TA31 · 5ème Chambre — 13 décembre 2022

Vu la procédure suivante : 
 Par une requête et des mémoires enregistrés le 10 septembre 2019, le 19 mars 2020 et le 24 mars 2021, l'association France Nature Environnement Midi-Pyrénées, l'association France Nature Environnement Tarn-et-Garonne, l'association France Nature Environnement Hautes-Pyrénées et l'association Union Protection Nature Environnement Tarn (Upnet) doivent être regardées comme demandant au tribunal, dans le dernier état de leurs écritures : 
 1°) d'annuler la décision par laquelle le préfet de la région Occitanie a implicitement rejeté leur demande du 9 mai 2019 tendant à l'abrogation des dispositions du b) et du d) du III.1 de l'article 2 de l'arrêté du 21 décembre 2018 établissant le programme régional de protection des eaux contre la pollution par les nitrates d'origine agricole pour la région Occitanie ;  
 2°) d'enjoindre au préfet de la région Occitanie d'abroger les dispositions du b) et du d) du III.1 de l'article 2 de l'arrêté du 21 décembre 2018 relatif au programme régional de protection des eaux contre la pollution par les nitrates d'origine agricole pour la région Occitanie en assortissant au besoin cette abrogation de mesures transitoires ;  
 3°) de mettre à la charge de l'Etat la somme de 1 500 euros au titre de l'article L. 761-1 du code de justice administrative.  
 Elles soutiennent que : 
 - la requête est recevable ;  
 - les dispositions du b) du III.1 de l'article 2 de l'arrêté attaqué, qui instaurent une dérogation à la mise en place de cultures intermédiaires pièges à nitrate (CIPAN) pour les îlots culturaux nécessitant un travail du sol avant le 1er novembre en raison des sols à contraintes argileuses dont le taux d'argile est supérieur ou égal à 25%, méconnaissent les dispositions du II de l'article R. 211-80 du code de l'environnement prévoyant une gestion adaptée des terres agricoles dans les zones vulnérables en vue de limiter les fuites de nitrates à un niveau compatible avec les objectifs de restauration et de préservation de la qualité des eaux souterraines, dès lors que les zones concernées représentent une partie substantielle de la zone vulnérable située en particulier au niveau du bassin Adour-Garonne ;  
 - les dispositions du d) du III.1 de l'article 2 de l'arrêté attaqué, qui instaurent une dérogation au broyage et à l'enfouissement des cannes de maïs grain pour les îlots culturaux situés dans la partie de la zone vulnérable identifiée en annexe 4 pour la conservation de l'avifaune migratrice et des palombes, méconnaissent les dispositions du point 3 du IV de l'article 2 de l'arrêté du 23 octobre 2013 relatif aux programmes d'actions régionaux en vue de la protection des eaux contre la pollution par les nitrates d'origine agricole dès lors que la présence en surface des cannes de maïs grain n'est pas nécessaire à la survie des palombes ou de l'avifaune migratrice ; cette dérogation ne prend pas en compte les objectifs de préservation et de restauration de la qualité de l'eau ; le pigeon ramier, dont l'état de conservation est bon, ne bénéficie pas d'un statut de protection ;  
 - les dispositions du d) du III.1 de l'article 2 de l'arrêté attaqué méconnaissent le principe de non régression garanti par l'article L. 110-1 du code de l'environnement.  
 Par lettre datée du 4 novembre 2019, le tribunal a informé l'association France Nature Environnement Midi-Pyrénées qu'elle est considérée comme représentant unique en sa qualité de première dénommée en application des dispositions de l'article R. 751-3 du code de justice administrative. 
 Par des mémoires en défense, enregistrés le 30 décembre 2019, le 9 juin 2020 et le 11 juin 2021, le préfet de la région Occitanie conclut au rejet de la requête.  
 Le préfet de la région Occitanie soutient que :  
 - la requête est irrecevable dès lors que : les conclusions à fin d'annulation partielle de l'arrêté du 21 décembre 2018, ainsi que les conclusions à fin d'annulation de la décision implicite de rejet de la demande du 9 mai 2019 tendant au retrait de cet arrêté, sont tardives au regard des dispositions de l'article L. 243-3 du code des relations entre le public et l'administration ; 
 - les moyens soulevés par les associations requérantes ne sont pas fondés. 
 Par une ordonnance du 14 juin 2021, la clôture de l'instruction a été fixée au 6 juillet 2021. 
 Une pièce complémentaire, enregistrée le 11 octobre 2022, a été communiquée le 13 octobre suivant en application des dispositions de l'article R. 613-1-1 du code de justice administrative.  
 Par courrier en date du 25 octobre 2022, les parties ont été invitées à présenter dans un délai de 8 jours leurs observations sur l'éventuelle modulation des effets de l'annulation de l'arrêté du 21 décembre 2018, en application de la jurisprudence CE, Ass., 11 mai 2004, Association AC ! et autres, n°255886 et suivants ainsi que sur les délais nécessaires à la mise en œuvre d'un nouvel arrêté préfectoral établissant un nouveau programme d'actions régional pour la région Occitanie.  
 Des observations en réponse à cette communication ont été produites par les associations requérantes le 31 octobre 2022, et par le préfet de la région Occitanie le 25 novembre 2022.  
 Une note en délibéré, présentée par les associations requérantes, a été enregistrée le 29 novembre 2022. 
 Le préfet de la région Occitanie a produit une pièce complémentaire, enregistrée le 29 novembre 2022.  
 Vu les autres pièces du dossier. 
 Vu : 
 - la directive n° 2000/60/CE du 23 octobre 2000 établissant un cadre pour une politique communautaire dans le domaine de l'eau ;  
 - la directive n° 91/676/CEE du 12 décembre 1991 concernant la protection des eaux contre la pollution par les nitrates à partir de sources agricoles ;  
 - le code de l'environnement ; 
 - le code des relations entre le public et l'administration ; 
 - l'arrêté du 23 octobre 2013 relatif aux programmes d'actions régionaux en vue de la protection des eaux contre la pollution par les nitrates d'origine agricole ; 
 - l'arrêté du 19 décembre 2011 relatif au programme d'actions national à mettre en œuvre dans les zones vulnérables afin de réduire la pollution des eaux par les nitrates d'origine agricole ;  
 - le code de justice administrative. 
 Les parties ont été régulièrement averties du jour de l'audience. 
 Ont été entendus au cours de l'audience publique : 
 - le rapport de Mme Biscarel, rapporteure, 
 - les conclusions de Mme Nègre- Le Guillou, rapporteure publique, 
 - les observations de M. C pour les associations requérantes, 
 - et les observations de Mme A, représentant le préfet de la région Occitanie.  
 Considérant ce qui suit : 
 1. Le 21 décembre 2018, le préfet de la région Occitanie a arrêté le sixième programme d'actions régional, déclinaison du programme d'action national prévu par l'arrêté du 19 décembre 2011 transposant la directive européenne n°91/676/CEE, dite directive " Nitrates " du 12 décembre 1991 concernant la protection des eaux contre la pollution par les nitrates à partir de sources agricoles. Ce sixième programme d'actions régional est entré en vigueur le 28 décembre 2018. Par un courrier du 9 mai 2019, l'association France Nature Environnement Midi-Pyrénées, l'association France Nature Environnement Hautes-Pyrénées, l'association France Nature Environnement Tarn-et-Garonne et l'association Union Protection Nature Environnement Tarn ont demandé au préfet de la région Occitanie de retirer ou d'abroger les dispositions des b) et d) du III-1 de l'article 2 de l'arrêté du 21 décembre 2018. Une décision implicite de rejet de ce recours est née du silence gardé par le préfet sur cette demande. Par leur requête, ces associations demandent l'annulation de la décision rejetant implicitement leur demande.  
 Sur la fin de non-recevoir opposée par le préfet de la région Occitanie :  
 2. Aux termes de l'article R. 421-1 du code de justice administrative : " La juridiction ne peut être saisie que par voie de recours formé contre une décision, et ce, dans les deux mois à partir de la notification ou de la publication de la décision attaquée () ". Aux termes de l'article L. 243-3 du code des relations entre le public et l'administration : " L'administration ne peut retirer un acte réglementaire ou un acte non réglementaire non créateur de droits que s'il est illégal et si le retrait intervient dans le délai de quatre mois suivant son édiction. ". 
 3. Il ressort des pièces du dossier que les associations requérantes ont formé le 9 mai 2019 un recours gracieux, reçu par les services de la préfecture le 13 mai suivant, qui n'a pas été exercé dans le délai de deux mois suivant la publication de l'arrêté attaqué au recueil des actes administratifs de la région Occitanie du 27 décembre 2018. Toutefois, d'une part, ce recours gracieux tendait au retrait ou à l'abrogation de l'arrêté du 21 décembre 2018. D'autre part, la requête ne tend plus, dans le dernier état des écritures des associations requérantes, à l'annulation de cet arrêté ou à son retrait, mais seulement à l'annulation de la décision rejetant implicitement leur demande visant à l'abrogation des dispositions du b) et du d) du III.1 de l'article 2 dudit arrêté. Ainsi, les associations requérantes ayant abandonné leurs conclusions à fin d'annulation partielle ou de retrait de l'arrêté du 27 décembre 2018, la fin de non-recevoir opposée par le préfet de la région Occitanie et tirée de la tardiveté de ces conclusions doit être écartée.  
 Sur les conclusions à fin d'annulation :  
 4. Aux termes de l'article L. 243-2 du code des relations entre le public et l'administration : " L'administration est tenue d'abroger expressément un acte réglementaire illégal ou dépourvu d'objet, que cette situation existe depuis son édiction ou qu'elle résulte de circonstances de droit ou de fait postérieures, sauf à ce que l'illégalité ait cessé. ". 
 En ce qui concerne les dispositions du b) du III.1 de l'article 2 de l'arrêté du 21 décembre 2018 :  
 5. Aux termes de l'article L. 211-1 du code de l'environnement : " I.- Les dispositions des chapitres Ier à VII du présent titre ont pour objet une gestion équilibrée et durable de la ressource en eau ; cette gestion prend en compte les adaptations nécessaires au changement climatique et vise à assurer : () / 2° La protection des eaux et la lutte contre toute pollution par déversements, écoulements, rejets, dépôts directs ou indirects de matières de toute nature et plus généralement par tout fait susceptible de provoquer ou d'accroître la dégradation des eaux en modifiant leurs caractéristiques physiques, chimiques, biologiques ou bactériologiques, qu'il s'agisse des eaux superficielles, souterraines ou des eaux de la mer dans la limite des eaux territoriales ; / 3° La restauration de la qualité de ces eaux et leur régénération ; () / II.- La gestion équilibrée doit permettre en priorité de satisfaire les exigences de la santé, de la salubrité publique, de la sécurité civile et de l'alimentation en eau potable de la population. () ". L'article R. 211-80 du même code dispose  : " I.- L'utilisation des fertilisants organiques et minéraux, naturels et de synthèse contenant des composés azotés, ci-après dénommés fertilisants azotés, ainsi que les pratiques agricoles associées font l'objet de programmes d'actions dans les zones vulnérables délimitées conformément aux dispositions de l'article R. 211-77. / II.- Ces programmes comportent les mesures et actions nécessaires à une bonne maîtrise des fertilisants azotés et à une gestion adaptée des terres agricoles dans ces zones, en vue de limiter les fuites de nitrates à un niveau compatible avec les objectifs de restauration et de préservation de la qualité des eaux souterraines, des eaux douces superficielles et des eaux des estuaires, des eaux côtières et marines. / III.- Ces programmes d'actions prennent en compte : / 1° Les situations locales et leur évolution, notamment la teneur en nitrates des eaux superficielles et souterraines, les systèmes de production et les pratiques agricoles, le degré de vulnérabilité du ou des aquifères concernés et la présence de nitrates de provenances autres qu'agricoles ; / 2° Les données scientifiques et techniques disponibles et les résultats connus des programmes d'actions précédents. / Lorsque le choix est possible entre plusieurs mesures ou actions permettant d'atteindre les objectifs définis au II, ce choix prend en compte l'efficacité et le coût de chacune des mesures ou actions envisageables. / IV.- Ces programmes d'actions comprennent : / 1° Un programme d'actions national constitué de mesures nationales communes à l'ensemble des zones vulnérables ; / 2° Des programmes d'actions régionaux constitués de mesures spécifiques à chaque zone ou partie de zone vulnérable. / V.- Ces programmes sont d'application obligatoire en zone vulnérable. ". Aux termes de l'article R. 211-81 de ce code : " I.- Les mesures du programme d'actions national comprennent : () 7° Les exigences relatives au maintien d'une quantité minimale de couverture végétale au cours des périodes pluvieuses destinée à absorber l'azote du sol et aux modalités de gestion des résidus de récolte ; / 8° Les exigences relatives à la mise en place et au maintien d'une couverture végétale permanente le long de certains cours d'eau, sections de cours d'eau et plans d'eau de plus de dix hectares. / II.- Le programme d'actions national définit les références techniques nécessaires à la mise en œuvre opérationnelle des mesures mentionnées au I et précise celles qui doivent être arrêtées par le préfet de région sur proposition du groupe régional d'expertise " nitrates " prévu à l'article R. 211-81-2. ". Aux termes de l'article R. 211-81-1 du même code : " I. - En zone vulnérable, les mesures des programmes d'actions régionaux comprennent, sur tout ou partie de la zone, les mesures prévues aux 1°, 3°, 7° et 8° du I de l'article R. 211-81, renforcées au regard des objectifs fixés au II de l'article R. 211-80, des caractéristiques et des enjeux propres à chaque zone vulnérable ou partie de zone vulnérable. / II. - Dans certaines parties de zone vulnérable atteintes par la pollution, les programmes d'actions régionaux comprennent également une ou plusieurs mesures parmi les mesures suivantes : / 1° L'une ou plusieurs des mesures prévues au I, renforcées au regard de l'état d'atteinte par la pollution des zones considérées ; () / Ces parties de zones vulnérables, délimitées par le préfet de région, correspondent aux zones, mentionnées au 1° du I de l'article R. 212-4, de captage de l'eau destinée à la consommation humaine dont la teneur en nitrate est supérieure à 50 milligrammes par litre () ". 
 6. Aux termes de l'article 2 de l'arrêté du 23 octobre 2013 relatif aux programmes d'actions régionaux en vue de la protection des eaux contre la pollution par les nitrates d'origine agricole : " Le renforcement des mesures nationales précitées doit permettre de s'assurer que le programme d'actions composé du programme d'actions national et du programme d'actions régional garantisse un niveau de protection de l'environnement comparable à celui obtenu par le programme d'actions précédent. ". Aux termes du b) du 5° du VII de l'annexe 1 de l'arrêté du 19 décembre 2011 modifié relatif au programme d'actions national à mettre en œuvre dans les zones vulnérables afin de réduire la pollution des eaux par les nitrates d'origine agricole : " La couverture des sols n'est pas obligatoire dans les intercultures longues et courtes pour les îlots culturaux sur lesquels un travail du sol doit être réalisé pendant la période d'implantation de la culture intermédiaire piège à nitrates ou des repousses. Cette adaptation ne s'applique pas aux intercultures longues derrière du maïs grain, du tournesol ou du sorgho. Le préfet de région fixe dans le programme d'actions régional les règles permettant de définir les îlots culturaux concernés et les justificatifs nécessaires. ". 
 7. Il résulte de ces dispositions que pour préciser la mesure prévue par le 7° de l'article R. 211-81-1 du code de l'environnement, l'arrêté interministériel du 19 décembre 2011 relatif au programme d'actions national à mettre en œuvre dans les zones vulnérables afin de réduire la pollution des eaux par les nitrates d'origine agricole prévoit, au titre de la couverture végétale visant à limiter les fuites d'azote au cours des périodes pluvieuses et sous réserve des adaptations régionales prévues par cet arrêté, une obligation de couverture des sols pendant les intercultures longues, obtenue, dans le cas général, soit par l'implantation d'une culture intermédiaire piège à nitrates (CIPAN), soit par l'implantation d'une culture dérobée, soit par des repousses de colza denses et homogènes spatialement. Cette mesure peut être adaptée, le cas échéant, par le programme d'action régional.  
 8.  L'article 2 de l'arrêté du 21 décembre 2018, intitulé " renforcement des mesures nationales et autres mesures applicables au sein de la zone vulnérable d'Occitanie " instaure dans son point III.1 une dérogation à l'obligation de couverture des sols en intercultures longues dans quatre cas, parmi lesquels : " b) sur les îlots culturaux qui nécessitent un travail de sol avant le 1er novembre en raison des sols à contraintes argileuses (taux d'argile = 25%), la couverture des sols n'est pas obligatoire dans les intercultures longues, sauf derrière du maïs grain, du sorgho grain ou du tournesol où la couverture obtenue par un broyage fin des cannes suivi d'un enfouissement des résidus dans les quinze jour suivants la récolte est obligatoire. Dans ce cas l'agriculteur doit : / consigner la date du travail du sol préalable à l'implantation de la culture principale dans le cahier d'enregistrement des pratiques prévu par le IV de l'annexe I de l'arrêté interministériel du 19 décembre 2011 modifié susvisé ; / tenir à la disposition de l'administration une analyse de sol justificative du taux d'argile par îlots ou groupements d'îlots contigus et homogènes quant à la nature du sol concernés, d'une superficie inférieure à 25 ha, sauf si l'îlot est situé dans les commune ou parties de communes listées en annexe 3 ou qui figureraient sur une liste à fixer par arrêté complémentaire établie sur la base d'un référentiel pédologique actualisé pour la région Occitanie./ L'agriculteur doit également appliquer les deux mesures compensatoire suivantes:/- mettre en place une couverture des sols définie au point 2° du paragraphe VII de l'annexe V de l'arrêté du 23 octobre 2003 modifiant l'arrêté interministériel du 19 décembre 2011 sur au moins 25% de la surface en interculture longue de l'exploitation agricole ;/ - mettre en place une bande végétalisée non fertilisée d'au moins 5 mètres de large sur les îlots concernés le long des cours d'eau représentés en trait bleu plein et en trait bleu pointillé nommés et non nommés sur les cartes les plus récemment édités au 1/25 000 par l'Institut géographique national (IGN). En cas de doute sur l'identification de ces cours d'eau, l'exploitant s'adressera à l'administration départementale () ". 
 9. Pour justifier de la dérogation relative à la couverture des sols sur les îlots culturaux qui nécessitent un travail du sol avant le 1er novembre en raison de sols à contraintes argileuses, d'une teneur en argile supérieure ou égal à 25%, le préfet de la région Occitanie soutient d'une part que les contraintes pédoclimatiques de la région Occitanie rendent difficile l'implantation de culture intermédiaires piège à nitrates (CIPAN) et d'autre part, que la réglementation ne fixe pas de seuil minimal en teneur d'argile. Il se fonde à cet égard sur le rapport de l'évaluation environnementale du 6e programme d'action nitrates de la région Occitanie, mentionnant qu'une telle dérogation est " rendue indispensable pour des raisons de difficulté pédoclimatique d'implantation des couverts " et qu'il serait très difficile d'atteindre un couvert de 100 % de la surface de la zone vulnérable, pour des raisons pédoclimatiques. Dans le même sens, dans son avis du 26 septembre 2018 sur la révision du programme d'actions régional nitrates de la région Occitanie, l'Autorité environnementale relève que le bilan des 5e programmes régionaux " formule des conclusions pertinentes sur les questions agronomiques " et " expose certaines spécificités de la région Occitanie, notamment en termes pédologiques, qui peuvent expliquer des pratiques culturales défavorables pour la teneur des eaux en nitrates ".  
 10. Le préfet de la région Occitanie soutient également que cette dérogation relative à la zone à contrainte argileuse est assortie de deux mesures compensatoires constituant une progression par rapport aux précédents programmes d'actions régionaux de 2014. Ces deux mesures compensatoires consistent en la mise en place d'une couverture des sols sur au moins 25% de la surface en intercultures longues de l'exploitation agricole et sur la mise en place d'une bande végétalisée non fertilisée d'au moins 5 mètres de large sur les îlots concernés le long de tous les cours d'eau. Il ressort des pièces du dossier que la première mesure compensatoire instaure 5 % de couverture végétale supplémentaire, devant être assurée par des cultures intermédiaires piège à nitrates ou par des cultures dérobées. La seconde mesure compensatoire constitue un renforcement de la mesure n° 8 dès lors qu'elle prévoit la mise en place d'une bande végétalisée non fertilisée d'au moins 5 mètres de large le long de tous les cours d'eau.  
 11. Toutefois, il ressort tout d'abord des pièces du dossier que la dérogation à l'obligation de couverture du sol instaurée par les dispositions précitées porte sur une partie substantielle de la zone Adour-Garonne (64,6%) où le risque de lixiviation est considéré comme modéré à très élevé et où l'état écologique des masses d'eau de la zone vulnérable est principalement en état moyen pour la partie ex Midi-Pyrénées (72%). En outre, l'état des lieux de 2013 du schéma directeur d'aménagement et de gestion des eaux (SDAGE) mentionne que 58% des masses d'eau au sein de la zone vulnérable du bassin Adour-Garonne risque de ne pas atteindre le bon état écologique du fait notamment du paramètre nitrates. Il ressort également de l'étude " État des lieux régional sur l'eau- Caractérisation des ressources, des besoins, et des acteurs et outils de la gestion de l'eau ", réalisée en juin 2017 par les agences de l'eau Adour-Garonne et Rhône-Méditerranée et par la région Occitanie que 60% des cours d'eau de la région risquent de ne pas atteindre les objectifs de bon état des eaux à l'horizon 2021, de même que pour 38% des masses d'eau souterraines. Cette étude mentionne que les masses d'eau souterraines présentant le plus souvent un risque de non-atteinte des objectifs à cause des pressions " pollutions " diffuses liées aux nitrates et aux pesticides se situent essentiellement dans le bassin versant Adour-Garonne. Il résulte de l'ensemble de ces éléments que si la dérogation à la mesure n° 7 de couverture des sols a été reconduite par le sixième programme d'actions régional, un renforcement des mesures mises en œuvre demeure nécessaire afin de restaurer durablement la qualité de l'eau en Occitanie et de limiter les fuites de nitrates à un niveau compatible avec les objectifs de restauration et de préservation de la qualité des eaux visé par le II de l'article R. 211-80 du code de l'environnement.  
 12. Ensuite, il ressort de l'avis émis le 10 juillet 2013 par l'autorité environnementale sur le programme d'actions national que " la mise en place de cultures intermédiaires pourrait conduire à une réduction importante de la lixiviation et constitue probablement l'une des mesures les plus efficaces du programme national. Sa contribution à l'atteinte des objectifs tant de la directive nitrates que de la DCE sur ces territoires est fondamentale. ". Si la dérogation relative à la couverture des sols concerne des îlots culturaux dont la teneur en argile est supérieure ou égale à 25%, taux qui, au demeurant, est le plus faible de France, cette circonstance n'est pas de nature à rendre impossible ou inefficace l'implantation de CIPAN. Il ressort en effet du rapport de l'institut national de recherche agronomique (INRA) de juin 2012 intitulé " Réduire les fuites de nitrates au moyen de cultures intermédiaires ", que les sols sont qualifiés d'argileux à partir de 37% de teneur d'argile et que, même en sols argileux nécessitant un travail de sol à l'automne, les CIPAN sont toujours utiles et généralement efficaces pour réduire les fuites de nitrate sans qu'y fasse obstacle leur destruction précoce en automne. Ce rapport précise également que cette pratique est efficace, dès lors qu'elle permet de réduire la concentration nitrique de l'eau de drainage de 25 %, voire très souvent de plus de 50 %, ce qui plaide, selon l'INRA, pour " l'installation d'un couvert intermédiaire chaque fois que possible en interculture, même en situation de sol argileux avec des taux de 37 à 45 % d'argile, et a fortiori en sol à moindre teneur en argile ". Ainsi, cette adaptation prévue pour les îlots culturaux situés dans la zone à contrainte argileuse est de nature à atténuer significativement les incidences positives attendues pour atteindre l'objectif de réduction des nitrates et des objectifs de préservation et de qualité de l'eau. Dans le même sens, l'Autorité environnementale relève dans son avis du 26 septembre 2018 que la prise en compte de l'environnement par la révision du programme d'actions régional de la région Occitanie n'est pas satisfaisante dès lors que " les teneurs en nitrate dans les eaux souterraines restent importantes, avec des évolutions contrastées et sont responsables du déclassement de nombreuses masses d'eau ; cette inertie étant liée à la nature des sols de l'ex-région Midi-Pyrénées, des mesures plus ambitieuses seraient nécessaires ". En outre, il ne ressort pas des pièces du dossier que le seuil de 25% de teneur en argile du sol pour autoriser la dérogation à la couverture végétale, qui est plus faible que le taux de 37% retenu par l'INRA pour qualifier un sol d'argileux, soit justifié. 
 13. Enfin, s'agissant des mesures compensatoires, il ressort des pièces du dossier et notamment de l'évaluation environnementale sur le 6ème PAR et de l'avis de l'autorité environnementale du 26 septembre 2018, que tant leur mise en œuvre que leurs potentiels effets positifs n'ont pas fait l'objet d'une évaluation. A cet égard, le bilan des PAR indique que la couverture du sol est peu mise en œuvre et qu'aucune information n'est disponible pour vérifier l'application de la mesure n° 8. Dans le même sens, l'Autorité environnementale souligne qu'aucune information précise n'est disponible concernant la mise en place d'une couverture végétale autour des plans d'eau. Ainsi pour s'assurer de la mise en œuvre du programme et de sa pleine application et renforcer son efficacité environnementale, l'évaluation environnementale préconisait la mise en place de dispositif d'accompagnement au changement de pratiques des exploitations concernées, notamment par la création d'un observatoire de la couverture des sols afin d'assurer le suivi du taux de couverture végétale à l'échelle de la zone vulnérable et permettre d'identifier les secteurs où la mise en place de la couverture des sols est effective et les territoires où elle est plus difficile. En outre, l'Autorité environnementale relève que le projet d'arrêté établissant ce programme " peine à contenir, seul, les risques de dégradation de l'environnement par les nitrates. Il ne permet pas () d'assurer les conditions d'une amélioration significative et durable et de contribuer de façon substantielle à l'atteinte du bon état des masses d'eau () ". Cette conclusion ressortait déjà de l'évaluation environnementale du PAR Midi-Pyrénées en 2014 qui mentionne que " les adaptations prévues dans le cadre du programme d'actions régional sont de nature à atténuer significativement les incidences positives attendues. ". 
 14. Pour l'ensemble de ces motifs, eu égard à la superficie substantielle sur laquelle elle tend à s'appliquer et à la teneur en nitrates des eaux souterraines de la zone vulnérable Adour-Garonne, la dérogation relative à la couverture des sols dans les zones à contrainte argileuse n'apparaît pas de nature à limiter les fuites de nitrates à un niveau compatible avec les objectifs de restauration et de préservation de la qualité des eaux. Par suite, la dérogation relative aux zones à contrainte argileuse prévue par les dispositions du b) du III.1 de l'article 2 de l'arrêté du 21 décembre 2018 a été prise en méconnaissance des dispositions précitées du II de l'article R.211-80 du code de l'environnement.  
 En ce qui concerne les dispositions du d) de l'article 2.III.1 de l'arrêté du 21 décembre 2018 :  
 15. Aux termes du IV de l'article 2 de l'arrêté du 23 octobre 2013 relatif aux programmes d'actions régionaux en vue de la protection des eaux contre la pollution par les nitrates d'origine agricole : " 3. Les règles permettant de définir les îlots culturaux sur lesquels les cannes de maïs grain, de tournesol ou de sorgho peuvent ne pas être broyées et enfouies et les justificatifs correspondants ; ce sont par exemple des zones inondables, des zones érosives ou des zones abritant une espèce animale dont la survie dépend de la présence en surface de ces cannes. Ces règles tiennent compte des objectifs de préservation et de restauration de la qualité de l'eau, des caractéristiques pédo-climatiques et agricoles ainsi que des enjeux propres à chaque zone vulnérable ou partie de zone vulnérable. ".  
 16. Les dispositions du d) de l'article 2.III.1 de l'arrêté du 21 décembre 2018 prévoient que la couverture des sols n'est pas obligatoire en intercultures longues " sur les îlots culturaux situés dans la partie de la zone vulnérable identifiée en annexe 4 " zone à enjeu palombe et avifaune migratrice pour la gestion des résidus de maïs grain " sur lesquels les cannes de maïs grain peuvent ne pas être broyées et enfouies.".  
 17. Il ressort des pièces du dossier que cette dérogation, contenue dans le programme d'actions régional de l'ex-région Languedoc-Roussillon, a été reconduite par l'arrêté du 21 décembre 2018. Le préfet de la région Occitanie fait valoir que cette mesure permet de générer une réserve alimentaire non négligeable pour la palombe et les espèces de l'avifaune migratrice. Toutefois, comme le soutiennent les associations requérantes, il ne ressort pas des pièces du dossier que l'état de conservation de la palombe, qui est jugée bonne par le muséum d'histoire naturelle, justifierait l'instauration d'une dérogation au broyage et à l'enfouissement des cannes de maïs grain. Par ailleurs, cette espèce ne fait l'objet d'aucun plan national d'actions prévu par les dispositions de l'article L. 414-9 du code de l'environnement et les parties de la zone vulnérable concernées par la dérogation en cause ne sont pas incluses dans les zones de protection spéciales prévues par les dispositions de l'article L. 414-4 du code de l'environnement dans les zones Natura 2000. Il ressort en outre de l'évaluation environnementale du 6e programme d'actions régional que la dérogation à la destruction des chaumes de céréales à paille a été refusée, s'agissant de la caille des blés, précisément au motif que cette espèce ne serait pas éligible à l'adaptation régionale pour la conservation de certaines espèces, car elle ne bénéficie pas d'un plan national d'actions et ne fait pas l'objet de zones de protection spéciale au titre du réseau Natura 2000. En outre, il ne ressort pas des pièces du dossier que des espèces de l'avifaune migratrice, dont au demeurant celles-ci ne sont pas précisément visées ni estimées par l'annexe 4 de l'arrêté du 21 décembre 2018 qui établit la liste des communes du Gers et des Hautes-Pyrénées concernées par cette dérogation, pourraient être concernées par cette mesure. Enfin, la zone concernée recouvre 11% de la zone vulnérable de Midi-Pyrénées présentant un risque de lixiviation des sols élevé à très élevé dans les Hautes-Pyrénées, le Gers et l'Ariège et, dans une moindre mesure dans le Tarn-et-Garonne, et un risque principalement modéré sur les autres secteurs. Par suite, les associations requérantes sont fondées à soutenir que les dispositions du d) du III.1 de l'article 2 de l'arrêté du 21 décembre 2018 méconnaissent les dispositions du IV de l'article 2 de l'arrêté du 23 octobre 2013 relatif aux programmes d'actions régionaux en vue de la protection des eaux contre la pollution par les nitrates d'origine agricole. 
 18. Il résulte de tout ce qui précède qu'en application des dispositions précitées de l'article L. 243-2 du code des relations entre le public et l'administration, le préfet de la région Occitanie était tenu d'abroger les dispositions du b) et du d) du III.1 de l'article 2 de l'arrêté du 21 décembre 2018. Par suite, et sans qu'il soit besoin d'examiner le moyen tiré de la méconnaissance du principe de non régression, la décision par laquelle le préfet de la région Occitanie a implicitement refusé d'abroger ces dispositions doit être annulée.   
 Sur la modulation des effets dans le temps :  
 19. Il résulte de l'instruction que l'annulation de la décision implicite par laquelle le préfet de la région Occitanie a refusé d'abroger les dispositions du b) et du d) de l'article 2.III.1 de l'arrêté du 21 décembre 2018 n'a pas pour conséquence l'annulation avec effet rétroactif de ces dispositions. Dès lors, il n'y a pas lieu de déroger au principe de l'effet rétroactif des annulations contentieuses, ni de différer dans le temps les effets de cette annulation.   
 Sur les conclusions à fin d'injonction :  
 20. Aux termes de l'article L. 911-1 du code de justice administrative : " Lorsque sa décision implique nécessairement qu'une personne morale de droit public ou un organisme de droit privé chargé de la gestion d'un service public prenne une mesure d'exécution dans un sens déterminé, la juridiction, saisie de conclusions en ce sens, prescrit, par la même décision, cette mesure assortie, le cas échéant, d'un délai d'exécution. " et aux termes de l'article L. 221-5 du code des relations entre le public et l'administration : " L'autorité administrative investie du pouvoir réglementaire est tenue, dans la limite de ses compétences, d'édicter des mesures transitoires dans les conditions prévues à l'article L. 221-6 lorsque l'application immédiate d'une nouvelle réglementation est impossible ou qu'elle entraîne, au regard de l'objet et des effets de ses dispositions, une atteinte excessive aux intérêts publics ou privés en cause. Elle peut également y avoir recours, sous les mêmes réserves et dans les mêmes conditions, afin d'accompagner un changement de réglementation ". 
 21. Le présent jugement, qui annule la décision par laquelle le préfet de la région Occitanie a refusé d'abroger les dispositions du b) et du d) de l'article 2.III.1 de l'arrêté du 21 décembre 2018 établissant le programme d'actions régional en vue de la protection des eaux contre la pollution par les nitrates d'origine agricole, implique nécessairement que le préfet de la région Occitanie abroge ces dispositions dans un délai de deux mois à compter de la notification du présent jugement. Il n'y a pas lieu, dans les circonstances de l'espèce, d'enjoindre au préfet de la région Occitanie d'assortir cette abrogation des mesures transitoires. 
 Sur les conclusions tendant à l'application des dispositions de l'article L. 761-1 du code de justice administrative :  
 22. Il y a lieu, dans les circonstances de l'espèce, de mettre à la charge de l'Etat la somme globale de 1 370 euros au titre des frais exposés par les associations requérantes et non compris dans les dépens.  
 D E C I D E : 
 Article 1er : La décision par laquelle le préfet de la région Occitanie a implicitement rejeté la demande de la fédération nationale de l'environnement Midi-Pyrénées et autres tendant à l'abrogation des dispositions du b) et du d) de l'article 2.III.1 de l'arrêté du 21 décembre 2018 est annulée.  
 Article 2 : Il est enjoint au préfet de la région Occitanie de procéder à l'abrogation des dispositions du b) et du d) de l'article 2.III.1 de l'arrêté du 21 décembre 2018 dans un délai de deux mois à compter de la notification du présent jugement.  
 Article 3 : L'État versera la somme globale de 1 370 euros aux associations France Nature Environnement Midi-Pyrénées, France Nature Environnement Tarn-et-Garonne, France Nature Environnement Hautes-Pyrénées et Union Protection Nature Environnement Tarn (Upnet) en application des dispositions de l'article L.761-1 du code de justice administrative.  
 Article 4 : Le surplus des conclusions de la requête est rejeté. 
 Article 5 : Le présent jugement sera notifié à l'association France Nature Environnement Midi-Pyrénées et au ministre de la transition écologique et de la cohésion des territoires.  
 Copie en sera adressée au préfet de la région Occitanie.  
 Délibéré après l'audience du 29 novembre 2022, à laquelle siégeaient : 
 Mme Héry, présidente, 
 Mme Soddu, première conseillère,  
 Mme Biscarel, conseillère, 
 Rendu public par mise à disposition au greffe le 13 décembre 2022. 
 La rapporteure, 
 B. BISCAREL 
 La présidente, 
 F. HÉRY       La greffière, 
 M. B 
 La République mande et ordonne au ministre de la transition écologique et de la cohésion des territoires en ce qui le concerne et à tous commissaires de justice à ce requis en ce qui concerne les voies de droit commun, contre les parties privées, de pourvoir à l'exécution de la présente décision. 
 Pour expédition conforme : 
 La greffière en chef,