TA25 · 1ère chambre — 25 janvier 2023

Vu la procédure suivante : 
 Par une requête et un mémoire, enregistrés respectivement les 11 janvier 2020 et 6 décembre 2022, l'association commission de protection des eaux de Franche-Comté, représentée par son président en exercice, demande au tribunal : 
 1°) d'annuler la décision implicite de refus née du silence conservé par le préfet de la Haute-Saône sur sa demande formulée par un courrier du 9 septembre 2019 tendant à ce que le responsable des travaux réalisés sur le territoire de la commune de Scey-sur-Saône-et-Saint-Albin, entre les lieux-dits Chazel, En Baillard et la Mollière, le long de la route départementale 3, soit mis en demeure, sur le fondement de l'article L. 171-7 du code de l'environnement, de déposer un dossier de demande de dérogation à l'interdiction de destruction des espèces protégées et de leurs habitats au titre du 4° de l'article L. 411-2 du même code ou un dossier de remise en état des lieux ; 
 2°) d'enjoindre au préfet de la Haute-Saône, dans le délai d'un mois à compter de la notification du jugement à intervenir et sous astreinte de 100 euros par jour de retard, de mettre en demeure le responsable des travaux, sur le fondement de l'article L. 171-7 du code de l'environnement, de déposer un dossier de demande de dérogation à l'interdiction de destruction des espèces protégées et de leurs habitats en application du 4° de l'article L. 411-2 du code de l'environnement ; 
 3°) de mettre à la charge de l'Etat la somme de 921 euros au titre des dispositions de l'article L. 761-1 du code de justice administrative. 
 Elle soutient que le préfet de la Haute-Saône a commis une erreur de droit et une erreur manifeste d'appréciation et a méconnu le principe d'action préventive et de correction à la source des atteintes à l'environnement de l'article L. 110-1 du code de l'environnement en ne mettant pas en demeure l'auteur des travaux réalisés en violation de l'arrêté ministériel du 29 octobre 2009 et de l'article L. 411-1 du code de l'environnement de déposer un dossier de demande de dérogation au titre du 4° de l'article L. 411-2 du code de l'environnement. 
 Par un mémoire en défense, enregistré le 12 octobre 2021, le préfet de la Haute-Saône conclut au rejet de la requête. 
 Il soutient que la DREAL Bourgogne Franche-Comté, service instructeur des demandes de dérogation au titre des espèces protégées, n'a pas été destinataire, de la part du responsable des travaux, d'une demande de dérogation au titre du 4° de l'article L. 411-2 du code de l'environnement qui lui aurait permis de fixer les mesures d'évitement, de réduction ou de compensation qui s'imposaient. 
 La requête a été communiquée à M. A B, qui n'a pas produit d'observations. 
 Vu les autres pièces du dossier. 
 Vu : 
 - le code de l'environnement ; 
 - l'arrêté du 29 octobre 2009 fixant la liste des oiseaux protégés sur l'ensemble du territoire et les modalités de leur protection ; 
 - le code de justice administrative. 
 Les parties ont été régulièrement averties du jour de l'audience. 
 Ont été entendus au cours de l'audience publique : 
 - le rapport de Mme Guitard, première conseillère, 
 - les conclusions de M. Poitreau, rapporteur public, 
 - et les observations de M. C, représentant la commission de protection des eaux de Franche-Comté. 
 Considérant ce qui suit : 
 1. Entre les mois de janvier et d'août 2019, M. A B, exploitant agricole, a entrepris des travaux sur une parcelle située sur le territoire de la commune de Scey-sur-Saône-et-Saint-Albin, entre les lieux-dits Chazel, En Baillard et la Mollière, le long de la route départementale 3, en vue de remettre en état une prairie humide en déprise d'environ 3,8 hectares afin d'y installer des chevaux. A cet effet, les haies de bordures de la parcelle ont été arrachées sur environ 600 mètres linéaires, des buissons ont été arasés et des dépressions humides comblées avec de la terre arable. Par un courrier du 9 septembre 2019, reçu le 11 du même mois par le préfet de la Haute-Saône, l'association commission de protection des eaux de Franche-Comté a alerté les services de l'Etat sur l'impact de ces travaux sur les espèces protégées et leurs habitats et a demandé que leur auteur soit mis en demeure, sur le fondement de l'article L. 171-7 du code de l'environnement, de déposer un dossier de demande de dérogation à l'interdiction de destruction d'espèces protégées et de leurs habitats ou un dossier de remise en état des lieux. En l'absence de réponse du préfet de la Haute-Saône, l'association a saisi le tribunal administratif d'une demande d'annulation de ce refus d'agir du préfet né du silence conservé sur sa demande. 
 2. D'une part, aux termes de l'article L. 411-1 du code de l'environnement : " I. - Lorsqu'un intérêt scientifique particulier, le rôle essentiel dans l'écosystème ou les nécessités de la préservation du patrimoine naturel justifient la conservation de sites d'intérêt géologique, d'habitats naturels, d'espèces animales non domestiques ou végétales non cultivées et de leurs habitats, sont interdits : / 1° La destruction ou l'enlèvement des œufs ou des nids, la mutilation, la destruction, la capture ou l'enlèvement, la perturbation intentionnelle, la naturalisation d'animaux de ces espèces ou, qu'ils soient vivants ou morts, leur transport, leur colportage, leur utilisation, leur détention, leur mise en vente, leur vente ou leur achat ; () 3° La destruction, l'altération ou la dégradation de ces habitats naturels ou de ces habitats d'espèces ; () ". Aux termes de l'article L. 411-2 du même code : " I. - Un décret en Conseil d'Etat détermine les conditions dans lesquelles sont fixées : () 4° La délivrance de dérogations aux interdictions mentionnées aux 1°, 2° et 3° de l'article L. 411-1, à condition qu'il n'existe pas d'autre solution satisfaisante, pouvant être évaluée par une tierce expertise menée, à la demande de l'autorité compétente, par un organisme extérieur choisi en accord avec elle, aux frais du pétitionnaire, et que la dérogation ne nuise pas au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle : ()  Dans l'intérêt de la santé et de la sécurité publiques ou pour d'autres raisons impératives d'intérêt public majeur, y compris de nature sociale ou économique, et pour des motifs qui comporteraient des conséquences bénéfiques primordiales pour l'environnement ; () ". En application de l'article R. 411-6 du code de l'environnement : " Les dérogations définies au 4° de l'article L. 411-2 sont accordées par le préfet, sauf dans les cas prévus aux articles R. 411-7 et R. 411-8. () ". En vertu du II de l'article 3 de l'arrêté ministériel du 29 octobre 2009 fixant la liste des oiseaux protégés sur l'ensemble du territoire et les modalités de leur protection : " Sont interdites sur les parties du territoire métropolitain où l'espèce est présente ainsi que dans l'aire de déplacement naturel des noyaux de populations existants la destruction, l'altération ou la dégradation des sites de reproduction et des aires de repos des animaux. Ces interdictions s'appliquent aux éléments physiques ou biologiques réputés nécessaires à la reproduction ou au repos de l'espèce considérée, aussi longtemps qu'ils sont effectivement utilisés ou utilisables au cours des cycles successifs de reproduction ou de repos de cette espèce et pour autant que la destruction, l'altération ou la dégradation remette en cause le bon accomplissement de ces cycles biologiques. ". 
 3. D'autre part, aux termes de l'article L. 160-1 du code de l'environnement : " Le présent titre définit les conditions dans lesquelles sont prévenus ou réparés, en application du principe pollueur-payeur et à un coût raisonnable pour la société, les dommages causés à l'environnement par l'activité d'un exploitant () ". L'article L. 162-1 du même code précise que : " Sont prévenus ou réparés selon les modalités définies par le présent titre : 1° Les dommages causés à l'environnement par les activités professionnelles dont la liste est fixée par le décret prévu à l'article L. 165-2, y compris en l'absence de faute ou de négligence de l'exploitant ; 2° Les dommages causés aux espèces et habitats visés au 3° du I de l'article L. 161-1 par une autre activité professionnelle que celles mentionnées au 1° du présent article, en cas de faute ou de négligence de l'exploitant ". Aux termes de l'article L. 161-1 du code de l'environnement : " I. - Constituent des dommages causés à l'environnement au sens du présent titre les détériorations directes ou indirectes mesurables de l'environnement qui : () 3° Affectent gravement le maintien ou le rétablissement dans un état de conservation favorable : / a) Des espèces visées au 2 de l'article 4, à l'annexe I de la directive 79/409/ CEE du Conseil, du 2 avril 1979, concernant la conservation des oiseaux sauvages et aux annexes II et IV de la directive 92/43/ CEE du Conseil, du 21 mai 1992, concernant la conservation des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvages ; / b) Des habitats des espèces visées au 2 de l'article 4, à l'annexe I de la directive 79/409/ CEE du Conseil, du 2 avril 1979, précitée et à l'annexe II de la directive 92/43/ CEE du Conseil, du 21 mai 1992, précitée ainsi que des habitats naturels énumérés à l'annexe I de la même directive 92/43/ CEE du Conseil, du 21 mai 1992 ; / c) Des sites de reproduction et des aires de repos des espèces énumérées à l'annexe IV de la directive 92/43/ CEE du Conseil, du 21 mai 1992, précitée ; () ". Aux termes de l'article R. 162-3 de ce code : " Les associations de protection de l'environnement mentionnées à l'article L. 142-1, ainsi que toute personne directement concernée ou risquant de l'être par un dommage ou une menace imminente de dommage au sens du présent titre, qui disposent d'éléments sérieux en établissant l'existence peuvent en informer l'autorité administrative compétente. Elles peuvent également lui demander de mettre ou de faire mettre en œuvre les mesures de prévention ou de réparation définies aux articles L. 162-3 à L. 162-12. La demande est accompagnée des informations et données pertinentes. ". Aux termes de l'article R. 162-4 du même code : " Lorsque l'autorité administrative compétente considère que la demande mentionnée à l'article précédent révèle l'existence d'un dommage ou d'une menace imminente de dommage au sens du présent titre, elle recueille les observations de l'exploitant concerné et, le cas échéant, l'invite à se conformer aux dispositions des articles L. 162-3 à L. 162-12. / Dans tous les cas, l'autorité administrative compétente informe par écrit le demandeur de la suite donnée à sa demande d'action en lui indiquant les motifs de sa décision. ". Aux termes de l'article L. 162-6, figurant à la sous-section 2 consacrée aux mesures de réparation des dommages causés à l'environnement, du code de l'environnement : " L'autorité visée au 2° de l'article L. 165-2 procède à l'évaluation de la nature et des conséquences du dommage. Elle peut demander à l'exploitant d'effectuer sa propre évaluation. ". En application de l'article L. 162-11 du code de l'environnement : " Après avoir mis l'exploitant en mesure de présenter ses observations, l'autorité visée au 2° de l'article L. 165-2 lui prescrit, par une décision motivée, les mesures de réparation appropriées. ".  En vertu de l'article L. 163-1 du code de l'environnement : " I. - Les mesures de compensation des atteintes à la biodiversité sont les mesures prévues au 2° du II de l'article L. 110-1 et rendues obligatoires par un texte législatif ou réglementaire pour compenser, dans le respect de leur équivalence écologique, les atteintes prévues ou prévisibles à la biodiversité occasionnées par la réalisation d'un projet de travaux ou d'ouvrage ou par la réalisation d'activités ou l'exécution d'un plan, d'un schéma, d'un programme ou d'un autre document de planification. / Les mesures de compensation des atteintes à la biodiversité visent un objectif d'absence de perte nette, voire de gain de biodiversité. Elles doivent se traduire par une obligation de résultats et être effectives pendant toute la durée des atteintes. Elles ne peuvent pas se substituer aux mesures d'évitement et de réduction. Si les atteintes liées au projet ne peuvent être ni évitées, ni réduites, ni compensées de façon satisfaisante, celui-ci n'est pas autorisé en l'état. / II. - Toute personne soumise à une obligation de mettre en œuvre des mesures de compensation des atteintes à la biodiversité y satisfait soit directement, soit en confiant, par contrat, la réalisation de ces mesures à un opérateur de compensation défini au III du présent article, soit par l'acquisition d'unités de compensation dans le cadre d'un site naturel de compensation défini à l'article L. 163-3. Lorsque la compensation porte sur un projet, un plan ou un programme soumis à évaluation environnementale, la nature des compensations proposées par le maître d'ouvrage est précisée dans l'étude d'impact présentée par le pétitionnaire avec sa demande d'autorisation. / Dans tous les cas, le maître d'ouvrage reste seul responsable à l'égard de l'autorité administrative qui a prescrit ces mesures de compensation. / Les modalités de compensation mentionnées au premier alinéa du présent II peuvent être mises en œuvre de manière alternative ou cumulative. / Les mesures de compensation sont mises en œuvre en priorité sur le site endommagé ou, en tout état de cause, à proximité de celui-ci afin de garantir ses fonctionnalités de manière pérenne. Une même mesure peut compenser différentes fonctionnalités. / Les mesures de compensation sont mises en œuvre en priorité au sein des zones de renaturation préférentielle identifiées par les schémas de cohérence territoriale en application du 3° de l'article L. 141-10 du code de l'urbanisme et par les orientations d'aménagement et de programmation portant sur des secteurs à renaturer en application du 4° du I de l'article L. 151-7 du même code, lorsque les orientations de renaturation de ces zones ou secteurs et la nature de la compensation prévue pour le projet le permettent. Un décret en Conseil d'Etat précise les modalités d'application du présent alinéa. ". 
 4. Il résulte des dispositions des articles L. 411-1 et L. 411-2 du code de l'environnement que la destruction ou la perturbation des espèces animales concernées ou la dégradation de leurs habitats, sont interdites. Toutefois, l'autorité administrative peut déroger à ces interdictions dès lors que sont remplies trois conditions distinctes et cumulatives tenant, en premier lieu, à l'absence de solution alternative satisfaisante, en deuxième lieu, à la condition de ne pas nuire au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle et, en troisième lieu, à la justification de la dérogation par l'un des cinq motifs limitativement énumérés et parmi lesquels figure le fait que le projet réponde, par sa nature et compte tenu des intérêts économiques et sociaux en jeu, à une raison impérative d'intérêt public majeur. 
 5.  Le système de protection des espèces résultant des dispositions citées ci-dessus, qui concerne notamment les espèces d'oiseaux figurant sur les listes fixées par l'arrêté du 29 octobre 2009, impose d'examiner si l'obtention d'une dérogation est nécessaire dès lors que des spécimens de l'espèce concernée sont présents dans la zone du projet, sans que l'applicabilité du régime de protection dépende, à ce stade, ni du nombre de ces spécimens, ni de l'état de conservation des espèces protégées présentes. Le projet est soumis à l'obtention d'une dérogation " espèces protégées " au titre du 4° de l'article L 411-2 du code de l'environnement si le risque qu'il comporte pour les espèces protégées est suffisamment caractérisé. A ce titre, les mesures d'évitement et de réduction des atteintes portées aux espèces protégées envisagées doivent être prises en compte. Dans l'hypothèse où ces mesures d'évitement et de réduction présentent, sous le contrôle de l'administration, des garanties d'effectivité telles qu'elles permettent de diminuer le risque pour les espèces au point qu'il apparaisse comme n'étant pas suffisamment caractérisé, la dérogation " espèces protégées " n'a pas à être sollicitée. 
 6.  Il ressort des déclarations d'observations recensées entre 2009 et 2019 sur une application informatique publique ainsi que des investigations réalisées par des inspecteurs de l'environnement de l'office national de la chasse et de la faune sauvage à partir de la base sigogne, la présence, sur le site objet de destructions de haies de bordures, de buissons et de dépressions humides entre les mois de janvier et d'août 2019 et alentours, d'animaux d'espèces protégées et en particulier d'oiseaux faisant partie de nombreuses espèces protégées par l'arrêté ministériel du 29 octobre 2009 fixant la liste des oiseaux protégés sur l'ensemble du territoire et les modalités de leur protection. Il ne ressort pas des pièces du dossier que des mesures d'évitement ou de réduction auraient été prises pour diminuer le risque pour les espèces. Par suite, il appartenait au préfet de la Haute-Saône, informé de cette situation le 11 septembre 2019, de mettre en demeure M. B de déposer un dossier de demande de dérogation à l'interdiction de destruction d'espèces protégées et de leurs habitats ou, et à défaut de dérogation accordée, de mettre en œuvre les mesures de réparation nécessaires. Par suite, et compte tenu des délais écoulés depuis que les faits en cause ont été portés à la connaissance des services de l'Etat dans le département de la Haute-Saône, le préfet de la Haute-Saône a méconnu les dispositions précitées. 
 7.  Il résulte de ce qui précède que l'association requérante est fondée à demander l'annulation de la décision implicite par laquelle le préfet de la Haute-Saône a rejeté sa demande formulée par un courrier du 9 septembre 2019.   
 Sur les conclusions aux fins d'injonction :  
 8.  Aux termes de l'article L. 911-1 du code de justice administrative : " Lorsque sa décision implique nécessairement qu'une personne morale de droit public ou un organisme de droit privé chargé de la gestion d'un service public prenne une mesure d'exécution dans un sens déterminé, la juridiction, saisie de conclusions en ce sens, prescrit, par la même décision, cette mesure assortie, le cas échéant, d'un délai d'exécution. / La juridiction peut également prescrire d'office cette mesure. ". Le juge de l'injonction est tenu de statuer sur le fondement de l'article L. 911-1 du code de justice administrative en tenant compte de la situation de droit et de fait existant à la date de son jugement. 
 9.  Il résulte de ce qui précède qu'il y a lieu d'enjoindre au préfet de la Haute-Saône de mettre en demeure M. B de déposer un dossier de demande de dérogation au titre du 4° de l'article L. 411-2 du code de l'environnement, dans le délai de trois mois à compter de la notification du présent jugement. Il n'y a pas lieu d'assortir cette injonction d'une astreinte. 
 Sur les frais liés au litige :   
 10. Aux termes de l'article L. 761-1 du code de justice administrative : " Dans toutes les instances, le juge condamne la partie tenue aux dépens ou, à défaut, la partie perdante, à payer à l'autre partie la somme qu'il détermine, au titre des frais exposés et non compris dans les dépens. Le juge tient compte de l'équité ou de la situation économique de la partie condamnée. Il peut, même d'office, pour des raisons tirées des mêmes considérations, dire qu'il n'y a pas lieu à cette condamnation. ". 
 11. Il y a lieu, dans les circonstances de l'espèce, de mettre à la charge de l'Etat la somme de 921 euros que l'association commission protection des eaux de Franche-Comté demande au titre des dispositions de l'article L. 761-1 du code de justice administrative. 
 DECIDE : 
 Article 1er : La décision implicite de refus née du silence conservé par le préfet de la Haute-Saône sur la demande formulée par l'association commission protection des eaux de Franche-Comté le 9 septembre 2019 tendant à ce que le responsable des travaux réalisés sur le territoire de la commune de Scey-sur-Saône-et-Saint-Albin, entre les lieux-dits Chazel, En Baillard et la Mollière, le long de la route départementale 3, soit mis en demeure de déposer un dossier de demande de dérogation à l'interdiction de destruction des espèces protégées et de leurs habitats est annulée. 
 Article 2 : Il est enjoint au préfet de la Haute-Saône de mettre en demeure M. B de présenter une demande de dérogation au titre du 4° de l'article L. 411-2 du code de l'environnement, dans le délai de trois mois à compter de la notification du présent jugement. 
 Article 3 : L'Etat paiera la somme de 921 (neuf cent vingt et un) euros à l'association commission de protection des eaux de Franche-Comté au titre de l'article L. 761-1 du code de justice administrative. 
 Article 4 : Le présent jugement sera notifié à la commission de protection des eaux de Franche-Comté, au ministre de la transition écologique et de la cohésion des territoires et au préfet de la Haute-Saône. 
 Copie en sera transmise, pour information, à M. A B. 
 Délibéré après l'audience du 6 janvier 2023 à laquelle siégeaient : 
 - M. Trottier, président, 
 - Mme Guitard, première conseillère, 
 - Mme Diebold, première conseillère. 
 Rendu public par mise à disposition au greffe, le 25 janvier 2023. 
     
     
 La rapporteure, 
 F. GuitardLe président,  
 T. Trottier 
 La greffière, 
 E. Cartier              
     
 La République mande et ordonne au ministre de la transition écologique et de la cohésion des territoires, en ce qui le concerne, ou à tous commissaires de justice à ce requis, en ce qui concerne les voies de droit commun contre les parties privées, de pourvoir à l'exécution de la présente décision. 
     
 Pour expédition conforme,  
 La greffière 
 1 
 2