée au titre de l'article L. 761-1 du code de justice administrative. 
 Elles soutiennent que :  
 - l'étude d'impact complémentaire relatives aux incidences du projet sur le climat est insuffisante s'agissant de l'incidence de l'utilisation d'huile de palme, de l'impact de l'utilisation des PFAD et résidus d'huile de palme et de l'impact de l'utilisation des huiles de remplacement ; 
 - les prescriptions de l'article 1.4 de l'arrêté modificatif du 2 mai 2022 sont insuffisantes s'agissant de l'utilisation d'huile de palme dans le fonctionnement de l'installation et de l'utilisation d'huiles de remplacement. 
 La société Total Energies Raffinage France (TERF) a produit des observations enregistrées le 17 juin 2022 par lesquelles : 
 1°) elle persiste dans ses précédentes écritures tendant au rejet des conclusions des associations requérantes dirigées à l'encontre de l'arrêté du préfet des Bouches-du-Rhône du 16 mai 2018 ; 
 2°) elle conclut au rejet des conclusions des associations requérantes tendant également à l'annulation de l'arrêté modificatif du 2 mai 2022 ; 
 3°) elle demande à ce qu'une somme de 5 000 euros soit mise à la charge des associations requérantes au titre de l'article L. 761-1 du code de justice administrative. 
 Elle fait valoir que les moyens soulevés par les associations requérantes ne sont pas fondés. 
 L'association Les Amis de la Terre France, représentée par Me Cofflard, a présenté des observations le 23 juin 2022 par lesquelles : 
 1°) à titre principal, elle persiste à demander l'annulation de l'arrêté du préfet des Bouches-du-Rhône du 16 mai 2018 et de l'arrêté du 2 mai 2022 modifiant l'arrêté initial d'autorisation ;  
 2°) à titre subsidiaire, elle demande l'annulation de l'arrêté du 2 mai 2022 modifiant l'arrêté du 16 mai 2018 en tant qu'il ne fixe pas de limitation quantitative annuelle plus stricte que celle indiquée à l'article 1.8.1 à l'utilisation d'huile de soja et de ses dérivés dans le fonctionnement de la bioraffinerie de La Mède ;  
 3°) elle persiste dans sa demande présentée au titre de l'article L. 761-1 du code de justice administrative. 
 S'associant aux écritures des autres associations requérantes, elle soutient que : 
 - l'étude d'impact complémentaire sur le volet climat est entachée d'insuffisances ; 
 - les prescriptions de l'article 1.8.1 de l'arrêté du 2 mai 2022 sont insuffisantes. 
 L'association Greenpeace France, l'association France nature environnement, l'association France nature environnement PACA, l'association France nature environnement 13 et l'association Ligue de protection des oiseaux PACA ont produit de nouvelles observations le 23 juin 2022 qui n'ont pas été communiquées. 
 Vu les autres pièces du dossier. 
 Vu : 
 -la directive (UE) 2018/2001 du Parlement européen et du Conseil du 11 décembre 2018 relative à la promotion de l'utilisation de l'énergie produite à partir de sources renouvelables (RED2) ; 
 - le code de l'environnement ; 
 - le jugement n°1805238 du tribunal du 1er avril 2021 ; 
 -le code de justice administrative. 
 Les parties ont été régulièrement averties du jour de l'audience. 
 Ont été entendus au cours de l'audience publique : 
 -le rapport de M. A,  
 -les conclusions de Mme Noire, rapporteure publique. 
 - et les observations de Me Victoria, pour l'association Greenpeace France, l'association France nature environnement, l'association France nature environnement PACA, l'association France nature environnement 13 et l'association Ligue de protection des oiseaux PACA, 
 - de M. B pour le préfet des Bouches-du-Rhône, 
 - et de Me Galamidi, pour la société Total Energies Raffinage France.  
 Considérant ce qui suit :  
 1. L'association Les Amis de la Terre France, l'association Greenpeace France, l'association France nature environnement (FNE), l'association France nature environnement PACA (FNE PACA), l'association France nature environnement 13 (FNE 13) et l'association Ligue de protection des oiseaux PACA (LPO PACA) demandent l'annulation de l'arrêté du préfet des Bouches-du-Rhône en date du 16 mai 2018 ayant autorisé la société Total aux droits de laquelle est venue la société Total Energies Raffinage France à exploiter la bioraffinerie située sur la plateforme de la Mède sur le territoire des communes de Martigues et Châteauneuf-les-Martigues. 
 2. Par le jugement avant-dire-droit en date du 1er avril 2021 visé ci-dessus, le tribunal a, d'une part, annulé l'arrêté du préfet des Bouches-du-Rhône du 16 mai 2018 en tant seulement qu'il ne fixait pas de limitation quantitative annuelle plus stricte que celle indiquée à l'article 1.8.1 à l'utilisation d'huile de palme et de ses dérivés dans le fonctionnement de la bioraffinerie de La Mède. Il a également enjoint au préfet de prendre un arrêté modificatif pour procéder à la fixation de cette limite à l'issue des mesures de régularisation définies aux points 103 à 110 des motifs du jugement avant dire droit.  
 3. Il a, d'autre part, après avoir écarté les autres moyens développés par l'association Les Amis de la Terre France, l'association Greenpeace France, l'association France nature environnement, l'association France nature environnement PACA, l'association France nature environnement 13 et l'association Ligue de protection des oiseaux PACA, considéré, aux points 41 à 53, que compte tenu des impacts négatifs sur le climat et la biodiversité résultant de l'utilisation d'huile de palme pour produire des biocarburants, reconnus comme tels par les institutions tant au niveau national que communautaire et en l'état actuel des connaissances scientifiques, du fait notamment du risque de " changement indirect dans l'affectation des sols " (effet CIAS) et du surcroît d'émissions de gaz à effet de serre généré, et compte tenu des quantités substantielles d'huile de palme et de ses dérivés susceptibles d'être utilisées pour le fonctionnement de la bioraffinerie de la Mède, l'étude d'impact portant sur l'analyse des effets directs et indirects sur le climat, se bornant à analyser l'impact localisé de la plateforme sur les émissions de gaz à effet de serre du fait de la transformation de la raffinerie en bioraffinerie, était insuffisante et que cette lacune n'avait pas été palliée par la réponse de l'exploitant au commissaire enquêteur sur ce point. Il a considéré que l'insuffisance dont est entachée l'étude d'impact quant aux effets du projet sur le climat était de nature à avoir nui à l'information complète de la population et à avoir exercé une influence sur le sens de la décision, en ce qui concerne, notamment, l'édiction des prescriptions quantitatives, par le préfet. 
 4. Il a également considéré, aux points 8 à 14, que l'avis de l'autorité environnementale n'avait pas été rendu dans des conditions d'autonomie réelle à l'égard de l'auteur de l'autorisation contestée en méconnaissance des dispositions de l'article 6 de la directive 2011/92/UE du 13 décembre 2011.  
 5. Il a alors fait application des dispositions du 2° du I de l'article L. 181-18 du code de l'environnement et sursis à statuer sur les conclusions d'annulation présentées par les associations requérantes. Il a donné un délai de neuf mois pour la régularisation des vices affectant la légalité de l'arrêté d'autorisation pris par le préfet des Bouches-du-Rhône le 16 mai 2018, le préfet devant justifier de l'injonction à l'exploitant de compléter l'étude d'impact sur le volet climat, d'un nouvel avis de l'autorité environnementale, d'une enquête publique complémentaire et d'un arrêté modificatif prenant acte du jugement avant dire droit et des éléments soumis à enquête publique.  
 Sur la régularisation des vices de procédure :  
 6. Aux termes de l'article L. 181-18 du code de l'environnement : " I.- Le juge administratif qui, saisi de conclusions dirigées contre une autorisation environnementale, estime, après avoir constaté que les autres moyens ne sont pas fondés : () 2° Qu'un vice entraînant l'illégalité de cet acte est susceptible d'être régularisé par une autorisation modificative peut, après avoir invité les parties à présenter leurs observations, surseoir à statuer jusqu'à l'expiration du délai qu'il fixe pour cette régularisation. Si une telle autorisation modificative est notifiée dans ce délai au juge, celui-ci statue après avoir invité les parties à présenter leurs observations. () ". 
 7. Lorsque, en application de l'article L. 181-18 du code de l'environnement, le juge de l'autorisation environnementale, après avoir constaté que les autres moyens ne sont pas fondés, a sursis à statuer afin de permettre la régularisation de l'autorisation attaquée devant lui, les parties à l'instance ayant donné lieu à la décision de sursis à statuer ne peuvent, à l'appui de la contestation de l'autorisation modificative prise en vue de la régularisation, invoquer que des vices qui lui sont propres et soutenir qu'elle n'a pas pour effet de régulariser les vices que le juge a constatés dans sa décision avant-dire droit. Elles ne peuvent en revanche soulever aucun autre moyen, qu'il s'agisse d'un moyen déjà écarté par la décision avant-dire droit ou de moyens nouveaux, à l'exception de ceux qui seraient fondés sur des éléments révélés par la procédure de régularisation.  
 8. Il résulte de l'instruction que le préfet des Bouches-du-Rhône a, dans les suites du jugement du 1er avril 2021, fait réaliser par la SAS Total Energies Raffinage France une étude d'impact complémentaire portant sur les impacts du projet sur le climat du fait du fonctionnement de la bioraffinerie à l'huile de palme et ses dérivés ayant conduit à l'actualisation de l'étude d'impact en juillet 2021. Le préfet a ensuite saisi la mission régionale d'autorité environnementale (MRAE) de Provence-Alpes-Côte d'Azur concernant le projet de reconversion de la plateforme de la Mède en bioraffinerie. Cette autorité a rendu son avis n°2021APPACA52/2936 le 23 septembre 2021. Le préfet a par ailleurs prescrit, par arrêté du 20 décembre 2021, l'ouverture d'une enquête publique portant sur la demande d'autorisation d'exploiter la bioraffinerie par la SAS Total Energies Raffinage France, au titre des articles L. 123-1 et R. 123-1 et suivants du code de l'environnement. L'enquête publique, à laquelle ont été soumis l'étude d'impact actualisée, l'avis de la MRAE et les éléments du dossier d'enquête publique initiale, a effectivement eu lieu du 24 janvier au 24 février 2022, le commissaire enquêteur ayant remis à la préfecture son rapport, ses conclusions et son avis motivé favorable assorti de recommandations le 22 mars 2022. Enfin, le préfet a, par arrêté du 2 mai 2022, décidé, - sans y substituer une nouvelle autorisation environnementale-, de modifier l'arrêté d'autorisation du 16 mai 2018 conformément au jugement du tribunal en date du 1er avril 2021, en fixant notamment des limites plus restrictives à l'exploitant quant à l'utilisation d'huile de palme et de ses dérivés dans le fonctionnement de la bioraffinerie, en son article 1.4 modifiant l'article 1.8.1 de l'arrêté du 16 mai 2018.   
 9. Les mesures de régularisation des vices de procédure relevés dans son jugement avant dire droit et ordonnées par le tribunal sur le fondement des dispositions du 2° du I de l'article L. 181-18 du code de l'environnement, ont ainsi été prises par le préfet des Bouches-du-Rhône. Les associations requérantes critiquent toutefois la régularité de cette procédure de régularisation, en invoquant l'insuffisance de l'étude d'impact complémentaire et l'insuffisance des prescriptions imposées par le préfet par son arrêté modificatif du 2 mai 2022.  
 Sur l'insuffisance de l'étude d'impact complémentaire portant sur le volet climat :  
 10. D'une part, l'article R. 122-5 du code de l'environnement, dans sa rédaction alors en vigueur citée au point 22 du jugement avant dire droit du 1er avril 2021, complété par les articles R. 512-6 et R. 512-8 alors en vigueur du code de l'environnement, définit le contenu de l'étude d'impact, qui est proportionné à la sensibilité environnementale de la zone susceptible d'être affectée par le projet, à l'importance et à la nature des travaux, ouvrages et aménagements projetés et à leurs incidences prévisibles sur l'environnement ou la santé humaine. Les dispositions combinées des points 2° et 3° du I de l'article R. 122-5 imposaient la prise en compte dans l'état initial du site des facteurs climatiques et exigeaient une analyse des effets du projet sur l'environnement, en particulier sur les facteurs climatiques et l'air et les dispositions de l'article R. 512-8 exigeaient que l'analyse des effets négatifs et positifs, directs et indirects, temporaires et permanents, à court, moyen et long terme, du projet sur l'environnement précise en tant que de besoin les effets sur le climat de l'installation projetée.  
 11. D'autre part, les inexactitudes, omissions ou insuffisances d'une étude d'impact ne sont susceptibles de vicier la procédure, et donc d'entraîner l'illégalité de la décision prise au vu de cette étude, que si elles ont pu avoir pour effet de nuire à l'information complète de la population ou si elles ont été de nature à exercer une influence sur la décision de l'autorité administrative.  
 12. L'étude d'impact du projet de bioraffinerie de la Mède, mise à jour en juillet 2021 par la SAS Total Energies Raffinage France, porte notamment sur le volet climat, dans sa partie 5, aux pages 224 et suivantes, et comprend en annexe I un volet climat détaillé et des tableaux relatifs à la répartition des émissions de gaz à effet de serre liées à la production et à l'utilisation de biocarburants fabriqués à partir d'huile de palme certifiée, y compris intégrant ces émissions liées au changement indirect d'affectation des terres résultant de la production d'huile de palme et de ses dérivés destinés à cette fin.  Ce document, après mise à jour de l'analyse des émissions de gaz à effet de serre et de différentes substances dans l'air sur et aux abords du site de la plateforme de la Mède, étudie l'impact sur le climat résultant de l'utilisation d'huile de palme pour le fonctionnement de la bioraffinerie. L'étude comprend une analyse des effets locaux sur le climat de l'installation en comparant le fonctionnement de la raffinerie jusqu'à la fin de l'année 2016 (pages 260 et suivantes) et celui de la bioraffinerie ensuite (pages 264 et suivantes). Surtout, elle comprend une partie 5.2.3 portant sur l'incidence de l'utilisation d'huiles de palme certifiée pour le fonctionnement de l'installation (pages 267 et suivantes), synthétisant la note détaillée présentée en annexe I., elle expose que l'évaluation des émissions de gaz à effet de serre liées à la production de biocarburants sur le site à partir d'huile de palme a été réalisée à partir d'une méthodologie établie par l'Union européenne reposant sur une analyse du cycle de vie des biocarburants et en fonction des quantités de biocarburants produits sur le site.  
 13. L'étude a porté sur plusieurs cas de figure, correspondant à l'hypothèse des quantités réelles d'huile de palme certifiée ayant approvisionné l'installation en 2019 et 2020, mais aussi sur le scénario permis par l'autorisation d'exploiter du 16 mai 2018 (450 000 tonnes/an d'huile de palme), sur un scénario de 300 000 tonnes par an selon l'engagement de l'exploitant en 2018, sur un scénario de 100 000 tonnes par an suivant mise à jour du plan d'approvisionnement en juillet 2021 et pour la période 2021/2022, ainsi que sur le scénario de la cessation de l'utilisation d'huile de palme dans l'installation à partir du 1er janvier 2023. Des tableaux présentent les émissions de gaz à effet de serre selon ces différents scénarios depuis la production des huiles et dérivés jusqu'à leur utilisation dans l'installation. L'étude souligne la baisse des émissions de gaz à effet de serre de l'installation du fait de sa transformation de raffinerie produisant des carburants et combustibles d'origine fossile en bioraffinerie produisant des biocarburants et biocombustibles. Elle indique également que le niveau de ces émissions diminue proportionnellement à la baisse de la part d'huile de palme certifiée dans la production des biocarburants et biocombustibles sur le site. Le point 5.2.3.2 de l'étude (pages 271 et suivantes) porte plus précisément sur les effets de la production et de l'utilisation de biocarburants à partir d'huile de palme certifiée sur le climat, liés au changement indirect dans l'affectation des sols (effet CASI). L'étude expose la difficulté de la mesure des émissions de gaz à effet de serre associées, en l'absence de consensus scientifique sur la méthodologie à mettre en œuvre. Les calculs retenus par l'étude et présentés dans un tableau ont pris en compte la valeur de référence des émissions estimatives de gaz à effet de serre liées aux changements indirects dans l'affectation des sols pour les biocarburants utilisant de l'huile de palme certifiée proposée par l'Union européenne à titre indicatif et provisoire. L'étude retient qu'en prenant en compte les émissions liées au changement indirect dans l'affectation des sols, les émissions théoriques associées à la production et l'utilisation de biocarburants et biocombustibles à partir de l'hypothèse majorée de 450 000 tonnes d'huile de palme certifiée représenteraient une réduction de 91% par rapport aux émissions liées à l'exploitation de la raffinerie produisant des énergies fossiles et que les calculs ne remettent donc pas en cause les bénéfices résultant, à l'échelle locale, de la transformation de la raffinerie en bioraffinerie. Le point 5.2.3.3 (pages 273) expose enfin les mesures que l'exploitant a mises en œuvre pour limiter les impacts sur le climat des huiles de palme produites et utilisées dans le fonctionnement de l'installation, reposant essentiellement sur le respect du système de certification volontaire de l'International Sustainability and Carbon certification (ISCC).  
 14. L'exploitant a par ailleurs répondu de manière détaillée le 16 mars 2022, au cours de l'enquête publique, aux observations du commissaire enquêteur suscitées par les recommandations de la MRAE et les interrogations des associations de protection de l'environnement exprimées au cours de l'enquête, ces éléments de réponse ayant ainsi été portés à la connaissance du public et pris en compte par le commissaire enquêteur puis par l'autorité préfectorale. Il a ainsi répondu aux observations portant sur la provenance et la quantité d'huiles de remplacement de l'huile de palme dans le fonctionnement de l'installation à compter du 1er janvier 2023, précisant qu'il privilégierait l'huile de colza (en provenance d'Amérique du Nord, d'Océanie et d'Eurasie), l'huile de tournesol (provenant en priorité d'Eurasie) et les graisses animales de catégorie 3 (issues de l'économie circulaire), sans pouvoir préciser davantage les proportions de chaque composé oléagineux dépendant de l'évolution des conditions du marché. Il a également répondu aux observations sur l'impact de la bioraffinerie sur le climat, relatives au système du bilan massique exigé par l'Union européenne, au système de certification volontaire reconnu par l'Union et à la méthodologie du calcul des émissions de gaz à effet de serre associées à la production et à l'utilisation de biocarburants fabriqués à partir d'huile de palme certifiée. Il a ainsi justifié son choix du recours au système du bilan massique plutôt qu'au système dit du " ségrégué " pour le calcul des émissions de gaz à effet de serre, résultant d'une exigence du droit communautaire et en particulier des directives " RED I " et " RED II ", ces éléments de réponse ayant été pris en compte dans ses conclusions par le commissaire enquêteur. Celui-ci a souligné à cet égard que la méthodologie proposée par l'association Greenpeace France pour le calcul des émissions de gaz à effet de serre, qui n'avait pas été versée à l'enquête publique, si elle tendait à s'appuyer sur des instituts de recherche spécialisés en analyse de la déforestation et des émissions de gaz à effet de serre, ou en comptabilité carbone, analyse de cycle de vie et agro carburants, ne reposait pas sur des données précises et vérifiables et se trouvait biaisée du fait de l'imputation à la société Total Raffinage France des déforestations survenues entre 2008 et 2017, alors que la bioraffinerie n'était pas encore en fonctionnement. Il a souligné que la méthodologie développée par l'association Greenpeace France n'était pas reconnue par l'Union européenne dans le cadre des directives " RED I " et " RED II ", contrairement à celle utilisée par l'exploitant. Les conclusions du commissaire enquêteur ont en outre souligné le débat, au cours de l'enquête, entre la société Total Energies Raffinage France et les associations quant au point de savoir si une tonne de biocarburant émettait davantage de gaz à effet de serre qu'une tonne de carburant d'origine fossile. 
 15. En premier lieu, les associations Greenpeace France, FNE, FNE PACA et LPO PACA critiquent l'insuffisance de l'étude d'impact sur le climat en ce qui concerne l'utilisation de l'huile de palme. Il résulte toutefois de l'instruction que la SAS Total Energies Raffinage France a fait application de la méthodologie retenue pour le calcul des valeurs du tableau n°4 du volet climat de l'étude d'impact mise à jour, résultant de l'annexe V de la directive 2018/2001 du Parlement européen et du Conseil du 11 décembre 2018 (RED II), à partir des valeurs extraites des certificats de durabilité accompagnant les matières premières importées sur le site de la bioraffinerie de la Mède au cours de l'année 2020, première année entière de fonctionnement de la bioraffinerie, non divulguées pour des raisons de confidentialité. Les associations requérantes n'établissent pas, par la seule production du document établi en février 2022 pour son compte, présenté comme une contre-expertise de l'étude d'impact réalisée par Total et intitulé " Agrocarburants : comment Total occulte son impact sur les forêts et le climat ", par un expert en huile de palme et avec l'appui de consultants et experts, spécialisés en huile de palme, déforestation, certifications durables, analyse de cycle de vie et carburants alternatifs, que la méthodologie de l'exploitant pour calculer les émissions de gaz à effet de serre liées à la production et l'utilisation d'huile de palme pour le fonctionnement de la bioraffinerie serait biaisée ou non fiable et de nature à minimiser les impacts et risques réels pour le climat du fonctionnement de l'installation avec de l'huile de palme et ses dérivés, et nuire ainsi à l'information du public et du décisionnaire.  
 16. Il résulte en particulier de l'instruction que la méthodologie de l'exploitant a pris en compte un facteur " e1 " correspondant aux modifications de stocks de carbone dues à des changements dans l'affectation des sols, comme prévu par la méthodologie issue du droit de l'Union mise en œuvre, le coefficient nul appliqué à ce facteur résultant en l'espèce de la prise en compte dans l'étude de ce que les terres utilisées pour la culture de palme n'étaient pas des terres présentant un important stock de carbone telles que des forêts, zones humides et tourbières, sans qu'il puisse pour autant s'en inférer une prise en compte nulle et ainsi minimisée par l'exploitant de l'impact direct de la production et de l'utilisation d'huile de palme dans le fonctionnement de l'installation. Alors même qu'il a été publié dans des revues scientifiques reconnues, le document produit, qui repose sur une méthodologie différente non validée à ce jour notamment par le droit communautaire, ne suffit pas à établir que l'exploitant n'aurait pas, dans l'étude d'impact complémentaire sur le volet climat, pris en compte les conséquences du changement direct et même indirect d'affectation des sols consécutif à la production et l'utilisation d'huile de palme pour le fonctionnement de la bioraffinerie ou que les émissions générées par le projet seraient en réalité plus élevées de 183% que celles évaluées par l'étude d'impact. Il n'établit pas davantage que la tonne de biocarburant produite sur le site génèrerait 13% d'émissions de gaz à effet de serre supplémentaires par rapport à une tonne de carburant d'origine fossile.  
 17. En deuxième lieu, si les associations critiquent l'insuffisance de l'étude d'impact s'agissant de l'incidence de l'utilisation des PFAD et résidus d'huile de palme sur le climat, lesquels n'auraient pas fait l'objet de l'étude d'impact complémentaire, il résulte de l'instruction que cette étude, en ce qu'elle porte sur " l'huile de palme certifiée approvisionnée ", inclut dans les différents scénarii étudiés, l'analyse des impacts sur le climat, tant de l'huile de palme que de ses dérivés (déchets et résidus), notamment les PFAD, ainsi qu'il ressort en particulier du tableau n°3 du volet climat (page 27).  
 18. En troisième lieu, les associations ne peuvent utilement critiquer, à ce stade de la procédure, l'insuffisance de l'étude d'impact complémentaire s'agissant de l'impact de l'utilisation d'huiles de remplacement de l'huile de palme dans le fonctionnement de la bioraffinerie, notamment après la cessation de l'utilisation de cette huile et de ses dérivés à partir du 1er janvier 2023, pour critiquer la procédure de régularisation par la réalisation d'une étude d'impact complémentaire portant sur l'incidence du fonctionnement de l'installation avec de l'huile de palme et de ses dérivés, alors que le jugement avant dire droit du 1er avril 2021 a limité, compte tenu de l'argumentation développée devant le tribunal par les requérantes, à ce seul point l'exigence de régularisation. La critique de l'étude d'impact s'agissant de l'utilisation d'huiles de remplacement ne peut être regardée comme relevant d'un moyen nouveau qui serait fondé sur les éléments révélés seulement par la procédure de régularisation alors que l'arrêté d'autorisation du 16 mai 2018 prévoyait déjà le recours, dans des proportions potentiellement substantielles, à des huiles végétales autres que l'huile de palme et ses dérivés dans le fonctionnement de la bioraffinerie, qu'il s'agisse des huiles de colza, de tournesol et de soja dont les requérantes soulignent désormais qu'elles présentent également des conséquences néfastes pour l'environnement.  
 19. En tout état de cause, si les associations soutiennent que l'utilisation d'autres huiles végétales pour produire des biocarburants sur le site en remplacement de l'huile de palme constituerait une dégradation de l'impact de l'installation sur le climat et que les cultures d'autres huiles comme le soja sont susceptibles de générer un effet indirect sur l'affectation des sols, elles procèdent essentiellement par allégations et suppositions, sans apporter d'éléments suffisamment sérieux devant le tribunal de nature à établir la minimisation de l'impact sur le climat du fonctionnement de l'installation avec d'autres huiles végétales, en se bornant à souligner que les données de l'étude d'impact complémentaire de l'exploitant laisseraient  penser que l'utilisation de colza ou de tournesol dans le fonctionnement de la bioraffinerie entraînerait une moindre réduction des émissions de gaz à effet de serre par rapport à l'huile de palme, en comparaison avec le fonctionnement de la raffinerie à partir de matières d'origine fossile. Si la MRAE, dans ses recommandations portant notamment sur les émissions de gaz à effet de serre du projet, a souligné l'intérêt de préciser la nature, la provenance géographique et la quantité des huiles retenues en remplacement de l'huile de palme à compter du 1er janvier 2023, l'étude d'impact ne devait pas nécessairement préciser la provenance des huiles de remplacement, ainsi qu'il résultait notamment du point 39 du jugement avant dire droit. Cet avis motivé du 23 septembre 2021 a en tout état de cause été soumis à l'enquête publique et porté ainsi à la connaissance du public et du préfet.  
 20. Les associations requérantes, qui procèdent ainsi et en tout état de cause par allégations s'agissant des huiles de remplacement et se bornent à émettre des hypothèses, ne sont, par suite, pas fondées à soutenir que l'étude d'impact complémentaire réalisée par l'exploitant et portant sur l'impact sur le climat résultant de l'utilisation de l'huile de palme et de ses dérivés dans le fonctionnement de la bioraffinerie, portée à la connaissance du public dans le cadre de l'enquête publique complémentaire diligentée par le préfet des Bouches-du-Rhône, présenterait des insuffisances substantielles de nature à nuire à la bonne information de la population ou à exercer une influence sur le sens de l'arrêté modificatif du 2 mai 2022. Par suite, le moyen tiré de l'insuffisance de l'étude d'impact dans le dossier de demande doit être écarté et le vice de procédure qui entachait l'autorisation délivrée le 16 mai 2018, désormais modifiée par l'arrêté du 2 mai 2022, doit être considéré comme régularisé. 
 Sur l'insuffisance des prescriptions imposées par l'arrêté modificatif du 2 mai 2022 en ce qu'elles concernent l'utilisation d'huile de palme et de ses dérivés : 
 21. Aux termes de l'article L. 181-3 du code de l'environnement : " I. - L'autorisation environnementale ne peut être accordée que si les mesures qu'elle comporte assurent la prévention des dangers ou inconvénients pour les intérêts mentionnés aux articles L. 211-1 et L. 511-1 () ". Aux termes de l'article L. 511-1 du même code : " Sont soumis aux dispositions du présent titre les usines, ateliers, dépôts, chantiers et, d'une manière générale, les installations exploitées ou détenues par toute personne physique ou morale, publique ou privée, qui peuvent présenter des dangers ou des inconvénients soit pour la commodité du voisinage, soit pour la santé, la sécurité, la salubrité publiques, soit pour l'agriculture, soit pour la protection de la nature, de l'environnement et des paysages, soit pour l'utilisation rationnelle de l'énergie, soit pour la conservation des sites et des monuments ainsi que des éléments du patrimoine archéologique. ". Aux termes de l'article L. 512-1 dudit code : " Sont soumises à autorisation préfectorale les installations qui présentent de graves dangers ou inconvénients pour les intérêts visés à l'article L. 511-1. L'autorisation, dénommée autorisation environnementale, est délivrée dans les conditions prévues au chapitre unique du titre VIII du livre Ier. ". Aux termes de l'article L. 181-3 du même code : " I. - L'autorisation environnementale ne peut être accordée que si les mesures qu'elle comporte assurent la prévention des dangers ou inconvénients pour les intérêts mentionnés aux articles L. 211-1 et L. 511-1, selon les cas ". 
 22. L'arrêté d'autorisation du 16 mai 2018 prévoyait, en son article 1.8.1, que la bioraffinerie de La Mède devait produire 500 000 tonnes de biocarburants par an et fonctionner à partir d'un volume maximal d'approvisionnement de 650 000 tonnes annuelles, ces dispositions prévoyant que le fonctionnement de l'installation devait utiliser au maximum 450 000 tonnes annuelles d'huiles végétales brutes de toutes natures et au minimum 25% de distillats d'acides gras, d'huiles alimentaires usagées ou de graisses animales de catégorie 3. Si le préfet avait fixé à l'exploitant, à l'article 1.8.1 de l'arrêté litigieux, l'objectif de réduire la part des huiles végétales brutes nécessaires au fonctionnement du site, l'exploitant pouvait toutefois, à défaut de proposer une diminution de la part des huiles végétales brutes de son plan d'approvisionnement, justifier que cette part était " réduite à un niveau aussi bas que possible ", l'arrêté d'autorisation ne réservant pas le cas de l'huile de palme parmi les huiles végétales brutes et ne limitant pas son utilisation par rapport à d'autres composés oléagineux. Dans ces conditions, et compte tenu de la rédaction des prescriptions qu'il édictait, le jugement avant dire droit du 1er avril 2021 a considéré que l'arrêté devait être regardé comme autorisant, indépendamment même de la question des lieux et modalités de production de cette huile, le fonctionnement de la bioraffinerie avec jusqu'à 450 000 tonnes d'huile de palme par an et comme permettant en outre, en imposant un minimum de 25% d'huiles alimentaires usagées, de graisses animales de catégorie 3 ou de distillats d'acides gras, au nombre desquels les PFAD dérivés d'huile de palme, que l'installation utilise aussi, outre ces quantités substantielles d'huile de palme brute, 25% de sa charge en dérivés de cette même huile, sans limite dans le temps.  
 23. Retenant que l'usage en particulier d'huile de palme brute et de ses dérivés par rapport à d'autres matières premières dans la production de biocarburants, présente des impacts négatifs avérés pour l'environnement, compte tenu notamment du risque plus élevé de changement indirect d'affectation des sols qu'elle implique par rapport à d'autres matières premières, quelles que soient les conditions et les lieux dans lesquels ces composés oléagineux sont produits, le tribunal a considéré que ces prescriptions étaient insuffisantes en l'absence de limitation quantitative plus restrictive quant à l'utilisation d'huile de palme pour la production de biocarburants par la bioraffinerie de la Mède, laissant, par sa rédaction même, à la discrétion de l'exploitant la fixation de cette limite. Il a enjoint au préfet de fixer une telle limite pouvant consister en une limitation dégressive dans le temps des quantités d'huile de palme et de ses dérivés utilisés pour le fonctionnement de l'installation, en tenant compte de la réglementation alors en vigueur. 
 24. Dans le cadre de la procédure de régularisation résultant du jugement avant dire droit du 1er avril 2021, le préfet a édicté un arrêté modificatif le 2 mai 2022, par lequel il a abrogé l'article 1.8.1 de l'arrêté du 16 mai 2018 et a notamment fixé, au point 1.4 du nouvel arrêté relatif au plan d'approvisionnement des huiles, des limites plus restrictives à l'utilisation de l'huile de palme et de ses dérivés. Selon ces nouvelles prescriptions, le plan d'approvisionnement de l'installation, dans la limite de 650 000 tonnes par an, est composé au maximum de 450 000 tonnes par an d'huiles végétales brutes de toutes natures, dont au maximum 100 000 tonnes par an d'huile de palme, mais aussi d'huiles issues de l'interculture et, au minimum, chaque année, de 25% de distillats d'acides gras, d'huiles alimentaires usagées ou d'autres ressources de type acide gras triglycéride énumérées à l'annexe IX de la directive " RED II " ou graisse animale de catégorie 3. Ces prescriptions ont en outre prévu l'interdiction à compter du 1er janvier 2023 de tout approvisionnement en huile de palme et en résidus issus du raffinage de l'huile de palme (PFAD). 
 25. Le préfet a ainsi imposé une limite de 100 000 tonnes au titre de l'année 2022 pour l'utilisation d'huile de palme dans le fonctionnement de la bioraffinerie de la Mède, 25% de la capacité de l'installation pouvant toutefois encore être alimentée par des dérivés d'huile de palme (PFAD) au titre de cette même année, compte tenu de la rédaction retenue de l'article 1.4. Toutefois, tant l'huile de palme, que ses dérivés, seront interdits dans le fonctionnement de la bioraffinerie dès le 1er janvier 2023. Il ne résulte pas de l'instruction que ces limites plus restrictives à l'utilisation d'huile de palme dans le fonctionnement de la bioraffinerie fixées par l'arrêté modificatif du 2 mai 2022 conformément au dispositif du jugement avant dire droit du 1er avril 2021, dégressives dans le temps jusqu'à interdiction totale dès la fin de l'année 2022, seraient insuffisantes au regard de la protection des intérêts mentionnés à l'article L. 511-1 du code de l'environnement et des dispositions de l'article L. 181-3, compte tenu au demeurant d'une telle suppression par anticipation au regard des exigences de la directive " RED2 " du 11 décembre 2018, dont l'article 26 a prévu la limitation puis l'interdiction de la production de biocarburants produits à partir de cultures présentant un risque " CIAS " élevé, comme l'huile de palme, selon une dégressivité en 2023, puis une interdiction totale au 31 décembre 2030.  
 26. L'allégation de l'association Les Amis de la Terre France selon laquelle les prescriptions de l'article 1.4 de l'arrêté du 2 mai 2022 venues se substituer à celles de l'article 1.8.1 de l'arrêté du 16 mai 2018 seraient insuffisantes s'agissant des limites à l'utilisation d'autres huiles végétales que l'huile de palme, au regard de l'impact de leur production et de leur utilisation sur le climat et au regard des intérêts protégés par les dispositions de l'article L. 511-1 du code de l'environnement,  ne caractérise pas en l'espèce l'existence d'éléments révélés par la procédure de régularisation, qui seraient de nature à justifier que le tribunal réexamine le moyen déjà traité par son jugement avant dire droit du 1er avril 2021 aux points 97 à 102 au regard de l'argumentation alors développée devant lui par les associations requérantes et tiré de l'insuffisance des prescriptions de l'autorisation environnementale au regard seulement du fonctionnement de l'installation à l'huile de palme et des atteintes portées par ailleurs aux milieux naturels, la faune, la flore, la santé humaine et l'eau. En tout état de cause, il ne résulte pas de l'instruction, notamment pas des seules allégations des associations requérantes, que les prescriptions de l'autorisation modifiée par l'arrêté du 2 mai 2022 seraient insuffisantes au regard des effets sur l'environnement des autres huiles végétales que l'huile de palme et ses dérivés. 
 27. Il résulte de ce qui précède que les vices de procédure qui entachaient l'autorisation environnementale du 16 mai 2018 d'exploiter la bioraffinerie de la Mède par la SAS Total Energies Raffinage France, venue aux droits de la SAS Total raffinage France, doivent ainsi être considérés comme régularisés et les moyens tirés de l'insuffisance de l'étude d'impact et ainsi de la méconnaissance des dispositions de l'article R. 122-5 et R. 512-8 du code de l'environnement et, par ailleurs, de ce que l'avis de l'autorité environnementale a été rendu selon des modalités méconnaissant les exigences découlant du paragraphe 1 de l'article 6 de la directive du 13 décembre 2011 doivent en définitive être écartés. 
 28. Les autres moyens soulevés par les associations requérantes ayant été écartés par le jugement avant dire droit, le surplus des conclusions tendant à l'annulation totale ou partielle de l'arrêté du 16 mai 2018 modifié par l'arrêté du 2 mai 2022, qui ne fait pas l'objet des articles 1er (annulation en tant seulement que l'arrêté du 16 mai 2018 ne fixait pas de limitation quantitative annuelle plus stricte que celle indiquée à l'article 1.8.1 à l'utilisation d'huile de palme et de ses dérivés dans le fonctionnement de la bioraffinerie de La Mède) et 2 (injonction au préfet de prendre un arrêté modificatif pour procéder à la fixation de cette limite à l'issue des mesures de régularisation définies aux points 103 à 110 des motifs du jugement) du dispositif du jugement avant dire droit du 1er avril 2021, ne peut qu'être rejeté. 
 Sur l'application des dispositions de l'article L. 761-1 du code de justice administrative :  
 29. Il y a lieu, dans les circonstances de l'espèce, de laisser à chaque partie la charge des frais exposés par elle au titre de la présente instance. 
 D E C I D E : 
 Article 1er : Le surplus des conclusions de la requête des associations Les Amis de la Terre France, Greenpeace France, France nature environnement, France nature environnement PACA, France nature environnement 13 et Ligue de protection des oiseaux PACA, qui ne fait pas l'objet des articles 1er et 2 du dispositif du jugement avant dire droit du 1er avril 2021, est rejeté. 
 Article 2 : Les conclusions de la SAS Total Energies Raffinage France présentées au titre de l'article L. 761-1 du code de justice administrative sont rejetées.  
 Article 3 : Le présent jugement sera notifié à l'association Les Amis de la Terre France, à l'association Greenpeace France, à l'association France nature environnement, à l'association France nature environnement PACA, à l'association France nature environnement 13, à l'association Ligue de protection des oiseaux PACA, au ministre de la transition écologique et de la cohésion des territoires et de la transition énergétique, et à la SAS Total Energies Raffinage France.  
 Copie en sera adressée au préfet des Bouches-du-Rhône. 
 Délibéré après l'audience du 30 juin 2022, à laquelle siégeaient : 
 M. Laso, président, 
 Mme Rigaud, première conseillère, 
 Mme Gavalda, première conseillère, 
 assistés de M. Giraud, greffier. 
 Rendu public par mise à disposition au greffe le 13 juillet 2022. 
 Le président-rapporteur, 
 signé 
 J-M. A 
 L'assesseur le plus ancien, 
 signé 
 L. RIGAUDLe greffier, 
 signé 
 P. GIRAUD 
 La République mande et ordonne à la ministre de la transition écologique en ce qui la concerne et à tous commissaires à ce requis en ce qui concerne les voies de droit commun contre les parties privées de pourvoir à l'exécution de la présente décision. 
 Pour expédition conforme, 
 Pour le greffier en chef, 
 Le greffier, 
 N°1805238