TA31 · 6ème Chambre — 29 décembre 2025

Vu la procédure suivante : 
 
Par une requête et des mémoires, enregistrés les 9 juin 2024, 10 janvier 2025, 8 février 2025, 24 avril 2025, 2 juin 2025 et 11 septembre 2025 à 11 heures 59 (ce dernier non communiqué), l’association Les Amis de la Terre Midi-Pyrénées, l’association Alternative LGV Midi-Pyrénées, l’Union pour la protection de la nature et de l’environnement du Tarn, l’association France Nature Environnement Tarn-et-Garonne et le Groupe National de Surveillance des Arbres, représentés par Me Barrère, demandent au tribunal : 
 
1°) d’annuler l’arrêté du 9 février 2024 par lequel le préfet de la Haute-Garonne a délivré à la société SNCF Réseau une autorisation environnementale pour la réalisation d’aménagements ferroviaires au nord de Toulouse ainsi que la décision implicite rejetant leur recours gracieux contre cet arrêté ; 
 
2°) d’annuler l’arrêté du 8 novembre 2024 par lequel le préfet de la Haute-Garonne a délivré à la société SNCF Réseau une autorisation portant modification de l’arrêté préfectoral du 9 février 2024 ; 
 
3°) de mettre à la charge de l’Etat et de la société SNCF Réseau une somme de 10 000 euros au titre de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.  
 
 
Ils soutiennent que : 
 
- leur requête est recevable ; 
- l’autorisation environnementale n’a pas été précédée d’un avis de l’autorité environnementale ; 
- le rapport et les conclusions de la commission d’enquête sont entachés d’irrégularité au regard des articles L. 123-1, L. 123-15 et R. 123-19 du code de l’environnement ; 
- l’étude d’impact, qui n’a pas été actualisée, est obsolète et irrégulière en la forme ; 
- le morcellement de l’étude d’impact en plusieurs volumes et les renvois à d’autres pièces du dossier de demande d’autorisation nuisent à la bonne compréhension du document ; 
- l’étude d’impact exclut de son champ le terminus de la halte de Launaguet et le réaménagement des voies de la gare de Toulouse Matabiau en méconnaissance du III de l’article L. 122-1 du code de l’environnement ; 
- l’étude d’impact est entachée d’insuffisances quant à l’analyse de l’état initial ; 
- elle est entachée d’insuffisances quant à l’analyse des solutions de substitution raisonnables au regard du 5° du II de l’article R. 122-5 du code de l’environnement ; 
- elle est entachée d’insuffisances quant à la séquence « éviter, réduire, compenser » au regard du 7° du II de l’article R. 122-5 du code de l’environnement ; 
- elle est entachée d’insuffisances quant aux conséquences du projet sur le développement de l’urbanisation et l’artificialisation des sols au regard du III de l’article R. 122-5 du code de l’environnement ; 
- elle est entachée d’insuffisances quant à l’analyse des incidences du projet sur les milieux naturels ; 
- elle est entachée d’insuffisances quant à l’analyse des incidences du projet en matière de bruits et de vibrations ; 
- elle est entachée d’insuffisances quant à l’analyse de la qualité de l’air ; 
- elle est entachée d’insuffisances quant à l’analyse des émissions de gaz à effet de serre ; 
- elle est entachée d’insuffisances quant à l’analyse du bilan socio-économique au regard du III de l’article R. 122-5 du code de l’environnement ; 
- l’arrêté du 9 février 2024 méconnaît les enjeux climatiques, en particulier les engagements pris par l’Etat en matière de réduction de gaz à effet de serre tels qu’ils ressortent du décret n° 2020-456 du 21 avril 2020 ; 
- le projet ne répond pas à une raison impérative d’intérêt public majeur au sens de l’article L. 411-2 du code de l’environnement ; 
- l’arrêté du 9 février 2024, en tant qu’il délivre une dérogation à l’interdiction de destruction d’espèces protégées et de leurs habitats, méconnaît les articles L. 411-1 et L. 411-2 du code de l’environnement dès lors qu’il existe d’autres solutions satisfaisantes ; 
- la condition de maintien dans un état de conservation favorable des espèces protégées dans leur aire de répartition naturelle pour obtenir la dérogation dite « espèces protégées » prévue par les articles L. 411-1 et L. 411-2 du code de l’environnement n’est pas remplie ; 
- le projet porte atteinte aux intérêts mentionnés à l’article L. 211-1 du code de l’environnement ; 
- l’arrêté du 9 février 2024 est entaché d’illégalité au regard de l’article L. 350-3 du code de l’environnement en ce qu’il ne comporte pas d’autorisation d’abattage des arbres d’alignement situés le long du canal latéral à la Garonne entre l’écluse de Saint-Jory et l’écluse de Lespinasse ; 
- l’arrêté du 9 février 2024 est entaché de fraude ; 
- l’arrêté modificatif du 8 novembre 2024 est entaché d’un vice de procédure faute de consultation préalable du conseil municipal de Saint-Jory. 
 
 
Par des mémoires en défense, enregistrés les 20 décembre 2024, 23 avril 2025, 30 mai 2025 et 10 septembre 2025 (ce dernier non communiqué), la société SNCF Réseau, représentée par Me Garancher, conclut, à titre principal, au désistement d’office de la requête, à titre subsidiaire, au rejet de la requête, à titre infiniment subsidiaire, à ce qu’il soit sursis à statuer sur la requête jusqu’à la notification de l’autorisation modificative régularisant un éventuel vice affectant la légalité de l’autorisation environnementale et à ce qu’une somme de 8 000 euros soit mise à la charge des requérants au titre de l’article L. 761-1 du code de justice administrative.  
 
Elle soutient que : 
- il y a lieu de donner acte du désistement d’office de la requête en application de l’article R. 612-5-2 du code de justice administrative ; 
- la requête est irrecevable faute pour les requérants de justifier d’un intérêt à agir ; 
- les conclusions dirigées contre l’arrêté du 8 novembre 2024 sont irrecevables car tardives ; 
- elles sont également irrecevables faute de notification à l’auteur de l’acte et au bénéficiaire de l’autorisation dans les conditions prévues à l’article R. 181-51 du code de l’environnement ; 
- les moyens soulevés par les requérants ne sont pas fondés. 
 
Par des mémoires en défense, enregistrés les 22 avril 2025, 30 mai 2025 et 10 septembre 2025 (ce dernier non communiqué), le préfet de la Haute-Garonne conclut, à titre principal, au rejet de la requête et, à titre subsidiaire, à ce que le tribunal fasse usage des pouvoirs qu’il tient de l’article L. 181-18 du code de l’environnement. 
 
Il soutient que : 
- la requête est irrecevable faute pour les requérants de justifier d’un intérêt à agir ; 
- les moyens soulevés par les requérants ne sont pas fondés. 
 
Par une ordonnance du 21 juillet 2025, la clôture de l’instruction a été fixée au 11 septembre 2025 à 12 heures. 
 
Un mémoire produit par l’association Les Amis de la Terre Midi-Pyrénées et autres a été enregistré le 11 septembre 2025 à 15 heures 39, postérieurement à la clôture d’instruction. 
 
Vu les autres pièces du dossier. 
 
Vu : 
- la directive 92/43/CEE du Conseil du 21 mai 1992, concernant la conservation des habitats naturels ainsi que de la faune et de la flore sauvage, dite directive « Habitats » ; 
- le code de l’énergie ; 
- le code de l’environnement ; 
- le code des transports ; 
- l’ordonnance n° 2016-1058 du 3 août 2016 ; 
- la loi n° 2017-257 du 28 février 2017 ; 
- la loi n° 2021-1104 du 22 août 2021 ; 
- le décret n° 2020-456 du 21 avril 2020 ; 
- l’arrêté du 23 avril 2007 fixant la liste des mammifères terrestres protégés sur l'ensemble du territoire et les modalités de leur protection ; 
- l’arrêté du 23 avril 2007 fixant la liste des insectes protégés sur l'ensemble du territoire et les modalités de leur protection ; 
- l’arrêté du 29 octobre 2009 fixant la liste des oiseaux protégés sur l'ensemble du territoire et les modalités de leur protection ; 
- le code de justice administrative. 
 
Les parties ont été régulièrement averties du jour de l’audience. 
 Ont été entendus au cours de l’audience publique : 
- le rapport de Mme Michel, 
- les conclusions de M. Leymarie, rapporteur public, 
- les observations de Me Barrère et Me Facelina-Tabard, avocates des requérants, et de M. Jean Olivier président de l’association Les Amis de la Terre Midi-Pyrénées, 
- et les observations de Me Pessoa et Me Boucher, avocates de la société SNCF Réseau, et de M. A..., représentant le préfet de la Haute-Garonne. 
 
Vu la note en délibéré, enregistrée le 23 décembre 2025, présentée pour l’association Les Amis de la Terre Midi-Pyrénées et autres. 
 
 
Considérant ce qui suit : 
 
1. La première phase du Grand projet ferroviaire du Sud-Ouest (GPSO) se compose de trois séries de travaux : la création de deux lignes à grande vitesse (LGV) entre Bordeaux et Toulouse et entre Bordeaux et Dax, l’aménagement du réseau ferroviaire existant au sud de Bordeaux et l’aménagement du réseau existant au nord de Toulouse. Ces opérations ont fait l’objet de trois enquêtes publiques concomitantes et ont été déclarées d’utilité publique par un décret du 2 juin 2016 s’agissant de la création des LGV Bordeaux-Toulouse et Bordeaux Dax, un arrêté du préfet de la Gironde du 25 novembre 2015 pour les aménagements ferroviaires au sud de Bordeaux (AFSB) et un arrêté du préfet de la Haute-Garonne du 4 janvier 2016 pour les aménagements ferroviaires au nord de Toulouse (AFNT). Par un arrêté du 9 février 2024, le préfet de la Haute-Garonne a accordé à la société SNCF Réseau une autorisation environnementale au titre des articles L. 181-1 et suivants du code de l'environnement, en vue de la réalisation de l’opération dite des AFNT. Les associations Les Amis de la Terre Midi-Pyrénées et Alternative LGV Midi-Pyrénées ont formé un recours gracieux contre cet arrêté le 8 avril 2024, lequel a été implicitement rejeté. Par un arrêté du 8 novembre 2024, le préfet de la Haute-Garonne a accordé à la société SNCF Réseau une autorisation portant modification de l’autorisation environnementale délivrée le 9 février 2024. Par la présente requête, l’association Les Amis de la Terre Midi-Pyrénées et autres demandent l’annulation des arrêtés du 9 février 2024 et du 8 novembre 2024 ainsi que la décision implicite de rejet de leur recours gracieux. 
 
Sur l’exception de désistement d’office opposée par la société SNCF Réseau : 
 
2. Aux termes de l’article R. 612-5-2 du code de justice administrative : « En cas de rejet d'une demande de suspension présentée sur le fondement de l'article L. 521-1 au motif qu'il n'est pas fait état d'un moyen propre à créer, en l'état de l'instruction, un doute sérieux quant à la légalité de la décision, il appartient au requérant, sauf lorsqu'un pourvoi en cassation est exercé contre l'ordonnance rendue par le juge des référés, de confirmer le maintien de sa requête à fin d'annulation ou de réformation dans un délai d'un mois à compter de la notification de ce rejet. A défaut, le requérant est réputé s'être désisté. / Dans le cas prévu au premier alinéa, la notification de l'ordonnance de rejet mentionne qu'à défaut de confirmation du maintien de sa requête dans le délai d'un mois, le requérant est réputé s'être désisté. ». 
 
3. Par une ordonnance n° 2404527 du 18 septembre 2024, le juge des référés du tribunal administratif de Toulouse, saisi sur le fondement de l’article L. 521-1 du code de justice administrative, a rejeté la demande de suspension de l’exécution de l’arrêté du 9 février 2024 du préfet de la Haute-Garonne portant autorisation environnementale pour l’opération des AFNT et de la décision implicite de rejet du recours gracieux formé contre cet arrêté au motif qu’aucun des moyens soulevés n’était, en l’état de l’instruction, propre à créer un doute sérieux quant à leur légalité. Cette requête était présentée par l’association Les Amis de la Terre Midi-Pyrénées qui avait formé, seule, un recours pour excès de pouvoir contre ces décisions, enregistré au greffe sous le n° 2404548. Par une ordonnance du 27 novembre 2024, confirmée par la cour administrative d’appel de Toulouse, la présidente de la 6ème chambre du tribunal administratif de Toulouse a donné acte du désistement d’office de l’association Les Amis de la Terre Midi-Pyrénées de cette requête n° 2404548, faute pour l’association d’avoir, dans le délai d’un mois qui lui avait été imparti, confirmé le maintien de cette requête au fond. Cependant, et alors que la lettre portant notification de l’ordonnance de référé du 27 novembre 2024 mentionnait que l’association devait confirmer le maintien d’« une requête distincte demandant l’annulation de la décision qui a fait l’objet du présent référé » sans préciser quelle requête, ni le numéro d’instance correspondant, l’association Les Amis de la Terre Midi-Pyrénées n’avait pas à confirmer le maintien des conclusions tendant à l’annulation de ce même arrêté du 9 février 2024 qu’elle avait également présentées avec quatre autres requérants dans la présente instance, enregistrée sous le n° 2403460, celle-ci étant indépendante. Ainsi, les dispositions précitées de l’article R. 612-5-2 du code de justice administrative n’étant pas opposables dans le cadre de la présente instance, il n’y a lieu de donner acte d’un désistement d’office de cette instance ni à l’association Les Amis de la Terre Midi-Pyrénées ni à ses co-requérants. Il s’ensuit que l’exception de désistement d’office opposée en défense par la société SNCF Réseau ne peut être accueillie. 
 
Sur les conclusions à fin d’annulation dirigées contre l’arrêté modificatif du 8 novembre 2024 : 
 
4. Aux termes de l’article L. 181-17 du code de l’environnement : « Les décisions prises sur le fondement du quatrième alinéa de l'article L. 181-9 et les décisions mentionnées aux articles L. 181-12 à L. 181-15 sont soumises à un contentieux de pleine juridiction. / L'auteur du recours est tenu, à peine d'irrecevabilité, de notifier son recours à l'auteur de la décision et au bénéficiaire de la décision. Les conditions d'application du présent alinéa sont précisées par décret en Conseil d'Etat. (…) ». Aux termes de l’article R. 181-51 du même code : « En cas de recours contentieux des tiers intéressés à l'encontre d'une autorisation environnementale ou d'un arrêté fixant une ou plusieurs prescriptions complémentaires prévus aux articles L. 181-12, L. 181-14, L. 181-15 et L. 181-15-1, l'auteur du recours est tenu, à peine d'irrecevabilité, de notifier celui-ci à l'auteur de la décision et au bénéficiaire de la décision. Cette notification doit être effectuée dans les mêmes conditions en cas de demande tendant à l'annulation ou à la réformation d'une décision juridictionnelle concernant une telle autorisation ou un tel arrêté. L'auteur d'un recours administratif est également tenu de le notifier au bénéficiaire de la décision à peine de non prorogation du délai de recours contentieux. / La notification prévue au précédent alinéa doit intervenir par lettre recommandée avec avis de réception, dans un délai de quinze jours francs à compter du dépôt du recours contentieux ou de la date d'envoi du recours administratif. / La notification du recours à l'auteur de la décision et, s'il y a lieu, au bénéficiaire de la décision est réputée accomplie à la date d'envoi de la lettre recommandée avec avis de réception. Cette date est établie par le certificat de dépôt de la lettre recommandée auprès des services postaux. / Les dispositions du présent article sont applicables à une décision refusant de retirer ou d'abroger une autorisation environnementale ou un arrêté complémentaire mentionnés au premier alinéa. Cette décision mentionne l'obligation de notifier tout recours administratif ou contentieux à l'auteur de la décision et au bénéficiaire de la décision, à peine, selon le cas, de non prorogation du délai de recours contentieux ou d'irrecevabilité du recours contentieux. ». 
 
 
5. Les requérants ont présenté le 24 avril 2025, dans le cadre de la présente instance, des conclusions tendant à l’annulation de cet arrêté du 8 novembre 2024, sans toutefois procéder aux notifications requises par l’article R. 181-51 du code de l’environnement alors que cet arrêté faisait mention, dans son article 4, de cette obligation. Par suite, et ainsi que l’a fait valoir la société SNCF Réseau, les conclusions de la requête dirigées contre cet arrêté sont irrecevables et doivent, dès lors, être rejetées. 
 
Sur les conclusions à fin d’annulation dirigées contre l’arrêté initial du 9 février 2024 : 
 
En ce qui concerne la légalité externe : 
 
S’agissant de l’avis de l’autorité environnementale : 
 
6. Aux termes du V de l’article L. 122-1 du code de l’environnement : « Lorsqu'un projet est soumis à évaluation environnementale, le dossier présentant le projet comprenant l'étude d'impact et la demande d'autorisation déposée est transmis pour avis à l'autorité environnementale (…) ». Aux termes du II de l’article R. 122-7 du même code : « L'autorité environnementale se prononce dans les deux mois suivant la date de réception du dossier mentionné au premier alinéa du I. L'avis de l'autorité environnementale, dès son adoption, ou l'information relative à l'absence d'observations émises dans le délai, est mis en ligne sur internet. (…) ». 
 
7. Il résulte de l’instruction que l’autorité environnementale a émis le 7 septembre 2023 un avis détaillé sur le dossier de demande d’autorisation environnementale déposé par la société SNCF Réseau relatif au projet des AFNT. Si l’autorité environnementale a indiqué dans cet avis que le dossier ne pouvait être instruit faute d’une étude d’impact actualisée, cette circonstance, qui ne saurait remettre en cause l’existence d’un avis rendu par cette autorité au sens des dispositions précitées de l’article R. 122-7 du code de l’environnement, n’est pas de nature à entacher d’irrégularité la procédure. Par suite, le moyen tiré de ce que l’autorité environnementale n’aurait pas émis d’avis manque en fait.  
 
S’agissant du rapport et des conclusions de la commission d’enquête : 
 
8. Aux termes de l’article L. 123-1 du code de l’environnement : « L’enquête publique a pour objet d’assurer l’information et la participation du public ainsi que la prise en compte des intérêts des tiers lors de l’élaboration des décisions susceptibles d’affecter l’environnement mentionnées à l’article L. 123-2. Les observations et propositions parvenues pendant le délai de l’enquête sont prises en considération par le maître d’ouvrage et par l’autorité compétente pour prendre la décision. ». Aux termes de l’article L. 123-15 du même code : « Le commissaire enquêteur ou la commission d'enquête rend son rapport et ses conclusions motivées dans un délai de trente jours à compter de la fin de l'enquête (…) / Le rapport doit faire état des observations et propositions qui ont été produites pendant la durée de l'enquête ainsi que des réponses éventuelles du maître d'ouvrage (…) ». Aux termes de l’article R. 123-19 du même code, dans sa rédaction applicable à l’espèce : « Le commissaire enquêteur ou la commission d'enquête établit un rapport qui relate le déroulement de l'enquête et examine les observations recueillies. / Le rapport comporte le rappel de l'objet du projet, plan ou programme, la liste de l'ensemble des pièces figurant dans le dossier d'enquête, une synthèse des observations du public, une analyse des propositions produites durant l'enquête et, le cas échéant, les observations du responsable du projet, plan ou programme en réponse aux observations du public. / Le commissaire enquêteur ou la commission d'enquête consigne, dans une présentation séparée, ses conclusions motivées, en précisant si elles sont favorables, favorables sous réserves ou défavorables au projet. (…) ». 
 
9. Il résulte de ces dispositions que la commission d’enquête doit, d'une part, établir un rapport relatant le déroulement de l'enquête et procéder à un examen des observations recueillies lors de celle-ci, en résumant leur contenu et doit, d'autre part, indiquer dans un document séparé, ses conclusions motivées sur l'opération, en tenant compte de ces observations mais sans être tenu de répondre à chacune d'elles. Si les dispositions précitées n’imposent pas à la commission d’enquête de répondre à chacune des observations présentées lors de l’enquête publique, elles l’obligent à indiquer, au moins sommairement, en donnant son avis personnel, les raisons qui déterminent le sens de cet avis.  
 
10. Il résulte de l’instruction que le rapport de la commission d’enquête, constitué de trente-deux pages et accompagné de quatre annexes, comporte en son point 7.2.5 une synthèse des contributions du public, y compris celles des personnes physiques, ainsi que la liste complète des observations du public dans son annexe 8.3. La commission d’enquête a, en outre, réparti avec précision les points exprimés dans ces observations selon six thématiques. Au sein de ses conclusions de huit pages, la commission, qui n’était pas tenue de répondre à l’ensemble des observations formulées au cours de l’enquête publique, a donné son avis sur chacune des thématiques et a détaillé les raisons l’amenant, au regard du déroulement de l’enquête et des caractéristiques du projet, à émettre un avis favorable assorti de recommandations. Les requérants ne critiquent pas utilement le caractère complet du rapport et des conclusions de la commission d’enquête relative au projet des AFNT en se bornant à les comparer au rapport et aux conclusions d’une autre commission d’enquête relative au projet des AFSB, ces procédures portant sur des projets de travaux différents et ayant donné lieu à des enquêtes publiques distinctes. Par suite, les requérants ne sont pas fondés à soutenir que le rapport et les conclusions de la commission d’enquête seraient anormalement succincts.  
 
11. Par ailleurs, le rapport de la commission d’enquête comporte en son point 7.2.1 un résumé complet des observations émises par l’association Rallumons l’Etoile, lesquelles contiennent un volet « Infrastructures » et au point 7.2.5.3 une synthèse de l’ensemble des observations relevant de la thématique « Infrastructures ». Si les requérants soutiennent que la commission d’enquête a refusé de donner son avis sur les contributions du public relatives aux infrastructures, en particulier celles émises par l’association Rallumons l’Etoile, il résulte de l’instruction qu’après avoir soumis les questions relatives aux infrastructures, notamment la création d’une halte à Lespinasse et un bilan carbone détaillé, au maître d’ouvrage afin qu’il puisse y apporter des réponses, la commission a estimé, dans ses conclusions motivées, que la thématique « Infrastructures » n’entrait pas dans le champ de l’enquête publique. Elle a cependant retenu que si le projet des AFNT ne prévoyait pas de gare ou de halte à Lespinasse, cette question, eu égard à sa contribution à un meilleur service aux usagers, justifiait de faire l’objet d’une recommandation tenant à l’étude de sa faisabilité, soit dans le cadre du projet des AFNT, soit dans le cadre d’un projet indépendant et concomitant. Elle a également estimé que le bilan carbone des déplacements serait amélioré grâce au projet des AFNT tout en préconisant, au titre des recommandations, d’actualiser et d’affiner les calculs de bilan carbone du projet pour prendre en compte un report modal amélioré avec la création du futur Service Express Régional Métropolitain (SERM). Par suite, et alors que la commission n’était pas tenue de répondre à chacune des observations formulées au cours de l’enquête publique, les requérants ne sont pas fondés à soutenir qu’elle n’aurait pas analysé les contributions relatives aux infrastructures. 
 
12. Enfin, le rapport de la commission d’enquête comporte dans son annexe 8.2 le mémoire en réponse de la société SNCF Réseau aux observations du public. Les dispositions précitées des articles L. 123-15 et R. 123-19 du code de l’environnement imposant seulement de faire état dans le rapport des observations du responsable du projet en réponse aux observations du public, la circonstance alléguée selon laquelle les réponses apportées par le maître d’ouvrage seraient évasives ou hors de propos est sans incidence sur la régularité du rapport de la commission d’enquête. 
 
13. Il résulte de tout ce qui précède que les requérants ne sont pas fondés à soutenir que le rapport et les conclusions de la commission d’enquête auraient méconnu les exigences des dispositions du code de l’environnement citées au point 8. 
 
S’agissant de l’étude d’impact : 
 
Quant au cadre juridique : 
 
14. L’article 6 de l’ordonnance du 3 août 2016 relative à la modification des règles applicables à l'évaluation environnementale des projets, plans et programmes, dans sa version issue de l’article 65 de la loi du 28 février 2017 susvisée, dispose que cette ordonnance s’applique « aux projets faisant l’objet d’une évaluation environnementale systématique pour lesquels la première demande d’autorisation, notamment celle qui conduit à une déclaration d’utilité publique, est déposée à compter du 16 mai 2017 ». Il résulte de l’instruction que le projet des AFNT a été déclaré d’utilité publique par un arrêté du préfet de la Haute-Garonne du 4 janvier 2016. Pour l’application des dispositions précitées de l’article 6 de l’ordonnance du 3 août 2016, le projet doit ainsi être regardé comme ayant fait l’objet d’une première demande d’autorisation, au sens de cet article, avant le 16 mai 2017. Par suite, les dispositions relatives à l’évaluation environnementale dans leur version antérieure à la réforme issue de l’ordonnance du 3 août 2016 susvisée doivent être appliquées. 
 
15. Aux termes de l’article L. 122-1 du code de l’environnement, dans sa rédaction antérieure à la réforme issue de l’ordonnance du 3 août 2016 susvisée : « I. ― Les projets de travaux, d'ouvrages ou d'aménagements publics et privés qui, par leur nature, leurs dimensions ou leur localisation sont susceptibles d'avoir des incidences notables sur l'environnement ou la santé humaine sont précédés d'une étude d'impact. (…) / II. Lorsque ces projets concourent à la réalisation d'un même programme de travaux, d'aménagements ou d'ouvrages et lorsque ces projets sont réalisés de manière simultanée, l'étude d'impact doit porter sur l'ensemble du programme. Lorsque la réalisation est échelonnée dans le temps, l'étude d'impact de chacun des projets doit comporter une appréciation des impacts de l'ensemble du programme. Lorsque les travaux sont réalisés par des maîtres d'ouvrage différents, ceux-ci peuvent demander à l'autorité administrative de l'Etat compétente en matière d'environnement de préciser les autres projets du programme, dans le cadre des dispositions de l'article L. 122-1-2. / Un programme de travaux, d'aménagements ou d'ouvrages est constitué par des projets de travaux, d'ouvrages et d'aménagements réalisés par un ou plusieurs maîtres d'ouvrage et constituant une unité fonctionnelle. ». Aux termes de l’article R. 122-5 du code de l’environnement, dans sa rédaction antérieure, issue du décret n° 2011-2019 du 29 décembre 2011, et applicable à la demande d’autorisation présentée par la société SNCF Réseau : « I.- Le contenu de l'étude d'impact est proportionné à la sensibilité environnementale de la zone susceptible d'être affectée par le projet, à l'importance et la nature des travaux, ouvrages et aménagements projetés et à leurs incidences prévisibles sur l'environnement ou la santé humaine. / II.- L'étude d'impact présente : (…) / 2° Une analyse de l'état initial de la zone et des milieux susceptibles d'être affectés par le projet, portant notamment sur la population, la faune et la flore, les habitats naturels, les sites et paysages, les biens matériels, les continuités écologiques telles que définies par l'article L. 371-1, les équilibres biologiques, les facteurs climatiques, le patrimoine culturel et archéologique, le sol, l'eau, l'air, le bruit, les espaces naturels, agricoles, forestiers, maritimes ou de loisirs, ainsi que les interrelations entre ces éléments ; / 3° Une analyse des effets négatifs et positifs, directs et indirects, temporaires (y compris pendant la phase des travaux) et permanents, à court, moyen et long terme, du projet sur l'environnement, en particulier sur les éléments énumérés au 2° et sur la consommation énergétique, la commodité du voisinage (bruits, vibrations, odeurs, émissions lumineuses), l'hygiène, la santé, la sécurité, la salubrité publique, ainsi que l'addition et l'interaction de ces effets entre eux ; / 4° Une analyse des effets cumulés du projet avec d'autres projets connus. Ces projets sont ceux qui, lors du dépôt de l'étude d'impact : / -ont fait l'objet d'un document d'incidences au titre de l'article R. 214-6 et d'une enquête publique ; / -ont fait l'objet d'une étude d'impact au titre du présent code et pour lesquels un avis de l'autorité administrative de l'Etat compétente en matière d'environnement a été rendu public. (…) / 5° Une esquisse des principales solutions de substitution examinées par le pétitionnaire ou le maître d'ouvrage et les raisons pour lesquelles, eu égard aux effets sur l'environnement ou la santé humaine, le projet présenté a été retenu ; (…) / 7° Les mesures prévues par le pétitionnaire ou le maître de l'ouvrage pour : / -éviter les effets négatifs notables du projet sur l'environnement ou la santé humaine et réduire les effets n'ayant pu être évités ; / -compenser, lorsque cela est possible, les effets négatifs notables du projet sur l'environnement ou la santé humaine qui n'ont pu être ni évités ni suffisamment réduits. S'il n'est pas possible de compenser ces effets, le pétitionnaire ou le maître d'ouvrage justifie cette impossibilité. / La description de ces mesures doit être accompagnée de l'estimation des dépenses correspondantes, de l'exposé des effets attendus de ces mesures à l'égard des impacts du projet sur les éléments visés au 3° ainsi que d'une présentation des principales modalités de suivi de ces mesures et du suivi de leurs effets sur les éléments visés au 3° ; (...) III. -Pour les infrastructures de transport visées aux 5° à 9° du tableau annexé à l'article R. 122-2, l'étude d'impact comprend, en outre : / -une analyse des conséquences prévisibles du projet sur le développement éventuel de l'urbanisation ; (…) -une analyse des coûts collectifs des pollutions et nuisances et des avantages induits pour la collectivité. Cette analyse comprendra les principaux résultats commentés de l'analyse socio-économique lorsqu'elle est requise par l'article L. 1511-2 du code des transports ; (…) ». 
 
16. Les inexactitudes, omissions ou insuffisances d’une étude d’impact ne sont susceptibles de vicier la procédure et donc d’entraîner l’illégalité de la décision prise au vu de cette étude que si elles ont pu avoir pour effet de nuire à l’information complète de la population ou si elles ont été de nature à exercer une influence sur la décision de l’autorité administrative. 
 
Quant au périmètre de l’étude d’impact : 
 
17. L’étude d’impact qui figure au sein du dossier d’enquête publique comprend l’ensemble du programme GPSO, à savoir le projet des AFSB, le projet des AFNT et le projet des lignes Bordeaux-Dax et Bordeaux-Toulouse. S’agissant du projet des AFNT, cette étude traite de plusieurs opérations de travaux, notamment le déplacement de la halte TER « Route de Launaguet » près de la station de métro « La Vache » à Toulouse. Au sein de cette future halte est prévue la réalisation d’un terminus partiel. Si ce terminus et la halte TER « Route de Launaguet » sont géographiquement liés, le terminus constitue une opération distincte, poursuivant une finalité propre tenant au désengorgement de la gare de Toulouse Matabiau, en cohérence avec les ambitions de mise en œuvre du SERM sur l’étoile ferroviaire de Toulouse et faisant l’objet d’un financement et d’un calendrier de mise en œuvre distincts de ceux des AFNT. Il résulte également de l’instruction que la halte, composante du projet des AFNT, peut fonctionner de manière autonome par rapport au terminus partiel. Ainsi, ce terminus et la halte TER « Route de Launaguet » n’étant pas indissociables fonctionnellement, ils ne peuvent être regardés comme concourant à la réalisation d’un même programme de travaux, d’aménagements ou d’ouvrages au sens de l’article L. 122-1 du code de l’environnement. Par ailleurs, contrairement à ce qui est soutenu, le terminus partiel « Route de Launaguet » poursuit une finalité différente de celle du terminus partiel de « Castelnau-d’Estrétefonds », inclus dans le périmètre des AFNT, lequel, par la mise en place de navettes TER entre Toulouse et Castelnau-d’Estrétefonds, n’a pas pour objectif de désengorger la gare de Toulouse Matabiau. Dans ces conditions, l’étude d’impact du projet des AFNT n’avait pas à inclure le terminus partiel « Route de Launaguet ». Au demeurant, ce terminus a été pris en compte dans l’étude d’impact, à hauteur des éléments connus à ce stade, au titre de l’analyse des effets cumulés du projet des AFNT avec d’autres projets connus, quand bien même il ne répond pas à la définition d’un projet connu au sens des dispositions précitées du 4° du II de l’article R. 122-5 du code de l’environnement. Par ailleurs, il ressort des termes de l’étude d’impact, en page 6 du volume 4.12, que les aménagements du plan de voie de l’avant-gare de Toulouse Matabiau sont inclus dans le périmètre de l’étude. Contrairement à ce qui est soutenu, les travaux de renouvellement des voies en gare de Toulouse Matabiau, lesquels visent uniquement à améliorer la qualité des infrastructures, poursuivent une finalité différente des aménagements du plan de voie de l’avant-gare de Toulouse Matabiau qui ont pour objet d’assurer l’augmentation du trafic ferroviaire. Dans ces conditions, l’étude d’impact du projet des AFNT n’avait pas à inclure les travaux de renouvellement des voies en gare de Toulouse Matabiau. Par suite, le moyen tiré de ce que le projet aurait été illégalement fractionné en méconnaissance de l’article L. 122-1 du code de l’environnement précité doit être écarté. 
 
Quant à la présentation de l’étude d’impact : 
 
18. Il résulte de l’instruction que la réalisation du programme GPSO est échelonnée dans le temps, le démarrage des travaux étant prévu en 2024 pour les AFNT, en 2025 pour les AFSB et en 2027 pour la ligne à grande vitesse Bordeaux-Toulouse. Dans ces conditions, l’étude d’impact jointe au dossier de demande d’autorisation environnementale déposé par la société SNCF Réseau pour le projet des AFNT doit porter sur ce projet et comporter une appréciation des impacts de l’ensemble du programme GPSO en application des dispositions précitées du II de l’article L. 122-1 du code de l’environnement. En l’espèce, l’étude d’impact comporte un volume 4.12 portant sur l’analyse des impacts de l’opération des AFNT ainsi que d’autres pièces, notamment le volume 3.1, appréciant les impacts de l’ensemble du programme GPSO. Par ailleurs, si les requérants soutiennent que l’étude d’impact compte plus de dix mille pages, qu’elle est morcelée en plusieurs volumes et qu’elle procède à des renvois vers d’autres pièces du dossier, il ne résulte pas de l’instruction que de tels éléments auraient rendu l’étude illisible et auraient ainsi nui à la bonne information du public. A cet égard, en réponse aux observations formulées par l’autorité environnementale dans son avis du 7 septembre 2023, une notice de lecture et une note de présentation non technique ont été jointes à l’étude d’impact afin d’en clarifier la structure et le périmètre. Par suite, le moyen tiré de ce que l’étude d’impact serait illisible doit être écarté.  
 
Quant à l’actualisation des données de l’étude d’impact : 
 
19. Pour les motifs évoqués au point 14, les requérants ne peuvent utilement soutenir que le maître d’ouvrage aurait dû procéder à une actualisation de l’étude d’impact en application des dispositions du III de l’article L. 122-1-1 du code de l’environnement, lesquelles sont issues de l’ordonnance du 3 août 2016 et ne sont donc pas applicables au litige. Aucune disposition législative ou réglementaire applicable au présent litige n’impose par principe qu’une autorisation environnementale relative à des infrastructures de transport, faisant suite à une déclaration d’utilité publique ayant fait l’objet d’une évaluation environnementale, soit précédée d’une actualisation de cette évaluation. En l’espèce, l’étude d’impact jointe au dossier de demande d’autorisation environnementale a été actualisée en ce qui concerne les projets des AFNT. Les requérants, en se bornant à faire état des observations formulées par l’autorité environnementale dans son avis du 7 septembre 2023 et à soutenir que l’étude d’impact initiale a été réalisée il y a plus de dix ans sans davantage de précision, ne contestent pas sérieusement le caractère pertinent de l’étude d’impact quant aux incidences du projet sur l’environnement. Par suite, les requérants ne sont pas fondés à soutenir que l’étude d’impact serait entachée d’irrégularité faute d’une actualisation. 
 
Quant à l’analyse, dans l’étude d’impact, des mesures prévues au titre du 2° du II de l’article R. 122-5 du code de l’environnement relatives à l’analyse de l’état initial de l’environnement : 
 
20. D’une part, l’étude d’impact analyse de manière suffisamment détaillée, notamment dans ses volumes 3.1 et 4.12, l’état initial de l’environnement aussi bien dans le périmètre du programme GPSO que dans le secteur des AFNT. En réponse à l’avis de l’autorité environnementale, la société SNCF Réseau a complété l’étude d’impact concernant le risque lié au transport de matières dangereuses, les risques sanitaires liés à l’ancien site industriel de la société Soferti et la cartographie des pollutions lumineuses. Par ailleurs, pour les raisons évoquées au point 19, les requérants ne sont pas fondés à soutenir qu’une actualisation de l’état initial de l’environnement du projet était nécessaire.  
 
21. D’autre part, il ressort de l’étude d’impact, en particulier du chapitre 3.4.1 du volume 4.12, que dans le cadre de l’analyse de l’état initial de l’environnement du projet des AFNT réalisé sur le territoire des communes de Toulouse, Fenouillet, Lespinasse, Saint-Jory et Castelnau-d’Estrétefonds, deux aires d’étude ont été distinguées, à savoir une aire d’étude rapprochée intégrant le projet et couvrant un total de 176 hectares et une aire d’étude éloignée couvrant un périmètre de 5 kilomètres autour de l’aire d’étude rapprochée. S’agissant de l’aire d’étude rapprochée, il est précisé que son périmètre est resserré le long du tronçon de voie ferrée, sur 250 mètres de large, avec des secteurs plus ou moins larges en fonction des potentialités écologiques aux abords du projet. Il résulte en effet de l’instruction que le projet des AFNT s’insère essentiellement dans un contexte à dominante urbaine ou périurbaine marqué par la présence de nombreuses zones industrielles, commerciales, résidentielles et qu’il présente une connectivité faible avec les réservoirs de biodiversité qui l’entourent, lesquels sont principalement situés à proximité de la Garonne et à au moins 800 mètres du linéaire des voies ferrées. Ainsi, et contrairement à ce qui est soutenu, le périmètre de l’aire d’étude rapprochée n’apparaît pas sous-dimensionné eu égard aux caractéristiques des lieux. Si les requérants soutiennent que les zones anthropisées se concentrent autour des bourgs et qu’entre les villes, l’aire d’étude rapprochée comprend d’importantes zones naturelles et agricoles et il ne résulte pas de l’instruction que ces zones n’auraient pas fait l’objet d’une analyse suffisante alors qu’il ressort de l’étude d’impact qu’ont été réalisés, au sein de cette aire d’étude, un inventaire des espèces animales et végétales, une cartographie des habitats, une analyse des fonctionnalités écologiques à l’échelle locale et une identification des enjeux écologiques et des implications réglementaires. Par ailleurs, il ne résulte pas de l’instruction que l’analyse des aires d’étude rapprochée et éloignée serait laconique. Dans ces conditions, les requérants ne sont pas fondés à soutenir que l’étude d’impact serait insuffisante s’agissant des aires d’étude retenues.  
 
22. Par ailleurs, il résulte de l’instruction que deux campagnes d’inventaires ont été menées sur les périodes 2015/2016 et 2021/2022. Contrairement à ce qui est soutenu, l’analyse de l’état initial de l’environnement réalisée sur la base de ces inventaires n’impliquait pas une description de l’évolution du couvert végétal dans le temps. Enfin, et alors que les requérants se bornent à citer les observations formulées par le Conseil national de la protection de la nature dans son avis du 11 septembre 2023 sans davantage de précision, il ne résulte pas de l’instruction que le niveau de définition des habitats par les inventaires menés serait insuffisamment précis et entraînerait une sous-estimation de leur potentiel écologique. Dans ces conditions, les requérants ne sont pas fondés à soutenir que la pression d’inventaire et le degré de précision de ces inventaires seraient insuffisants. 
 
23. Enfin, si les requérants soutiennent que la méthode et la hiérarchisation des enjeux environnementaux et des priorités dans l’étude d’impact ont été critiquées par l’autorité environnementale, cette seule allégation, qui n’est assortie d’aucune précision, ne saurait suffire à caractériser l’existence d’inexactitudes, d’omissions ou d’insuffisances de l’étude d’impact susceptibles de vicier la procédure.  
 
24. Il résulte de tout ce qui précède que les requérants ne sont pas fondés à soutenir que l’étude d’impact serait entachée d’insuffisances s’agissant de l’analyse de l’état initial de l’environnement. 
 
Quant à l’analyse, dans l’étude d’impact, des incidences sur les milieux naturels : 
 
25. Il résulte de ce qui a été dit précédemment que les requérants ne sont pas fondés à soutenir que l’appréciation des incidences du projet sur les milieux et espèces naturels serait biaisée du fait d’une analyse lacunaire de l’état initial de l’environnement. Par ailleurs, ils ne peuvent utilement soutenir que l’étude d’impact n’indiquerait pas les mesures prises pour atteindre l’objectif d’absence de perte nette, voire de gain de biodiversité prévu par l’article L. 163-1 du code de l’environnement dès lors que, d’une part, les dispositions précitées de l’article R. 122-5 du code de l’environnement ne prévoient pas une telle exigence s’agissant du contenu de l’étude d’impact et, d’autre part, le respect des dispositions de l’article L. 163-1 du code de l’environnement selon lesquelles « Les mesures de compensation des atteintes à la biodiversité visent un objectif d'absence de perte nette, voire de gain de biodiversité » a trait au bien-fondé de l’arrêté attaqué et non au caractère suffisant de l’étude d’impact. Par suite, le moyen tiré de ce que l’étude d’impact n’aurait pas suffisamment analysé les impacts du projet sur les milieux naturels doit être écarté. 
 
Quant à l’analyse, dans l’étude d’impact, des incidences en matière de bruits et de vibrations : 
 
26. Si les requérants soutiennent qu’aucune mesure de réduction n’est prévue au titre de la multi-exposition au bruit, d’une part, cette seule allégation ne suffit pas à caractériser l’insuffisance alléguée de l’analyse des incidences du projet en matière de bruits et de vibrations et, d’autre part, il ne résulte pas de l’instruction qu’une mesure de réduction serait, en tout état de cause, nécessaire à ce titre. En outre, l’étude d’impact analyse de manière suffisamment détaillée les incidences de la phase de travaux du projet des AFNT en matière de bruits et de vibrations. Par suite, le moyen tiré de ce que l’étude d’impact n’aurait pas suffisamment analysé les impacts du projet en matière de bruits et de vibrations doit être écarté. 
 
Quant à l’analyse, dans l’étude d’impact, de la qualité de l’air : 
 
27. L’étude d’impact analyse de manière suffisamment détaillée la qualité de l’air avant la réalisation du projet des AFNT ainsi que les incidences du projet sur ce point, tant au cours des travaux qu’en phase d’exploitation. A cet égard, il est indiqué que les effets du projet sur la qualité de l’air en phase de travaux seront faibles après la mise en œuvre des mesures de réduction et d’accompagnement prévues, tandis que les effets du projet en phase d’exploitation seront « très positifs ». En outre, l’étude d’impact comporte un bilan carbone actualisé du projet. Par suite, le moyen tiré de ce que l’étude d’impact n’aurait pas suffisamment analysé les impacts du projet sur la qualité de l’air doit être écarté. 
 
Quant à l’analyse, dans l’étude d’impact, des émissions de gaz à effet de serre : 
 
28. Il ressort en particulier des volumes 3.4 et 4.12 de l’étude d’impact que le bilan carbone du projet des AFNT a été mis à jour en 2022 sur la base des hypothèses prises au stade des études de projet et que ce bilan prend en compte les émissions de gaz à effet de serre au cours des phases de travaux et d’exploitation ainsi que les émissions évitées du fait des reports modaux. Il est indiqué que le bilan carbone durant la phase de travaux sera de 68 649 teCO2 et que la neutralité carbone du projet des AFNT sera atteinte au terme d’une période allant de sept à onze ans à compter de la mise en service selon la nature des scénarios de la stratégie bas-carbone employés. Contrairement à ce qui est soutenu, il ressort notamment des tableaux en annexe du volume 4.12 de l’étude d’impact que les données relatives au report modal de la route vers le ferroviaire ont été actualisées sur la base de données datant de 2021. Si les requérants soutiennent que l’évolution de l’électrification du parc automobile tendrait vers le scénario « avec mesures supplémentaires » (AMS), il ressort de l’étude d’impact que ce scénario constitue le scénario principal de référence de la stratégie bas-carbone sur la base duquel le bilan carbone du projet a été réalisé. En outre, le report modal de l’aérien vers le ferroviaire ne concernant que les lignes à grande vitesse, cet élément n’avait pas à être pris en compte dans le cadre du bilan carbone du projet des AFNT. Contrairement à ce qui est soutenu, les impacts sur les émissions de gaz à effet de serre du terminus partiel « Route de Launaguet » n’avaient pas à être pris en compte dans la mesure où, ainsi qu’il a été dit précédemment, ce terminus n’est pas inclus dans le périmètre des AFNT. En tout état de cause, la société SNCF Réseau fait valoir, sans être sérieusement contestée, que le projet global de SERM dont fait partie le terminus partiel « Route de Launaguet » n’est pas à un stade suffisamment avancé pour permettre d’évaluer son impact sur la réduction des émissions de gaz à effet de serre liées au report modal vers le ferroviaire. Pour toutes ces raisons, il ne résulte pas de l’instruction que les estimations de report modal vers le ferroviaire et, par voie de conséquence, les émissions de gaz à effet de serre évitées du fait du report modal auraient été surestimées. Par suite, le moyen tiré de ce que l’étude d’impact n’aurait pas suffisamment analysé les impacts du projet sur les émissions de gaz à effet de serre doit être écarté. 
 
Quant à l’analyse, dans l’étude d’impact, des mesures prévues au titre du 5° du II de l’article R. 122-5 du code de l’environnement relatives aux solutions de substitution : 
 
29. Il résulte des dispositions du 5° du II de l’article R. 122-5 du code de l’environnement citées au point 15 que l’étude d’impact que doit réaliser le maître d’ouvrage peut légalement s’abstenir de présenter des solutions qui ont été écartées en amont et qui n’ont, par conséquent, pas été envisagées par ses soins. 
 
30. Contrairement à ce qui est soutenu, le volume 3.2 de l’étude d’impact présente de façon détaillée les principales solutions de substitution analysées notamment à l’échelle du projet des AFNT, et expose les raisons pour lesquelles le projet présenté a été retenu. La comparaison des variantes et la justification de celles retenues s’appuient sur la comparaison des partis d’aménagement et variantes issues des débats publics et des études préalables aux déclarations d’utilité publique des composantes du programme en 2015 et 2016. S’agissant plus précisément de la zone de raccordement des voies nouvelles au nord de Saint-Jory, il résulte de l’instruction qu’aucune solution de substitution n’a été envisagée par la société SNCF Réseau concernant cette zone, dans la mesure où, au regard des contraintes de raccordement et du choix du tracé de la ligne nouvelle, le « seul secteur présentant une emprise suffisante pour le raccordement de Saint-Jory est le secteur du franchissement de l’Hers dans la zone des trois-Ponts ».  Le maître d’ouvrage étant seulement tenu de présenter les solutions effectivement envisagées, les requérants ne sont pas fondés à soutenir qu’une solution alternative concernant la zone de raccordement des voies nouvelles à Saint-Jory aurait dû être présentée. S’agissant du positionnement des nouvelles voies, la circonstance alléguée selon laquelle la variante retenue serait la plus défavorable en termes d’impacts sur les milieux naturels, qui a trait au bien-fondé de l’arrêté attaqué, est sans incidence sur le caractère suffisant de l’étude d’impact. S’agissant du choix des gares, les variantes examinées et les raisons du choix des sites de gares retenus, notamment au regard de l’environnement, sont décrites de manière suffisamment détaillée dans le volume 3.2 de l’étude d’impact. Par suite, le moyen tiré de ce que l’étude d’impact n’aurait pas suffisamment analysé les solutions de substitution envisagées doit être écarté.  
 
Quant à l’analyse, dans l’étude d’impact, des mesures prévues au titre du 7° du II de l’article R. 122-5 du code de l’environnement relatives à la séquence « éviter - réduire – compenser » : 
 
31. L’étude d’impact, dans son volume 4.12, comporte une description synthétique des impacts du projet par thématique et des mesures de la séquence « éviter, réduire et compenser » (ERC). A la suite des observations formulées par l’autorité environnementale, l’étude a été complétée par plusieurs chapitres comprenant une description plus détaillée des niveaux d’impacts du projet par thématique et des mesures ERC envisagées ainsi que par des tableaux de synthèse des niveaux d’impacts de l’opération des AFNT, avant et après mesures, par thématique et par phase (travaux/exploitation). Il ne résulte pas de l’instruction, et alors que les requérants se bornent à reprendre l’avis de l’autorité environnementale sans davantage de précision, que la description des mesures d’évitement, de réduction et de compensation présenterait un caractère insuffisant. Par ailleurs, pour les raisons évoquées aux points 21 et 22, les requérants ne sont, en tout état de cause, pas fondés à soutenir que les mesures ERC seraient mal évaluées du fait du caractère trop resserré de l’aire d’étude rapprochée et de l’insuffisance de pression des inventaires. Par suite, le moyen tiré de ce que la description de ces mesures au sein de l’étude d’impact serait insuffisante doit être écarté. 
 
Quant à l’analyse, dans l’étude d’impact, des conséquences prévues au III de l’article R. 122-5 du code de l’environnement sur le développement de l’urbanisation et sur la consommation des terres agricoles : 
 
32. L’étude d’impact analyse de manière suffisamment détaillée les conséquences du projet sur le développement de l’urbanisation ainsi que les enjeux écologiques liés aux aménagements fonciers et agricoles portant notamment sur la consommation des espaces agricoles. Les requérants ne peuvent utilement soutenir que l’étude d’impact ne ferait aucune référence à l’objectif de zéro artificialisation nette à l’horizon de 2050 fixé par la loi n° 2021-1104 du 22 août 2021 dite « Climat et Résilience » dès lors que cet objectif n’est pas directement opposable aux autorisations environnementales. 
 
Quant à l’analyse, dans l’étude d’impact, des principaux résultats de l’évaluation socio-économique prévue au III de l’article R. 122-5 du code de l’environnement : 
 
33. L’étude d’impact comporte, dans son volume 4.12, un chapitre 6 consacré à l’évaluation socio-économique comprenant notamment une présentation des résultats de l’analyse socio-économique de l’opération des AFNT. Contrairement à ce qui est soutenu, l’étude définit, en des termes accessibles au public, les différentes notions utilisées, en particulier les indicateurs permettant d’évaluer la performance économique du projet telle que la valeur actuelle nette du projet pour la collectivité, dans le tableau des indicateurs synthétiques compris dans le chapitre 6 du volume 4.12 de l’étude d’impact. Enfin, alors que les requérants se bornent à soutenir que les modifications substantielles du projet, avec des impacts négatifs pour les capacités ferroviaires des trains du nord, du nord-est et du sud-est par rapport à ce que prévoyaient les AFNT objets de la déclaration d’utilité publique, viennent fortement affecter le bilan socio-économique de ce projet, sans assortir cette allégation d’aucune précision, il ne résulte pas de l’instruction que l’étude d’impact souffrirait d’inexactitudes, d’omissions ou d’insuffisances susceptibles de vicier la procédure. Par suite, le moyen tiré de ce que l’étude d’impact comporterait une analyse insuffisante de l’évaluation socio-économique du projet doit être écarté.  
 
En ce qui concerne la légalité interne : 
 
S’agissant du moyen tiré de la méconnaissance des objectifs de réduction des émissions de gaz à effet de serre : 
 
34. Le décret susvisé du 21 avril 2020 relatif à la programmation pluriannuelle de l'énergie définit les priorités d'action des pouvoirs publics pour la gestion des formes d'énergie sur le territoire métropolitain continental sur la période 2019-2028 afin d'atteindre les objectifs définis aux articles L. 100-1, L. 100-2 et L. 100-4 du code de l'énergie. Si la prise en compte des objectifs de réduction des émissions de gaz à effet de serre fixés à l’article L. 100-4 du code de l’énergie est prévue pour les autorisations d’exploiter une installation de production d’électricité par l’article L. 311-5 du même code et pour les autorisations environnementales lorsqu’elles tiennent lieu d’une telle autorisation en application de l’article L. 181-3 du code de l’environnement, une autorisation environnementale qui ne vaut pas autorisation d’exploiter une installation de production d’électricité au titre du code de l’énergie n’est pas soumise à l’obligation de prise en compte des objectifs de réduction des émissions de gaz à effet de serre résultant de l’article L. 100-4 du code de l’énergie et du décret du 21 avril 2020. En l’espèce, l’autorisation environnementale litigieuse ne valant pas autorisation d’exploiter une installation de production d’électricité au titre du code de l’énergie, les requérants ne peuvent utilement invoquer la méconnaissance des objectifs de réduction des émissions de gaz à effet de serre résultant du décret du 21 avril 2020.  
 
S’agissant de la dérogation dite « espèces protégées » délivrée par le préfet au titre de l’article L. 411-2 du code de l’environnement :  
 
35. Aux termes de l’article L. 411-1 du code de l’environnement : « I. - Lorsqu'un intérêt scientifique particulier, le rôle essentiel dans l'écosystème ou les nécessités de la préservation du patrimoine naturel justifient la conservation de sites d'intérêt géologique, d'habitats naturels, d'espèces animales non domestiques ou végétales non cultivées et de leurs habitats, sont interdits : / 1° La destruction ou l’enlèvement des œufs ou des nids, la mutilation, la destruction, la capture ou l’enlèvement, la perturbation intentionnelle, la naturalisation d’animaux de ces espèces ou, qu’ils soient vivants ou morts, leur transport, leur colportage, leur utilisation, leur détention, leur mise en vente, leur vente ou leur achat / 2° La destruction, la coupe, la mutilation, l’arrachage, la cueillette ou l'enlèvement de végétaux de ces espèces, de leurs fructifications ou de toute autre forme prise par ces espèces au cours de leur cycle biologique, leur transport, leur colportage, leur utilisation, leur mise en vente, leur vente ou leur achat, la détention de spécimens prélevés dans le milieu naturel ; / 3° La destruction, l’altération ou la dégradation de ces habitats naturels ou de ces habitats d’espèces (…) ». Aux termes de l’article L. 411-2 du même code : « I. – Un décret en Conseil d'Etat détermine les conditions dans lesquelles sont fixées : (…) / 4° La délivrance de dérogations aux interdictions mentionnées aux 1°, 2° et 3° de l'article L. 411-1, à condition qu'il n'existe pas d'autre solution satisfaisante, pouvant être évaluée par une tierce expertise menée, à la demande de l'autorité compétente, par un organisme extérieur choisi en accord avec elle, aux frais du pétitionnaire, et que la dérogation ne nuise pas au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle : (…) / c) Dans l'intérêt de la santé et de la sécurité publiques ou pour d'autres raisons impératives d'intérêt public majeur, y compris de nature sociale ou économique, et pour des motifs qui comporteraient des conséquences bénéfiques primordiales pour l'environnement ; (…) ». Aux termes de l’article L. 181-3 du même code : « (…) II.- L'autorisation environnementale ne peut être accordée que si les mesures qu'elle comporte assurent également : (…) / 4° Le respect des conditions, fixées au 4° du I de l'article L. 411-2, de délivrance de la dérogation aux interdictions édictées pour la conservation de sites d'intérêt géologique, d'habitats naturels, des espèces animales non domestiques ou végétales non cultivées et de leurs habitats, lorsque l'autorisation environnementale tient lieu de cette dérogation ; (…) ». 
 
36. Il résulte de ces dispositions qu’un projet d’aménagement ou de construction d’une personne publique ou privée susceptible d’affecter la conservation d’espèces animales ou végétales protégées et de leurs habitats ne peut être autorisé, à titre dérogatoire, que s’il répond, par sa nature et compte tenu des intérêts économiques et sociaux en jeu, à une raison impérative d’intérêt public majeur. En présence d’un tel intérêt, le projet ne peut cependant être autorisé, eu égard aux atteintes portées aux espèces protégées appréciées en tenant compte des mesures de réduction et de compensation prévues, que si, d’une part, il n’existe pas d’autre solution satisfaisante et, d’autre part, cette dérogation ne nuit pas au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle. 
 
Quant à l’existence d’une raison impérative d’intérêt public majeur : 
 
37. L’opération, déclarée d’utilité publique par un arrêté du préfet de la Haute-Garonne du 4 janvier 2016, consiste en la mise à quatre voies de dix-neuf kilomètres de voies ferrées entre Toulouse et Castelnau-d’Estrétefonds, la réalisation d’un terminus TER partiel à Castelnau-d’Estrétefonds, la création d’une interconnexion train/métro à la station « La Vache » et le réaménagement de tous les points d’arrêt sur cette portion, en l’espèce les arrêts de « Castelnau-d’Estrétefonds », « Saint-Jory », « Fenouillet-Saint-Alban », « Lacourtensourt », « Lalande-l’Église », « Route de Launaguet » ainsi que la gare de Toulouse Matabiau. Elle vise, en permettant l’arrivée de la future ligne à grande vitesse à Toulouse, à contribuer au développement économique et à renforcer l’accessibilité de l’agglomération toulousaine, située dans une partie du territoire national faiblement pourvue en grandes infrastructures de transport. L’opération a également vocation à fluidifier et à améliorer le trafic ferroviaire en séparant les trafics en fonction des vitesses de circulation des trains, deux voies étant dédiées aux trains lents et deux aux trains rapides. Contrairement à ce qui est soutenu, il ne résulte pas de l’instruction que les aménagements prévus entraîneraient d’importantes difficultés de circulation, notamment aux abords et au sein de la gare de Toulouse Matabiau. La circonstance que le projet des AFNT tel qu’il a été déclaré d’utilité publique aurait subi des évolutions au stade de la demande d’autorisation environnementale est sans incidence sur la légalité de l’arrêté attaqué. En outre, l’opération vise à améliorer la fréquence, la régularité et le temps de parcours des voyageurs au quotidien ainsi que l’accessibilité des communes situées au nord de Toulouse, mal desservies par des infrastructures routières et des transports publics saturés. A cet égard, les AFNT prévoient de permettre d’augmenter le nombre de trains de voyageurs par jour, hors trains à grande vitesse, de 42,5 % ainsi que le transport quotidien à bord du réseau TER incluant la proche et la grande banlieue, de 23 % avec dix mille voyageurs supplémentaires par jour. L’offre ferroviaire est ainsi développée dans des haltes qui ne connaissent aujourd’hui aucune fréquentation, en l’espèce les gares de « Route de Launaguet », « Lalande-l’Église » et « Fenouillet-Saint-Alban », situées au cœur de zones en fort développement démographique. Par ailleurs, la création de l’interconnexion train/métro à la station « La Vache », qui constituera le troisième nœud intermodal de l’agglomération toulousaine, vise à permettre d’augmenter la fréquentation de la ligne ferroviaire ainsi que de la ligne B du métro toulousain et de la ligne de métro C en construction et d’éviter aux voyageurs souhaitant se rendre à l’ouest ou au sud de la métropole de passer par la gare de Toulouse Matabiau déjà saturée. Les requérants ne peuvent utilement se prévaloir ni d’une rupture de charge induite par le terminus partiel « Route de Launaguet », ni de l’abandon des aménagements des voies en gare de Toulouse Matabiau lesquels, ainsi qu’il a été dit au point 17, ne sont pas inclus dans le périmètre du projet des AFNT. Par ailleurs, l’opération a vocation à améliorer le confort et la sécurité des personnes transportées et à réduire significativement les pollutions et nuisances liées à la circulation routière. A cet égard, si les requérants soutiennent que le bilan des émissions de gaz à effet de serre du projet et les bénéfices escomptés liés au report modal de la voiture vers le train ont été surévalués, il résulte de l’instruction, qu’en dépit d’une baisse du trafic routier dans l’agglomération toulousaine, les axes routiers au nord de Toulouse restent saturés, que les émissions de gaz à effet de serre évitées du fait du report modal de la voiture vers le train sont significatives et que la neutralité carbone du projet des AFNT sera atteinte au terme d’une période allant de sept à onze ans à compter de sa mise en service. Enfin, si l’étude d’impact indique une valeur actuelle nette négative de – 0,19 par euro public investi s’agissant du projet des AFNT, le bilan socio-économique du projet, en particulier à travers l’indicateur du taux de rentabilité interne pour la collectivité, est positif que ce soit à l’échelle locale ou à l’échelle du programme GPSO. Ni les incertitudes alléguées quant à la participation réelle de l’Etat et de certaines collectivités au financement du programme GPSO, ni les réserves du maire de Bordeaux et du président de la communauté d’agglomération Pays basque sur une future ligne à grande vitesse Bordeaux-Espagne ne sont de nature à remettre en cause l’existence d’une raison impérative d’intérêt public majeur concernant le projet des AFNT. Il résulte de ce qui précède que le projet répond à une raison impérative d’intérêt public majeur au sens du c) du I de l’article L. 411-2 du code de l’environnement. 
 
Quant à l’absence d’une solution alternative satisfaisante : 
 
38. S’agissant de la condition tenant à l’absence de solution alternative satisfaisante, elle doit être regardée comme satisfaite dans le cas où il n’existe pas, parmi les solutions alternatives préalablement étudiées, d’autre solution qui soit appropriée aux besoins à satisfaire, aux moyens susceptibles d’être employés pour le projet et aux objectifs poursuivis et qui permettrait de porter une moindre atteinte à la conservation des espèces protégées. 
 
39. En premier lieu, il ressort de la demande de dérogation dite « espèces protégées » présentée par la société SNCF Réseau ainsi que du volume 3.2 de l’étude d’impact relatif aux raisons pour lesquelles le projet présenté a été retenu, qu’au cours des études préparatoires au débat public sur la ligne nouvelle à grande vitesse Bordeaux-Toulouse en 2005, cinq scénarios d’amélioration des services ferroviaires sur l’axe Bordeaux-Toulouse ont été étudiés, dont deux portant sur l’aménagement des lignes existantes. A cette occasion, ces deux options ont été écartées au motif qu’elles n’étaient pas adaptées aux besoins d’amélioration de la desserte ferroviaire eu égard aux gains de temps de parcours et de capacité très limités et à leurs bilans économiques fortement négatifs. S’agissant plus précisément des AFNT, l’option tenant à l’utilisation des lignes existantes a été écartée au motif qu’elles ne pouvaient supporter la densification et le cadencement du trafic TER envisagé et l’évolution de la croissance des autres types de trafic (grandes lignes, trains à grande vitesse, fret). Les études capacitaires menées ont conclu, en cas de réalisation d’une ligne nouvelle à grande vitesse Bordeaux-Toulouse, à la nécessité de créer une section à quatre voies entre la gare de Toulouse Matabiau et Saint-Jory, zone de raccordement entre la ligne nouvelle à grande vitesse et les lignes existantes. Cette mise à quatre voies du secteur entre Toulouse et Saint-Jory a d’ailleurs été actée par l’arrêté préfectoral du 4 janvier 2016 portant déclaration d’utilité publique des AFNT. Contrairement à ce qui est soutenu, les études capacitaires réalisées n’avaient pas à être produites dans leur intégralité à l’appui du dossier de demande d’autorisation environnementale dès lors que les éléments contenus dans le dossier, notamment dans le volume 3.2 de l’étude d’impact, étaient suffisamment précis pour connaître les variantes envisagées et les raisons pour lesquelles elles ont été écartées. Ainsi, des solutions alternatives ont été recherchées par le maître d’ouvrage, lesquelles ne se sont pas révélées plus satisfaisantes que celle retenue. A cet égard, dans le cadre des mesures d’évitement ME 01 prescrites par l’arrêté attaqué, des modifications de tracés du projet prévoyant l’utilisation des voies existantes sur certaines portions des voies nouvelles ont ainsi été prévues. En outre, il résulte de ce qui a été dit précédemment que les requérants ne sont pas fondés à soutenir que les solutions alternatives présentées reposeraient sur une étude d’impact obsolète qui ne comporterait pas un recensement exhaustif du milieu naturel et des espèces présentes sur le secteur et qui n’en reflèterait pas la sensibilité écologique. Par ailleurs, il ne résulte pas de l’instruction que les alternatives proposées par les requérants consistant soit en une optimisation des lignes existantes notamment par la mise en place du système européen de gestion du trafic ferroviaire « European Rail Traffic Management System » (ERTMS), soit en la création d’une seule voie nouvelle, permettraient à la fois de réduire les impacts du projet sur les espèces protégées et leurs habitats et de répondre aux objectifs de desserte ferroviaire poursuivis. En effet, si le graphique horaire produit par les requérants révèle que les objectifs de trafic en heure de pointe et pour chaque sens de circulation poursuivis par le projet des AFNT peuvent être théoriquement atteints sur les voies ferrées existantes entre Toulouse et Montauban, sans création d’emprises nouvelles et en prenant en compte le système de signalisation et d’espacement des trains ERTMS, il résulte toutefois de l’instruction qu’une telle alternative ne permet pas de répondre, d’une part, à l’objectif de sécurisation du réseau ferré que permet la séparation des flux rapides et des flux lents de desserte par la mise à quatre voies et, d’autre part, aux objectifs de réduction du phénomène de saturation de l’infrastructure existante dû à l’hétérogénéité des flux et de limitation des impacts négatifs importants sur les usagers en cas de situations perturbées tels que les pannes et les accidents. Contrairement à ce qui est soutenu, il ressort de l’évaluation socio-économique présentée dans le cadre de la procédure de déclaration d’utilité publique que le déploiement du système ERTMS a été pris en compte par le maître d’ouvrage, ce dernier ayant prévu que les trains à grande vitesse neufs à partir de l’horizon 2024 seront équipés de la signalisation ERTMS niveau 2 et que les trains à grande vitesse existants au départ de la gare Paris-Montparnasse et desservant le Sud-Ouest de la France seront mis aux normes de signalisation ERTMS niveau 2. En outre, la société SNCF Réseau fait valoir, sans être sérieusement contredite, que la réduction de l’espacement entre les trains permise par le système ERTMS n’apporte un gain significatif en termes de capacité que lorsque les circulations se font à des vitesses homogènes et que, eu égard aux contraintes d’exploitation des lignes existantes liées aux incidents et à des circulations de trains avec des vitesses et des arrêts différents, la capacité maximale supplémentaire pouvant être obtenue ne serait que de 10 à 20 % du trafic actuel et donc insuffisante au regard des objectifs poursuivis. Par ailleurs, il ne résulte pas de l’instruction que les voies de fret situées au nord de la gare de triage de Saint-Jory sur le territoire de la commune de Lespinasse ne seraient plus exploitées par la société Arterris et qu’elles pourraient, dès lors, être une alternative au projet en litige. Enfin, si les requérants soutiennent que la modernisation de voies existantes a été mise en œuvre de manière efficace à Lausanne et sur la ligne Marseille-Vintimille, il ne résulte pas de l’instruction que ces projets seraient comparables à celui en litige.  
 
40. En deuxième lieu, il ressort du volume 3.2 de l’étude d’impact que plusieurs variantes dénommées A, B et C d’insertion de voies nouvelles entre la gare de Toulouse Matabiau et Saint-Jory ont été étudiées dans le cadre du projet des AFNT au regard de leur impact sur des critères globaux relatifs aux milieux humains, physiques et naturels ainsi qu’aux aspects techniques et financiers. Il ressort de cette étude multi‑critères qu’il a bien été procédé à la comparaison de la solution retenue et des variantes envisagées. La variante C retenue permet de réduire le nombre de bâtis affectés par le projet et se montre plus avantageuse d’un point de vue technique et économique. Si cette variante est, à l’origine, celle présentant l’impact le plus fort sur les milieux naturels liés au canal latéral à la Garonne, des mesures d’évitement ME 01 ont été prévues par l’arrêté contesté consistant en des modifications de tracés du projet avec l’insertion de deux voies nouvelles à l’est des voies existantes sur tout le linéaire de la gare de triage de Saint-Jory ainsi que la réutilisation, côté est de la zone de Lacourtensourt, de la « voie banale » existante afin de diminuer l’impact du projet sur le canal latéral à la Garonne. Ainsi, ces mesures justifient que l’impact de la variante C sur l’environnement a été considéré comme non significatif. Par ailleurs, il résulte de l’instruction que des modalités de répartition des quatre voies de circulation entre Toulouse et Saint-Jory ont été examinées en tenant compte des contraintes techniques existantes, en particulier les contraintes d’environnement (ouvrages d’art, voiries adjacentes, bâtis, canal latéral) et de sécurité (espacement entre les voies, courbes encadrées de raccordement progressif pour éviter le déraillement, adaptation des rayons de courbes aux vitesses d’exploitation). Si les requérants soutiennent qu’un scénario à quatre voies avec une alternance des flux entre voies lentes et voies rapides (schéma dit 2L-2R-1R-1L) aurait eu une incidence moindre sur l’environnement que celui retenu par la société SNCF Réseau (schéma dit 2R-1R-2L-1L), il ne résulte pas de l’instruction que le scénario proposé prendrait en compte l’ensemble des contraintes d’exploitation précédemment évoquées, en particulier l’espacement nécessaire entre les voies lentes et les voies rapides tel qu’indiqué en page 17 du volume 4.12, et permettrait d’atteindre les objectifs poursuivis tout en réduisant les atteintes à la conservation des espèces protégées. En outre, contrairement à ce qui est soutenu, l’espacement entre les voies lentes et rapides n’est pas uniquement dû à l’implantation des haltes ferroviaires et de leurs quais mais également aux contraintes d’environnement et de sécurité précédemment évoquées. 
 
41. En troisième lieu, il résulte de l’instruction que le choix de la zone de raccordement de la future LGV Bordeaux-Toulouse résulte notamment du choix du tracé de cette ligne nouvelle, lequel a fait l’objet au sein de l’étude d’impact, en particulier dans son volume 3.2, d’une analyse approfondie des variantes envisagées et d’une présentation des raisons du choix opéré, ainsi que de la nécessité d’un raccordement au plus près de l’agglomération toulousaine. Il ressort de la réponse en date du 6 octobre 2023 de la société SNCF Réseau à l’avis du Conseil national de la protection de la nature que le secteur de la commune de Saint-Jory et, en particulier, le secteur situé le long de la voie ferrée existante, présente des contraintes importantes pour l’implantation d’un raccordement telles que, notamment, la présence de la rivière Hers, la présence des gravières de captage d’eau potable et de la zone Natura 2000 plus à l’ouest, la présence de la route M820 le long de la ligne ferroviaire, et la présence du canal latéral à la Garonne. Il n’est pas contesté que le seul secteur présentant une emprise suffisante pour un raccordement au nord de Saint-Jory est le secteur du franchissement de l’Hers dans la zone des Trois-Ponts. La zone de raccordement est située au niveau du triangle de l’Hers qui constitue une zone humide d’intérêt prioritaire et une zone d’habitats de plusieurs espèces protégées. Si l’arrêté attaqué prévoit l’implantation d’un bassin de rétention de 7 200 m3 dans ce triangle boisé de l’Hers et le défrichement d’une surface de 1,92 hectare, ces éléments ont été modifiés par un arrêté non contesté du 3 avril 2025 lequel prévoit la suppression du bassin de rétention et son remplacement par deux nouveaux bassins pluviaux, situés en dehors du triangle boisé, ainsi que la réduction de la surface de défrichement à 0,42 hectare. Contrairement à ce qui est soutenu, la localisation précise des deux nouveaux bassins pluviaux et de la surface à défricher figure dans le dossier de porter à connaissance du 10 octobre 2024 complété le 27 février 2025. Ainsi, non seulement ces mesures d’évitement démontrent par elles‑mêmes l’étude de solutions alternatives au niveau de la zone de raccordement mais aboutissent à un impact du projet sur ce triangle boisé de l’Hers extrêmement réduit. L’alternative, proposée par les requérants, d’une zone de raccordement au niveau du chemin de la Gravette à Castelnau-d’Estrétefonds s’appuie sur une expertise basée sur une vitesse de circulation de 160 km/heure au niveau du raccordement avec un rayon de courbure d’environ 1,2 km et une limitation de vitesse permanente, au point kilométrique (PK) 238, inconnue de l’expert. Or, il résulte de l’instruction qu’il est prévu une zone de transition de vitesse de 160 km/heure à 220 km/heure au PK 239+666, soit au sud de la zone de raccordement, ce qui signifie que la vitesse prévue au niveau de la zone de raccordement est de 220 km/heure. Or, il n’est pas sérieusement contesté que, eu égard à cette vitesse prévue de 220 km/heure et aux exigences de la spécification technique d’interopérabilité, le tracé du raccordement nécessite un rayon de courbure compris entre 2 km et 2,5 km. Si les requérants produisent également une cartographie de la zone de raccordement proposée au niveau du chemin de la Gravette à Castelnau-d’Estrétefonds prenant en compte un rayon de courbure de plus de 2,5 km, il ressort de la configuration des lieux qu’un raccordement à ce niveau impliquerait une prolongation de la mise à quatre voies de Saint-Jory jusqu’à Castelnau-d’Estrétefonds nécessitant, notamment, des travaux supplémentaires sur les berges du canal latéral à la Garonne, corridor écologique, ainsi que sur le pont-rail de l’Hers-Mort. Dans ces conditions, l’alternative proposée par les requérants ne permettrait pas de porter une moindre atteinte à la conservation des espèces protégées. Enfin, si les requérants soutiennent que certains travaux liés au raccordement de la future LGV Bordeaux-Toulouse, à savoir une voie de liaison, les fondations et les piédroits du futur saut-de-mouton, n’auraient pas dû être réalisés dans le cadre du projet des AFNT mais dans celui de la future ligne à grande vitesse et que ces travaux doivent être accompagnés de la création d’un comité de suivi environnemental et d’un observatoire socio-économique et environnemental, une telle argumentation est sans incidence sur l’existence ou non d’une solution alternative satisfaisante au projet. En tout état de cause, dans la mesure où la zone de raccordement de la future LGV a été déterminée au stade du projet des AFNT et qu’elle constitue le point de liaison entre deux phases d’un même programme de travaux, la circonstance que certains aménagements liés au futur raccordement de la ligne à grande vitesse ont été prévus au stade du projet des AFNT, au demeurant pour des raisons techniques et financières justifiées, ne saurait constituer un détournement de procédure.  
 
42. Enfin, si les requérants soutiennent que l’étude d’impact comporte de graves lacunes quant à la description des raisons des choix de gares et de la comparaison des incidences sur l’environnement, cette seule allégation, qui a trait à la composition du dossier de demande, est sans incidence sur la légalité interne de l’arrêté attaqué. S’agissant du terminus partiel situé à Castelnau-d’Estrétefonds, deux alternatives de positionnement de ce terminus ont été étudiées dans le cadre du projet des AFNT au regard de leur impact selon des critères globaux relatifs notamment aux milieux naturels ainsi qu’aux aspects techniques. Il ressort de cette étude multi‑critères qu’il a bien été procédé à la comparaison de la solution retenue et de la variante envisagée. Si la solution retenue d’un terminus central avec une voie nouvelle du côté du canal latéral à la Garonne est celle qui présente le plus fort impact sur les milieux naturels situés sur les berges de ce canal, il n’est pas contesté que l’autre solution envisagée ne permet pas d’assurer les objectifs qualitatifs et quantitatifs d’exploitation du trafic ferroviaire. Ainsi, il ne résulte pas de l’instruction qu’il existerait une solution alternative satisfaisante s’agissant du positionnement du terminus partiel de Castelnau-d’Estrétefonds. 
 
43. Il résulte de ce qui a été dit aux points 38 à 42 que les requérants ne sont pas fondés à soutenir qu’il existerait une solution alternative satisfaisante au sens de l’article L. 411-2 du code de l’environnement.  
 
 
 
Quant au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle : 
 
44. Pour déterminer si une dérogation peut être accordée sur le fondement du 4° du I de l’article L. 411-2 du code de l’environnement, il appartient à l’autorité administrative, sous le contrôle du juge, de porter une appréciation qui prenne en compte l’ensemble des aspects mentionnés au point 36, parmi lesquels figurent les atteintes que le projet est susceptible de porter aux espèces protégées, compte tenu, notamment, des mesures d’évitement, réduction et compensation proposées par le pétitionnaire et de l’état de conservation des espèces concernées. Pour apprécier si le projet ne nuit pas au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle, il appartient à l’autorité administrative, sous le contrôle du juge, de déterminer, dans un premier temps, l’état de conservation des populations des espèces concernées et, dans un deuxième temps, les impacts géographiques et démographiques que les dérogations envisagées sont susceptibles de produire sur celui-ci.  
 
45. La demande de dérogation « espèces protégées » présentée par la société SNCF Réseau concerne soixante-treize espèces, notamment la rousserolle turdoïde (oiseau), le gomphe de Graslin (insecte), le crapaud épineux, le triton palmé, le pélodyte ponctué (amphibiens), la barbastelle d’Europe (chiroptère) et le campagnol amphibie (mammifère).  
 
46. Il résulte de l’instruction que le canal latéral à la Garonne, réservoir de biodiversité situé dans l’aire d’étude rapprochée du projet, est bordé de haies artificielles et naturelles, d’arbres, de fourrés et de bandes enherbées, qui constituent à la fois des habitats mais également des voies de circulation pour certaines espèces protégées. A cet égard, la rousserolle turdoïde a été observée en halte migratoire dans la végétation mésohygrophile du canal. Elle bénéficie d’une protection d’intérêt national par l’arrêté du 29 octobre 2009 fixant la liste des oiseaux protégés sur l'ensemble du territoire et les modalités de leur protection et son statut de conservation a été classé en catégorie « Vulnérable » sur la liste rouge nationale des espèces menacées en France ainsi que sur la liste rouge des oiseaux nicheurs de la région Occitanie. Il résulte de l’instruction que l’enjeu pour l’habitat de cette espèce a été identifié comme « moyen », dans la mesure où plusieurs types d’habitats favorables à la rousserolle turdoïde ont été repérés au sein de l’aire d’étude. Pour les raisons évoquées au point 39, l’utilisation des voies de fret existantes d’Arterris proposée par les requérants ne saurait, en tout état de cause, valablement constituer une mesure d’évitement. Il ressort des cartographies annexées à l’arrêté d’autorisation environnementale litigieux que les secteurs de haies et zones rudérales favorables à la rousserolle turdoïde situés entre l’écluse de Fenouillet et le pont de la Tournelle ne seront pas affectés par les travaux. A cet égard, il ne résulte pas de l’instruction que les phragmitaies, types de roselières identifiés dans l’aire d’étude, seront affectées par la destruction prévue de 0,63 hectare d’habitats de repos migratoire durant la phase de travaux. Si les requérants soutiennent que la nidification de la rousserolle turdoïde se fait exclusivement dans des roselières à proximité immédiate des cours d’eau, il résulte de l’instruction que cette espèce n’est présente localement qu’en halte migratoire et non pour la reproduction, ce qui justifie l’absence de nichoirs artificiels pour la rousserolle turdoïde au titre de la mesure de réduction MR 17 applicable aux autres espèces d’oiseaux nicheurs. Cependant, d’autres mesures de réduction applicables à la rousserolle turdoïde sont prévues, en particulier les mesures MR 01, MR 11 et MR 18 permettant de réduire les impacts du projet sur les habitats considérés favorables à cette espèce que sont les fourrés et les zones rudérales. En outre, la mesure MC 02 vise à compenser les impacts sur les habitats de la rousserolle turdoïde avec 18,87 hectares de plantation de haies, de bosquets et de ripisylves, permettant ainsi de recréer le long du canal latéral à la Garonne les habitats favorables à cette espèce en période de migration. Ainsi, compte tenu des impacts très limités des aménagements sur la rousserolle turdoïde qui est présente seulement en halte migratoire et de l’absence d’impact sur son cycle biologique, il ne résulte pas de l’instruction que le projet serait de nature à dégrader l’état de conservation de cette espèce. 
 
47. S’agissant du gomphe de Graslin, il résulte de l’instruction qu’il est présent sur l’ensemble du linéaire du canal latéral à la Garonne, secteur particulièrement favorable à la reproduction des odonates. La protection de cette espèce, qui figure aux annexes II et IV de la directive « Habitats » et dans l’arrêté du 23 avril 2007 fixant la liste des insectes protégés sur l'ensemble du territoire et les modalités de leur protection, est d’intérêt communautaire et national. En outre, son statut de conservation a été classé en catégorie « Préoccupation mineure » sur la liste rouge nationale des espèces menacées en France et en catégorie « Quasi-menacé » sur la liste rouge des odonates d’Occitanie. Il résulte de l’instruction que l’enjeu pour l’habitat de cette espèce, considéré comme « très fort », a été ramené à « fort » au regard de l’aire d’étude du projet dans la mesure où l’espèce est présente de manière importante à l’extrémité nord du tracé au niveau de Castelnau-d’Estrétefonds, secteur non concerné par les travaux, et qu’elle est peu présente dans les secteurs du canal les plus impactés par les travaux, à savoir les berges artificialisées par la mise en place de palplanches. En effet, s’il a été observé un nombre important d’exuvies sur l’ensemble du linéaire, il a également été constaté, sans que les requérants puissent valablement opposer une incohérence sur ce point, que les secteurs où l’artificialisation des berges du canal est prévue par la mise en place de palplanches sont très peu utilisés par l’espèce d’après les observations d’exuvies et d’individus volants. Pour les mêmes raisons que celles retenues au titre des enjeux, l’impact brut du projet sur une potentielle perte d’habitat pour l’espèce a été identifié comme « faible ». Les requérants ne sont donc pas fondés à soutenir que ce niveau d’impact brut aurait été sous-évalué et aurait nécessairement entraîné un sous-dimensionnement des mesures ERC. Par ailleurs, si la mesure proposée par la société SNCF Réseau consistant à réaliser un sauvetage des gomphes de Graslin en cours d’émergence à partir de la mi-mai jusqu’à la fin des travaux de remaniement des berges du canal n’a pas été reprise par l’arrêté attaqué au titre des mesures de réduction, il résulte de l’instruction que, malgré l’absence de cette mesure, l’impact résiduel sur cette espèce demeure non significatif, eu égard notamment à sa faible présence dans le secteur des travaux et au risque lié à la manipulation de ces individus à un stade aussi fragile. En effet, la manipulation de gomphes de Graslin en cours d’émergence, en particulier lorsqu’ils sont en train de sortir de leur exuvie ou viennent d’en sortir, est particulièrement risquée pour leur survie. Par ailleurs, la mesure de réduction MR 09 tendant à la réalisation d’un débroussaillage manuel de la végétation à ras, y compris les touradons de laîche paniculée, afin de rendre le milieu non attractif lorsque les engins interviendront, vise à réduire le risque de destruction d’individus en phase de travaux tandis que la mesure de réduction MR 12 comprenant notamment l’installation de fascines d’hélophytes pré-végétalisées sur le fond du canal et la transplantation de touradons de laîche paniculée permet de créer des micro-habitats favorables à la ponte et au développement des larves du gomphe de Graslin. Eu égard à la pluralité d’habitats favorables à cette espèce, la seule circonstance que le nombre de touradons transplantés serait inférieur à l’existant ne saurait caractériser une insuffisance des mesures de réduction des impacts du projet. Ainsi, il ne résulte pas de l’instruction que le projet serait de nature à dégrader l’état de conservation du gomphe de Graslin. 
 
48. Par ailleurs, il résulte de l’instruction que le canal latéral à la Garonne offre des habitats favorables au campagnol amphibie lequel a été recensé sur le canal au niveau de Saint-Jory lors de précédents inventaires. Il bénéficie d’une protection d’intérêt national par l’arrêté du 23 avril 2007 fixant la liste des mammifères terrestres protégés sur l'ensemble du territoire et les modalités de leur protection et son statut de conservation a été classé en catégorie « Quasi-menacé » sur la liste rouge nationale des espèces menacées en France. Il résulte de l’instruction que l’enjeu contextualisé pour l’habitat de cette espèce a été identifié comme « fort », dans la mesure où l’espèce a été localisée en contexte anthropique et que l’installation de palplanches durant la phase de travaux sur les berges du canal entraîne une destruction de ses habitats de repos et de reproduction. La mesure de réduction MR 09 tendant à la réalisation d’un débroussaillage manuel de la végétation à ras, y compris les touradons de laîche paniculée, afin de rendre le milieu non attractif lorsque les engins interviendront vise à réduire le risque de destruction d’individus en phase de travaux tandis que la mesure de réduction MR 12 comprenant l’installation de fascines d’hélophytes pré-végétalisées, de fascines de laîche paniculée, la transplantation de touradons de laîche paniculée et la création de trous et de rampes d’accès pour de futurs terriers permet de créer des micro-habitats propices à la nidification de l’espèce. En outre, l’arrêté attaqué prévoit une mesure MA 01 consistant en l’accompagnement du conducteur d’engin par un écologue lors des travaux au droit des terriers identifiés et abritant des mammifères semi-aquatiques dont le campagnol amphibie. Eu égard à la pluralité d’habitats favorables à cette espèce, la seule circonstance que le nombre de touradons transplantés serait inférieur à l’existant ne saurait caractériser une insuffisance des mesures de réduction des impacts du projet. Ainsi, il ne résulte pas de l’instruction que le projet sera de nature à dégrader l’état de conservation du campagnol amphibie. 
 
49. S’agissant de la barbastelle d’Europe, il résulte de l’instruction que des gîtes arboricoles abritant cette espèce sont potentiellement présents sur l’aire d’étude, en particulier sur les bosquets de type chênaie aux alentours de l’intersection de l’Hers et du canal latéral à la Garonne. La protection de cette espèce, qui figure à l’annexe II de la directive « Habitats » et à l’arrêté du 23 avril 2007 fixant la liste des mammifères terrestres protégés sur l'ensemble du territoire et les modalités de leur protection, est d’intérêt communautaire et national. En outre, son statut de conservation a été classé en catégorie « Vulnérable » sur la liste rouge nationale des espèces menacées en France. Toutefois, les requérants se bornent à citer les observations du Conseil national pour la protection de la nature, sans apporter au soutien de leur moyen sur ce point aucune précision permettant d’en apprécier le bien-fondé.  
 
50. S’agissant des autres espèces protégées concernées par le projet, il n’est pas soutenu qu’elles ne seraient pas dans un état de conservation favorable. Par ailleurs, les requérants ne peuvent utilement contester les impacts du projet sur l’anguille d’Europe et l’araignée Dolomedes Plantarius, celles-ci ne bénéficiant pas du statut d’espèces protégées. Enfin, s’ils soutiennent qu’en raison des insuffisances de l’étude d’impact et notamment des inventaires menés, il n’est pas possible de connaître précisément le nombre, le type d’espèces et d’habitats protégés dont il faudrait assurer la compensation, il ressort de ce qui a été dit précédemment concernant le contenu de l’étude d’impact que de telles insuffisances ne sont pas avérées.  
 
51. S’agissant des mesures d’évitement et de réduction, l’arrêté attaqué prévoit, au titre de la mesure de réduction MR 08, l’absence totale de travaux la nuit entre mars et fin octobre, correspondant à la période d’activité des chiroptères. Si un arrêté modificatif du 21 octobre 2024 a remplacé cette interdiction de travaux par une mesure de réduction des éclairages des chantiers du 1er mars au 31 octobre, les requérants ne peuvent utilement contester la légalité de ces modifications en l’absence de conclusions dirigées contre cet arrêté du 21 octobre 2024. Par ailleurs, la mesure de réduction MR 01 tendant à l’adaptation du calendrier de travaux, retenue au terme de l’analyse de l’état initial de l’environnement, prend en considération la nature des espaces concernés par les travaux, selon qu’ils sont qualifiés de très urbanisés, semi-urbains ou semi-naturels, et distingue la période favorable aux chiroptères et à l’avifaune anthropique et rupicole. Il ne résulte pas de l’instruction, et alors que les requérants se bornent à soutenir que la mesure ne détaille, espèce par espèce, ni les périodes sensibles ni les protocoles de vérification, que la mesure serait inefficace pour une ou plusieurs des espèces concernées par le projet. En outre, le projet prévoit, au nombre des mesures de réduction, la mesure MR 11 « Restauration de la continuité écologique en rive droite du Canal latéral à la Garonne » consistant à maintenir une bande végétalisée d’un mètre de large entre le canal et le chemin de contre-halage et à prévoir, par alternance, des plantations de ripisylve et de milieu herbacé sur cette bande. Contrairement à ce qui est soutenu, une telle mesure constitue une mesure de réduction des impacts du projet sur la fonction de corridor écologique du canal latéral à la Garonne. Par ailleurs, la circonstance alléguée selon laquelle certaines mesures d’évitement, au demeurant non précisées, ne relèveraient que d’optimisations mineures du projet ou de bonnes pratiques de chantier ne saurait caractériser une insuffisance de ces mesures à éviter des impacts sur la conservation des espèces concernées. Enfin, la seule circonstance que le nombre de mesures de compensation serait plus important que le nombre de mesures d’évitement et de réduction ne saurait établir que les aspects « éviter » et « réduire » de la séquence ERC auraient été insuffisamment étudiés. 
 
52. S’agissant des mesures de compensation, celles-ci prennent en compte les effets négatifs du projet sur les espèces protégées concernées et, le cas échéant, sur leurs habitats et les fonctionnalités des milieux affectés. Ainsi, contrairement à ce qui est soutenu, la plantation de 18,87 hectares de haies, bosquets et ripisylves, prévue au titre de la mesure de compensation MC 02, vise notamment à rétablir la fonctionnalité de corridor écologique des berges du canal latéral à la Garonne en créant des espaces favorables au transit, à l’alimentation et à la nidification de plusieurs espèces. En outre, les impacts du projet sur le pélodyte ponctué ont été qualifiés de nuls dès lors qu’il a été localisé au niveau des gravières de Saint-Caprais, en dehors des emprises du projet. Par ailleurs, il ne résulte pas de l’instruction que le bassin de rétention de Fenouillet, ayant vocation à être détruit, serait une zone de reproduction pour le crapaud épineux et le triton palmé dès lors qu’aucune de ces espèces n’a été recensée dans cette zone. En tout état de cause, il ne résulte pas de l’instruction que les habitats de ces deux espèces n’auraient pas fait l’objet de mesures ERC suffisantes pour permettre leur maintien dans un état de conservation favorable.  
 
53. Il résulte de ce qui précède que les requérants ne sont pas fondés à soutenir que le projet, compte tenu, notamment, des mesures d’évitement, réduction et compensation proposées par le pétitionnaire et reprises par l’arrêté attaqué, nuirait au maintien, dans un état de conservation favorable, des populations des espèces concernées dans leur aire de répartition naturelle. 
 
S’agissant de l’autorisation délivrée par le préfet au titre de la police de l’eau sur le fondement de l’article L. 214-3 du code de l’environnement : 
 
54. Aux termes de l’article L. 181-3 du code de l’environnement : « I. - L'autorisation environnementale ne peut être accordée que si les mesures qu'elle comporte assurent la prévention des dangers ou inconvénients pour les intérêts mentionnés aux articles L. 211-1 (…) du code de l'environnement (…) ». Aux termes de l’article L. 211-1 du même code : « I.- Les dispositions des chapitres Ier à VII du présent titre ont pour objet une gestion équilibrée et durable de la ressource en eau ; cette gestion prend en compte les adaptations nécessaires au changement climatique et vise à assurer : / 1° La prévention des inondations et la préservation des écosystèmes aquatiques, des sites et des zones humides ; on entend par zone humide les terrains, exploités ou non, habituellement inondés ou gorgés d'eau douce, salée ou saumâtre de façon permanente ou temporaire, ou dont la végétation, quand elle existe, y est dominée par des plantes hygrophiles pendant au moins une partie de l'année ; / 2° La protection des eaux et la lutte contre toute pollution par déversements, écoulements, rejets, dépôts directs ou indirects de matières de toute nature et plus généralement par tout fait susceptible de provoquer ou d'accroître la dégradation des eaux en modifiant leurs caractéristiques physiques, chimiques, biologiques ou bactériologiques, qu'il s'agisse des eaux superficielles, souterraines ou des eaux de la mer dans la limite des eaux territoriales ; (…) / II.- La gestion équilibrée doit permettre en priorité de satisfaire les exigences de la santé, de la salubrité publique, de la sécurité civile et de l'alimentation en eau potable de la population. Elle doit également permettre de satisfaire ou concilier, lors des différents usages, activités ou travaux, les exigences : / 1° De la vie biologique du milieu récepteur, et spécialement de la faune piscicole et conchylicole ; / 2° De la conservation et du libre écoulement des eaux et de la protection contre les inondations ; (…) ». Aux termes de l’article L. 214-3 du même code : « I.- Sont soumis à autorisation de l'autorité administrative les installations, ouvrages, travaux et activités susceptibles de présenter des dangers pour la santé et la sécurité publique, de nuire au libre écoulement des eaux, de réduire la ressource en eau, d'accroître notablement le risque d'inondation, de porter gravement atteinte à la qualité ou à la diversité du milieu aquatique, notamment aux peuplements piscicoles. / Cette autorisation est l'autorisation environnementale régie par les dispositions du chapitre unique du titre VIII du livre Ier, sans préjudice de l'application des dispositions du présent titre. (…) ». Aux termes de l’article L. 163-1 du même code : « I. - Les mesures de compensation des atteintes à la biodiversité sont les mesures prévues au 2° du II de l'article L. 110-1 et rendues obligatoires par un texte législatif ou réglementaire pour compenser, dans le respect de leur équivalence écologique, les atteintes prévues ou prévisibles à la biodiversité occasionnées par la réalisation d'un projet de travaux ou d'ouvrage ou par la réalisation d'activités ou l'exécution d'un plan, d'un schéma, d'un programme ou d'un autre document de planification. / Les mesures de compensation des atteintes à la biodiversité visent un objectif d'absence de perte nette, voire de gain de biodiversité. Elles doivent se traduire par une obligation de résultats et être effectives pendant toute la durée des atteintes. Elles ne peuvent pas se substituer aux mesures d'évitement et de réduction. Si les atteintes liées au projet ne peuvent être ni évitées, ni réduites, ni compensées de façon satisfaisante, celui-ci n'est pas autorisé en l'état. (…) ».  
 
Quant aux zones humides : 
 
55. Il ressort du dossier de demande d’autorisation au titre de la loi sur l’eau qu’au terme de prospections et d’inventaires réalisés en 2015, 2021 et 2022, 2 245 hectares de zones humides surfaciques ont été recensés au sein de l’aire d’étude élargie du projet, essentiellement présents sur les berges du canal latéral à la Garonne. Des mesures d’évitement, principalement la modification du tracé des voies, ont permis de réduire les zones humides affectées par le projet à 0,57 hectare. Les requérants n’apportent aucun élément permettant de remettre en cause tant les surfaces de zones humides recensées que les surfaces sur lesquelles le projet a un impact. En outre, contrairement à ce qui est soutenu, des mesures d’évitement et de réduction des impacts du projet sur les zones humides ont été prévues qui, bien que n’étant pas spécifiques aux zones humides, elles tendent à l’adaptation du calendrier de travaux, à la mise en défens des zones écologiquement sensibles telles que les berges du canal et leur végétation, à la réalisation d’aménagements des berges favorables à la faune aquatique et semi aquatique et permettent ainsi de réduire les impacts du projet sur ces zones. Ces mesures s’accompagnent également d’un suivi écologique du chantier. Par ailleurs, ainsi qu’il ressort de l’article 16 de l’arrêté en litige, la mesure imposée à la société SNCF Réseau en vue de compenser la destruction définitive de 0,57 hectare de zone humide consiste à créer une nouvelle zone humide sur la commune de Gagnac-sur-Garonne, à proximité immédiate de la Garonne, d’une surface minimale de 0,855 hectare. Cette opération va nécessiter le retrait des déchets présents sur le site, un débroussaillage ainsi qu’un réensemencement d’une prairie humide sur le site afin de créer des cortèges floristiques typiques des zones humides et d’attirer la faune, un décaissement avec un pic central de 3,50 mètres de profondeur afin de recréer une connexion avec la nappe souterraine et le réaménagement d’une retenue d’eau existante. Il ressort du dossier de demande d’autorisation que la méthode d’évaluation des fonctionnalités des zones humides mise en place par l’Office français de la biodiversité a été appliquée pour évaluer les fonctions des zones humides détruites et celles de la zone humide créée au titre des mesures de compensation. Il ne résulte pas de l’instruction que cette méthodologie et les résultats obtenus ne seraient pas pertinents. Les requérants ne les contestent d’ailleurs pas sérieusement en se prévalant de la norme NF X10-900 AFNOR qui définit la méthodologie de conduite d'un projet de génie écologique dès lors qu’il n’est pas même allégué que l’application de cette norme AFNOR aboutirait à des évaluations des fonctionnalités des zones humides différentes de celles résultant de la méthodologie appliquée par la société pétitionnaire. A cet égard, les fonctionnalités des zones humides détruites sont considérées comme globalement dégradées au niveau biogéochimique et hydrologique et moyennes au niveau écologique. L’étude de ces fonctionnalités hydrologiques, biogéochimiques et écologiques et leur comparaison avec celles attendues du site de compensation a permis de conclure non seulement à la possibilité de recréer une zone humide sur ce site eu égard à ses caractéristiques et aux mesures mises en œuvre mais également à des fonctionnalités mieux assurées que celles des zones humides détruites. Ainsi, les requérants ne sont pas fondés à soutenir que le ratio compensatoire de 1,5 aurait été appliqué sans s’assurer d’une équivalence de fonctionnalités entre les zones humides détruites et le site de compensation. En outre, contrairement à ce qui est soutenu, la création de cette nouvelle zone humide s’opère par une reconnexion à la nappe souterraine grâce au décaissement prévu et non par l’ennoiement du site lors de crues. Dans ces conditions, les requérants ne sont pas fondés à soutenir que le projet porterait atteinte à la préservation des zones humides.  
 
Quant aux eaux souterraines : 
 
56. Il résulte de l’instruction que le projet des AFNT nécessite, sur des secteurs identifiés du canal latéral à la Garonne, un réaménagement des berges du côté est du canal sur un linéaire cumulé d’environ 4,7 kilomètres. Ce réaménagement des berges consiste en une pose de palplanches métalliques, d’une part, pour élargir et stabiliser ces berges lorsque les emprises des voies ferroviaires nouvelles le nécessitent et, d’autre part, pour permettre la circulation des engins de travaux sur le chemin de contre-halage. Il ressort du dossier de demande que chaque palplanche aura une hauteur de 3 mètres à 5,5 mètres, entre le haut de la palplanche calée à la cote du chemin de contre-halage et le bas de la palplanche immergée dans le canal, avec une hauteur minimale de 0,50 centimètre entre le haut de la palplanche et le miroir d’eau du canal. Le fond du canal est situé à 114,8 mètres NGF, soit un peu plus de 2 mètres au-dessus de la nappe phréatique alluviale de la Garonne, elle-même située entre 2 et 4 mètres sous le fond du canal, selon les tronçons. Il est indiqué à la page 200 de la pièce C du dossier de demande qu’au vu de la hauteur maximale des palplanches, soit 5,5 mètres, ces dernières seront situées au-dessus du niveau de la nappe et n’auront pas d’impact sur son écoulement. En outre, il est également indiqué en page 125 que, dans l’éventualité où les palplanches entreraient en contact avec la nappe souterraine, ce qui ne pourrait survenir que « de manière très ponctuelle », elles n’affecteraient pas son écoulement. Ainsi, il ne résulte pas de l’instruction que les palplanches feraient obstacle au libre écoulement de ces eaux souterraines et créeraient un effet de digue souterraine, comme le soutiennent les requérants. Ainsi, en l’absence d’impact avéré sur l’écoulement de la nappe souterraine, les palplanches ne sauraient davantage avoir d’impact sur la concentration des polluants contenus dans cette nappe. Enfin, il ne résulte pas de l’instruction que des mesures ERC étaient nécessaires pour assurer la préservation de cette nappe souterraine. Dans ces conditions, les requérants ne sont pas fondés à soutenir que le projet porterait atteinte au libre écoulement et à la qualité des eaux souterraines. 
  
Quant à la ressource en eau potable : 
 
57. Il résulte de l’instruction que la zone de raccordement de la future LGV Bordeaux-Toulouse est située dans les périmètres de protection rapprochée et éloignée de la prise d’eau potable de Saint-Jory dans le canal latéral à la Garonne et des captages en gravières de Capy et Lagarde. Par ailleurs, si les requérants soutiennent que le passage de la future LGV en surplomb de la prise d’eau dans le canal latéral à la Garonne, via un futur saut-de-mouton, présente des risques importants de pollution de l’eau par des nanoparticules lors du freinage, ces impacts liés à l’exploitation de la future ligne n’avaient pas à être analysés dans le cadre du projet des AFNT, distinct de celui de la LGV Bordeaux-Toulouse. Par ailleurs, si les gravières de Capy et Lagarde sont alimentées par la nappe phréatique alluviale de la Garonne, il résulte de ce qui a été dit précédemment que la mise en place de palplanches n’aura pas d’impact sur l’écoulement de cette nappe et donc sur l’alimentation en eau potable de ces gravières. En outre, le dossier de demande comporte une analyse des incidences du projet sur les eaux souterraines indiquant que la qualité de la nappe alluviale peut être altérée au cours de la phase de travaux ainsi qu’une présentation de mesures génériques pour la préservation de la qualité des eaux souterraines, notamment l’usage de kits de dépollution, et de mesures spécifiques pour la préservation de la ressource en eau potable. A supposer même que la pose de palplanches ait un impact sur la qualité de la nappe, il ne résulte pas de l’instruction que les mesures ainsi prévues ne seraient pas suffisantes pour permettre la préservation de la qualité de cette nappe et donc de la ressource en eau potable. Enfin, contrairement à ce qui est soutenu, le dossier de demande comporte, dans sa pièce E, une analyse des incidences sur les prises d’eau potable du défrichement d’une surface de 1,92 hectare du boisement situé au niveau du triangle de l’Hers à Saint-Jory. En effet, le défrichement opéré en vue de l’installation des nouvelles infrastructures ferroviaires va entraîner, dans le périmètre de protection des captages des gravières de Capy et Lagarde et de la prise d’eau dans le canal latéral à la Garonne, une imperméabilisation des sols et une augmentation de la surface de ruissellement des eaux, lesquelles ne pourront être infiltrées ou rejetées dans le canal du fait de la présence de ces zones sensibles de captation d’eau potable. Il est ainsi prévu, au titre des mesures ERC, que les eaux présentes au droit du boisement défriché seront collectées gravitairement par un bassin de rétention de 7 200 m3 avant d’être rejetées dans l’Hers-Mort, en aval des captages. En tout état de cause, ces éléments ont été modifiés par l’arrêté non contesté du 3 avril 2025 lequel prévoit la réduction de la surface de défrichement à 0,42 hectare ainsi que la suppression du bassin de rétention et son remplacement par deux nouveaux bassins pluviaux, situés en dehors du triangle boisé. Dans ces conditions, les requérants ne sont pas fondés à soutenir que le projet ne permettrait pas une gestion équilibrée et durable de la ressource en eau potable. 
 
Quant aux eaux superficielles : 
 
58. Il ressort du dossier de demande que les fonctionnalités écologiques de la végétation rivulaire présente sur les berges du canal latéral à la Garonne ont été analysées et prises en compte, en particulier dans le traitement des zones humides. A cet égard, la mesure de réduction MR 11 « Restauration de la continuité écologique en rive droite du Canal latéral à la Garonne » prévoit le maintien d’une bande végétalisée d’un mètre de large entre le canal et le chemin de contre-halage qui pourra faire l’objet d’une re-végétalisation par alternance de ripisylve et de milieu herbacé. La circonstance alléguée selon laquelle cette végétalisation ne peut contribuer à recréer de la biodiversité de manière immédiate ne saurait caractériser une inefficacité de la mesure, prise isolément ou couplée avec les autres mesures de réduction et de compensation des impacts du projet. En outre, si la mesure MR 11 indique que la plantation d’arbres de haut jet pourrait être proscrite afin de ne pas dégrader les palplanches nouvellement installées, il ne résulte pas de l’instruction qu’une telle mesure ferait obstacle à la restauration de la continuité écologique des berges du canal dans la mesure où la société pétitionnaire n’est pas tenue de reconstituer le site à l’identique et que d’autres mesures ERC ont été prévues. Par ailleurs, si les requérants soutiennent que l’impact du projet sur le volet sédimentaire du canal latéral à la Garonne doit être pris en compte au regard des orientations du schéma directeur d’aménagement et de gestion des eaux (SDAGE) Adour-Garonne 2022-2027, les orientations de ce schéma, relatives à la préservation et à la gestion des sédiments, en particulier les orientations D8, D9, D18 et D19, concernent les sédiments des cours d’eau. Or, il résulte de l’instruction, et n’est d’ailleurs pas contesté, que le canal latéral à la Garonne, identifié comme une masse d’eau artificielle, ne constitue pas un cours d’eau au sens et pour l’application de ces orientations. Si l’élargissement des berges du canal à certains endroits en vue du passage des futures infrastructures ferroviaires entraîne le rétrécissement de la largeur du canal, il résulte de l’instruction que ce rétrécissement n’aura aucun impact sur le débit du canal, lequel est régulé artificiellement. Enfin, il résulte des points 39 à 42 que les requérants ne sont pas fondés à soutenir que des alternatives satisfaisantes au projet permettraient d’éviter la destruction de la mare située au niveau de la halte de Fenouillet. Dans ces conditions, les requérants ne sont pas fondés à soutenir que le projet ne permettrait pas d’assurer la préservation des eaux superficielles. 
 
Quant à la faune piscicole : 
 
59. L’anguille d’Europe n’a pas été observée lors des inventaires de terrain mais est considérée comme présente dans le canal latéral à la Garonne compte tenu des habitats disponibles, de la bibliographie et des connaissances de l’écologie de cette espèce. L’enjeu pour cette espèce est considéré comme majeur car elle utilise les cours d’eau et le canal latéral à la Garonne pour des besoins d’alimentation et de reproduction. A cet égard, le dossier de demande indique que les habitats rivulaires favorables à l’espèce affectés par le projet servent en particulier à l’alimentation et au repos ponctuel des individus grandissant. Si aucune mesure ERC spécifique à l’anguille d’Europe n’est prévue, les mesures de réduction MR 11 « Restauration de la continuité écologique en rive droite du Canal latéral à la Garonne » et MR 12 « Aménagements favorables à la faune aquatique et semi-aquatique » permettent de recréer des milieux favorables à l’espèce. Par ailleurs, il ressort du dossier de demande que les impacts bruts de l’opération en phase d’exploitation sur les poissons ont été regardés comme non significatifs. Ainsi, les requérants ne sont pas fondés à soutenir que les impacts permanents de la destruction de la végétation rivulaire et de la mise en place de palplanches sur l’anguille d’Europe n’auraient pas été analysés. Dans ces conditions, les requérants ne sont pas fondés à soutenir que le projet porterait atteinte à cette espèce piscicole. 
 
60. Il résulte de ce qui précède que les requérants ne sont pas fondés à soutenir que le projet litigieux porterait atteinte aux intérêts mentionnés à l’article L. 211-1 du code de l’environnement. 
 
S’agissant du moyen tiré de la méconnaissance de l’article L. 350-3 du code de l’environnement : 
 
61. Aux termes de l’article L. 350-3 du code de l’environnement : « Les allées d'arbres et alignements d'arbres qui bordent les voies ouvertes à la circulation publique constituent un patrimoine culturel et une source d'aménités, en plus de leur rôle pour la préservation de la biodiversité et, à ce titre, font l'objet d'une protection spécifique. Ils sont protégés, appelant ainsi une conservation, à savoir leur maintien et leur renouvellement, et une mise en valeur spécifiques. / Le fait d'abattre ou de porter atteinte à un arbre ou de compromettre la conservation ou de modifier radicalement l'aspect d'un ou de plusieurs arbres d'une allée ou d'un alignement d'arbres est interdit. / Toutefois, lorsqu'il est démontré que l'état sanitaire ou mécanique du ou des arbres présente un danger pour la sécurité des personnes ou des biens ou un risque sanitaire pour les autres arbres ou que l'esthétique de la composition ne peut plus être assurée et que la préservation de la biodiversité peut être obtenue par d'autres mesures, les opérations mentionnées au deuxième alinéa sont subordonnées au dépôt d'une déclaration préalable auprès du représentant de l'Etat dans le département. Ce dernier informe sans délai de ce dépôt le maire de la commune où se situe l'alignement d'arbres concerné. / Par ailleurs, le représentant de l'Etat dans le département peut autoriser lesdites opérations lorsque cela est nécessaire pour les besoins de projets de travaux, d'ouvrages ou d'aménagements. Le représentant de l'Etat dans le département informe sans délai le maire de la commune où se situe l'alignement d'arbres concerné du dépôt d'une demande d'autorisation. Il l'informe également sans délai de ses conclusions. (…) ».  
 
62. L’arrêté en litige autorise l’abattage de quatorze arbres d’alignement sur le fondement de l’article L. 350-3 du code de l’environnement, au niveau des haltes de Lacourtensourt et de la Lalande-l’Eglise. En outre, il ressort de la pièce D figurant au sein du dossier de demande d’autorisation ainsi que de l’annexe cartographique à cette pièce, que le projet prévoit également l’abattage d’arbres le long du canal latéral de la Garonne entre les écluses de Saint-Jory et de Lespinasse, lesquels n’ont toutefois pas été identifiés en tant qu’alignements d’arbres. Il résulte de l’instruction, en particulier des photographies produites ainsi que du rapport de contrôle effectué par les services préfectoraux le 4 novembre 2024, qu’à l’exception de six arbres situés au nord de l’écluse de Saint-Jory et identifiés comme relevant d’un alignement d’arbres au sens de l’article L. 350-3 du code de l’environnement par l’arrêté modificatif du 8 novembre 2024, les arbres dont l’abattage est projeté sont espacés de manière irrégulière et ne forment pas une séquence paysagère donnant une perception d’alignement. Dans ces conditions, ils ne peuvent être regardés comme constituant un alignement d’arbres protégés par les dispositions de l’article L. 350-3 du code de l’environnement. Par suite, les requérants ne sont pas fondés à soutenir que l’arrêté attaqué serait entaché d’illégalité en tant qu’il ne comporte pas d’autorisation d’abattage de ces arbres au titre de l’article L. 350-3 de l’environnement.  
 
S’agissant de la fraude alléguée : 
 
63. Si les requérants soutiennent que l’autorisation environnementale litigieuse a été obtenue par fraude, le pétitionnaire ayant selon eux tenté de dissimuler l’alignement d’arbres considéré, il ressort de ce qui a été dit précédemment que l’abattage de ces arbres était mentionné dans le dossier de demande d’autorisation déposé le 20 février 2023 au sein duquel figuraient également des photographies et cartographies permettant d’apprécier l’état et la configuration des lieux. Par ailleurs, il ne résulte pas de l’instruction que les éléments du dossier de demande d’autorisation, notamment cartographiques, relatifs à la rousserole turdoïde et aux schémas d’aménagements ferroviaires seraient illisibles et erronés. Dans ces conditions, les requérants ne démontrent pas l’existence de manœuvres frauduleuses de la part de la société pétitionnaire visant à induire volontairement en erreur l’autorité administrative. Par suite, le moyen tiré de ce que l’arrêté attaqué serait entaché de fraude doit être écarté. 
 
64. Il résulte de tout ce qui précède, sans qu’il soit besoin de se prononcer sur les autres fins de non-recevoir opposées en défense, que les conclusions de la requête tendant à l’annulation de l’arrêté du 9 février 2024 et de la décision implicite de rejet de leur recours gracieux doivent être rejetées. 
 
Sur les frais liés au litige : 
 
65. Les dispositions de l’article L. 761-1 du code de justice administrative font obstacle à ce que soit mise à la charge de l’Etat et de la société SNCF Réseau, qui ne sont pas les parties perdantes dans la présente instance, la somme demandée par les requérants au titre des frais exposés et non compris dans les dépens. Il y a lieu, en revanche, de faire application de ces dispositions et de mettre à la charge de l’association Les Amis de la Terre Midi-Pyrénées et autres solidairement une somme de 3 000 euros au titre des frais exposés par la société SNCF Réseau et non compris dans les dépens. 
 
 
 
D E C I D E : 
 
Article 1er : La requête de l’association Les Amis de la Terre Midi-Pyrénées et autres est rejetée.  
 
Article 2 : L’association Les Amis de la Terre Midi-Pyrénées et autres verseront solidairement à la société SNCF Réseau une somme de 3 000 euros (trois mille euros) au titre de l’article L. 761-1 du code de justice administrative. 
 
Article 3 : Le présent jugement sera notifié, en application de l’article R. 751-3 du code de justice administrative, à l’association Les Amis de la Terre Midi-Pyrénées représentante désignée, pour l’ensemble des requérants, à la ministre de la transition écologique, de la biodiversité et des négociations internationales sur le climat et la nature et à la société SNCF Réseau. 
 
Copie en sera adressée au préfet de la Haute-Garonne.  
 
 
Délibéré après l’audience du 15 décembre 2025 à laquelle siégeaient : 
 
Mme Billet-Ydier, présidente, 
M. Grimaud, président, 
Mme Meunier-Garner, présidente, 
Mme Michel, première conseillère, 
Mme Bouisset, première conseillère. 
 
Rendu public par mise à disposition au greffe le 29 décembre 2025. 
 
 
La rapporteure, 
 
L. MICHEL 
La présidente du tribunal, 
 
F. BILLET-YDIER 
 
La greffière, 
M. B... 
 
 
La République mande et ordonne à la ministre de la transition écologique, de la biodiversité et des négociations internationales sur le climat et la nature, en ce qui la concerne ou à tous commissaires de justice à ce requis en ce qui concerne les voies de droit commun contre les parties privées, de pourvoir à l’exécution de la présente décision. 
 
Pour expédition conforme : 
La greffière en chef,