TA31 · 5ème Chambre — 18 avril 2023

Vu la procédure suivante : 
 Par une requête et un mémoire enregistrés le 22 avril 2021 et le 17 février 2023, la SAS RAGT Semences, représentée par Me Letranchant, demande au tribunal : 
 1°) de prononcer la restitution de la fraction de crédits impôt recherche d'un montant respectif de 152 036 euros, 150 453 euros et 418 986 euros à raison des dépenses exposées par sa filiale la SAS RAGT 2N au titre des années 2009, 2010 et 2011 ; 
 2°) de condamner l'Etat à lui rembourser les dépens mentionnés à l'article R. 207-1 du livre des procédures fiscales ; 
 3°) de mettre à la charge de l'Etat une somme de 10 000 euros au titre de l'article L. 761-1 du code de justice administrative. 
 La SAS RAGT Semences soutient que : 
 S'agissant de la régularité de la procédure : 
 - l'administration fiscale ne pouvait procéder à une substitution de base légale sans adresser une nouvelle proposition de rectification à la SAS RAGT 2N ; 
 - ce vice de procédure l'a privée de la possibilité de saisir le comité consultatif du crédit impôt recherche ; 
 - l'administration fiscale aurait dû tenir compte des effets juridiques de la cession de créance de crédit d'impôt recherche au titre de l'année 2010 à la société Natixis, et engager une procédure de rectification à l'encontre de cette société ; 
 S'agissant du bien-fondé de la demande de restitution : 
 - les dotations aux amortissements du Germplasm font pleinement partie des dépenses éligibles au crédit d'impôt recherche au sens de l'article 244 quater B du code général des impôts et de l'article 49 septies I de l'annexe III au code général des impôts ; 
 - l'administration fiscale, qui ne motive pas sa position, n'apporte pas la preuve contraire. 
 Par un mémoire en défense enregistré le 19 octobre 2021, l'administrateur général des finances publiques chargé de la direction des vérifications nationales et internationales conclut au rejet de la requête. 
 Il soutient que les moyens soulevés par la SAS RAGT Semences ne sont pas fondés. 
 Vu les autres pièces du dossier. 
 Vu : 
 - le code de commerce ; 
 - le code général des impôts et le livre des procédures fiscales ; 
 - le code de justice administrative. 
 Les parties ont été régulièrement averties du jour de l'audience. 
 Ont été entendus au cours de l'audience publique : 
 -le rapport de Mme Héry, présidente-rapporteure, 
 -les conclusions de Mme Nègre-Le Guillou, rapporteure publique, 
 -et les observations de Me Leroy, représentant la SAS Ragt Semences. 
 Considérant ce qui suit : 
 1. La société par actions simplifiée (SAS) RAGT Semences, société mère d'un groupe fiscalement intégré constitué le 1er juillet 2004, possède l'intégralité du capital de sa filiale, la SAS RAGT 2N, qui exerce une activité de recherche en vue de la création de nouvelles variétés des principales espèces de semences de grande culture. Par trois déclarations des 12 octobre 2010, 14 octobre 2011 et 11 octobre 2012, la société RAGT Semences a déclaré des crédits d'impôt recherche (CIR) pour des montants respectifs de 5 908 051 euros au titre de l'année 2009, 8 653 480 euros au titre de l'année 2010 et 8 505 843 euros au titre de l'année 2011 à raison des dépenses exposées par sa filiale. A la suite d'une vérification de comptabilité portant sur la période allant du 1er janvier 2010 au 31 décembre 2012, l'administration fiscale a remis en cause la réalité de l'affectation à la recherche des dépenses prises en compte pour la détermination des crédits d'impôt recherche des années 2009 à 2011. Par des courriers du 12 décembre 2013 et 16 avril 2014, l'administration fiscale a adressé à la société RAGT Semences deux propositions de rectification portant rehaussement en matière de crédit d'impôt recherche, s'élevant à 152 036 euros pour l'année 2009, 150 453 euros pour l'année 2010 et 418 986 euros pour l'année 2011, au motif que ne pouvaient être prises en compte dans le calcul du crédit d'impôt recherche au titre de ces années, des dotations aux amortissements correspondant à la valeur d'un patrimoine génétique constitué de graines, de plants, de plantes, de cellules germinales et d'autres matériels héréditaires, dénommé " Germplasm ". La société RAGT Semences a contesté le bien-fondé de ces rehaussements par trois réclamations contentieuses du 14 décembre 2018, rejetées par l'administration fiscale le 19 février 2021. Par sa requête, la société RAGT Semences demande le remboursement de la fraction non restituée au titre des années 2009, 2010 et 2011 des crédits d'impôt recherche d'un montant respectif de 152 036 euros, de 150 453 euros et de 418 986 euros correspondant aux dotations aux amortissements afférentes au Germplasm. 
 Sur les conclusions tendant à la restitution de crédits d'impôt recherche : 
 2. Aux termes du II de l'article 244 quater B du code général des impôts dans sa rédaction applicable : " Les dépenses de recherche ouvrant droit au crédit d'impôt sont : / a) Les dotations aux amortissements des immobilisations, créées ou acquises à l'état neuf et affectées directement à la réalisation d'opérations de recherche scientifique et technique, y compris la réalisation de prototypes ou d'installations pilotes () ". Les dotations aux amortissements des immobilisations affectées à la réalisation d'opérations de recherche ne peuvent être prises en compte par une société pour le calcul de son crédit d'impôt recherche que dans la mesure où elle a elle-même exposé au cours de l'année en cause les dépenses de recherche correspondantes. 
 3.  Il appartient au juge de l'impôt de constater, au vu de l'instruction dont le litige qui lui est soumis a fait l'objet, qu'un contribuable remplit ou non les conditions lui permettant de bénéficier du crédit d'impôt recherche prévu à l'article 244 quater B du code général des impôts. 
 4. Pour remettre en cause l'éligibilité des dépenses déclarées par la société RAGT Semences, au crédit d'impôt recherche réalisés dans le cadre de l'activité de recherche que mène la société RAGT 2N avec l'outil génétique dénommé " Germplasm ", l'administration fiscale a estimé d'une part, que le Germplasm ne pouvait être assimilé à du matériel acquis à l'état neuf au motif qu'il constitue l'objet même des opérations de recherche débutées par le cédant et poursuivies par la société RAGT 2N et d'autre part, que le Germplasm ne pouvait faire l'objet d'une dépréciation dans le temps. Toutefois, il ne résulte pas de l'instruction que le matériel génétique dénommé " Germplasm ", acquis auprès de la société Serasem le 30 juin 2011 au prix de 17 650 568 euros, aurait été utilisé dans le cadre d'une quelconque opération après sa création par la société cédante et avant son acquisition par la société RAGT 2N. Ainsi, la circonstance que les travaux menés par la société RAGT 2N sur le Germplasm se situeraient dans la continuité méthodologique et scientifique de ceux déjà engagés par la société Serasem ne faisait pas obstacle à ce que cet élément d'actif immobilisé soit regardé comme acquis à l'état neuf pour l'application des dispositions précédemment citées et ne soit pas pris en compte au titre des dépenses de recherche ouvrant droit au crédit d'impôt.  
 5. Il résulte de tout ce qui précède, sans qu'il soit besoin d'examiner les autres moyens de la requête, que la société RAGT Semences est fondée à demander la restitution des sommes relatives aux crédits d'impôt recherche relatifs aux années 2009, 2010 et 2011 pour un montant total de 721 475 euros exposées par sa filiale, la SAS RAGT 2N. 
 Sur les dépens : 
 6. Aux termes de l'article R.207-1 du Livre des procédures fiscales : " Lorsqu'une réclamation contentieuse est admise en totalité ou en partie, les frais de signification ainsi que, le cas échéant, les frais d'enregistrement du mandat sont remboursés. Les frais d'expertise sont supportés par la partie qui n'obtient pas satisfaction. Le contribuable qui obtient partiellement gain de cause participe aux frais en proportion de la part de sa demande qui a été rejetée et compte tenu de l'état du litige au début de l'expertise. ". 
 7. La présente procédure n'ayant donné lieu à aucun dépens, les conclusions de la société RAGT Semences présentées sur le fondement des dispositions précitées de l'article R. 207-1 du livre des procédures fiscales doivent être rejetées. 
 Sur les frais liés au litige : 
 8. Il y a lieu, dans les circonstances de l'espèce, de mettre à la charge de l'Etat la somme de 1 500 euros au titre des frais exposés par la société RAGT Semences et non compris dans les dépens. 
 D E C I D E : 
 Article 1er : L'Etat restituera à la société RAGT Semences la fraction de crédits d'impôt recherche d'un montant respectif de 152 036 euros, 150 453 euros et 418 986 euros à raison des dépenses exposées par sa filiale la SAS RAGT 2N au titre des années 2009, 2010 et 2011. 
 Article 2 : L'Etat versera à la société RAGT Semences la somme de 1 500 euros au titre de l'article L.761-1 du code de justice administrative. 
 Article 3 : Le surplus des conclusions de la requête est rejeté. 
 Article 4 : Le présent jugement sera notifié à la SAS RAGT Semences et à l'administrateur général des finances publiques chargé de la direction des vérifications nationales et internationales. 
 Délibéré après l'audience du 4 avril 2023, à laquelle siégeaient : 
 Mme Héry, présidente, 
 Mme Soddu, première conseillère, 
 Mme Biscarel, conseillère.  
 Rendu public par mise à disposition au greffe le 18 avril 2023. 
 La présidente-rapporteure, 
 F. HÉRY 
 L'assesseure la plus ancienne, 
 N. SODDU       La greffière, 
 M. A 
 La République mande et ordonne au ministre de l'économie, des finances et de la souveraineté industrielle et numérique en ce qui le concerne et à tous commissaires de justice à ce requis en ce qui concerne les voies de droit commun contre les parties privées de pourvoir à l'exécution de la présente décision. 
 Pour expédition conforme : 
 La greffière en chef,