TA67 · 3ème chambre — 30 avril 2026

Vu la procédure suivante : 
 
Par une requête enregistrée le 28 mai 2024, la société Benephyt, représentée par Me Thomas, demande au tribunal : 
 
de condamner l’Etat à lui verser la somme de 340 604 euros avec intérêts de droit en réparation des préjudices subis résultant du refus de restitution du crédit d’impôt recherche au titre de l’année 2021 ; 
 
de mettre à la charge de l’Etat la somme de 5 000 euros au titre de l'article L.761-1 du code de justice administrative. 
 
 
Elle soutient que : 
- l’administration a commis une faute de nature à engager la responsabilité de l’Etat, tirée de l’application erronée des dispositions du II de l’article 244 quater B du code général des impôt en considérant que l’effectif du personnel de recherche en 2020 était supérieur à celui de l’année 2021 entraînant ainsi l’absence de prise en compte de la rémunération de jeunes docteurs pour le double de son montant au titre de l’année 2021 ;  
- elle est fondée à solliciter la réparation de ses préjudices à hauteur de 340 604 euros ;  
- ces préjudices constituent des préjudices directs et certains au sens de l’interprétation administrative publiée sous la référence BOI-CTX-RDI-30.  
 
Par un mémoire en défense, enregistré le 18 avril 2025, la ministre chargée des comptes publics conclut au rejet de la requête. 
  
La ministre chargée des comptes publics fait valoir que les moyens de la requête sont infondés. 
 
 
 
Vu les autres pièces du dossier.  
 
Vu :  
- le code général des impôts et le livre des procédures fiscales ;  
- le code de justice administrative. 
 
 
Les parties ont été régulièrement averties du jour de l’audience. 
 
Ont été entendus au cours de l’audience publique : 
- le rapport de Mme Sarah Fuchs Uhl, rapporteure,  
- et les conclusions de M. Laurent Guth, rapporteur public.  
 
 
Considérant ce qui suit : 
 
La société Benephyt, dont l’activité est la recherche et le développement en sciences physiques et naturelles, a sollicité la restitution du crédit d’impôt recherche au titre des années 2021 et 2022. Par des décisions du 28 janvier 2022 et 2 février 2023, l’administration a partiellement rejeté sa demande. Prenant acte de la méthode de calcul appliquée à la demande de crédit d’impôt recherche au titre de l’année 2022, la société a demandé un réexamen de la demande présentée au titre de l’année 2021 par une réclamation du 9 octobre 2023. Par une décision du 8 décembre 2023, l’administration fiscale a fait droit à cette demande. Par une réclamation préalable indemnitaire du 1er mars 2024, la société a demandé l’indemnisation du préjudice qu’elle estime avoir subi, laquelle a été implicitement rejetée. Par la présente requête, la société Benephyt demande au tribunal de condamner l’Etat à lui verser la somme de 340 604 euros en réparation des préjudices qu’elle estime avoir subis du fait de la restitution tardive du montant du crédit d’impôt recherche sollicité au titre de l’année 2021 et des informations erronées transmises.  
 
Une faute commise par l'administration lors de l'exécution d'opérations se rattachant aux procédures d'établissement et de recouvrement de l'impôt est de nature à engager la responsabilité de l'Etat à l'égard du contribuable ou de toute autre personne si elle leur a directement causé un préjudice. Un tel préjudice, qui ne saurait résulter du seul paiement de l'impôt, peut être constitué des conséquences matérielles des décisions prises par l'administration et, le cas échéant, des troubles dans ses conditions d'existence dont le contribuable justifie. Le préjudice invoqué ne trouve pas sa cause directe et certaine dans la faute de l'administration si celle‑ci établit soit qu'elle aurait pris la même décision d'imposition si elle avait respecté les formalités prescrites ou fait reposer son appréciation sur des éléments qu'elle avait omis de prendre en compte, soit qu'une autre base légale que celle initialement retenue justifie l'imposition. Enfin, l'administration peut invoquer le fait du contribuable ou, s'il n'est pas le contribuable, du demandeur d'indemnité comme cause d'atténuation ou d'exonération de sa responsabilité. 
 
En premier lieu, la société Benephyt se prévaut de la faute commise par l’administration fiscale dans l’application de la législation fiscale dès lors qu’à l’appui de sa décision de rejet partiel du 30 mars 2022, elle n’a pas fait application de la méthode de calcul de la variation d’effectif du personnel de recherche salariée telle que prévue par l’interprétation administrative du BOI-BIC-RICI-10-10-20-20 publiée le 5 décembre 2018. Dans sa décision refusant la restitution du crédit d’impôt recherche au titre de l’année 2021, l’administration fiscale a laissé entendre que le calcul de la variation d’effectif procédait d’une seule comptabilisation des salariés en nombre durant l’année sans qu’il soit nécessaire d’entrer dans le détail de la présence des salariés mois par mois. Toutefois, la seule circonstance que l’administration fiscale n’ait pas cité l’interprétation administrative est sans incidence dès lors qu’elle n’est pas tenue d’en faire mention. En outre, la société Benephyt ne démontre pas que par sa seule motivation, ce courrier l’aurait induite en erreur s’agissant des années futures alors qu’une telle décision, qui au demeurant n’a pas été contestée devant le juge de l’impôt, ne constitue pas une prise de position formelle. Par suite, la société requérante n’est pas fondée à soutenir que l’administration fiscale aurait commis une faute de nature à engager sa responsabilité.  
  
En second lieu, la société Benephyt soutient que l’administration fiscale a engagé sa responsabilité en ne lui remboursant un montant de 56 509 euros correspondant au crédit d’impôt recherche au titre de l’année 2021 qu’à l’issue d’une demande de réexamen de sa situation ayant abouti à une décision favorable du 8 décembre 2023, soit plus de dix-huit mois après la précédente décision de rejet. Toutefois, il résulte de l’instruction, d’une part, que l’usage par l’administration fiscale du pouvoir de dégrèvement que lui confèrent les dispositions de l’article R. 211-1 du livre des procédures fiscales n’établit pas à lui seul l’existence d’une faute commise dans l’établissement ou le recouvrement de l’impôt. D’autre part, il résulte également de l’instruction que la société Benephyt a commis une erreur déclarative dans sa déclaration sociale nominative au titre de l’année 2020, faisant apparaître une des salariées comme ayant été employée jusqu’au 31 octobre 2020 et non jusqu’au 31 mai 2020. Cette erreur de saisie sur la déclaration sociale nominative, qui a eu des incidence sur la variation de l’effectif entre les années 2020 et 2021, a ainsi fondé la décision de refus initiale. Ce n’est qu’après avoir justifié de la fin de contrat de cette salariée au 31 mai 2020 que l’administration fiscale a été mise en mesure de remédier à son erreur et a ainsi pu procéder aux nouveaux calculs. Par ailleurs, le délai écoulé entre la demande de réexamen de la demande de restitution du crédit d’impôt introduite le 9 octobre 2023 et la décision d’acceptation du 8 décembre 2023 ne peut être regardé comme anormalement long. Il résulte de ces éléments que la négligence déclarative de la société Benephyt est de nature, dans les circonstances de l’espèce, à exonérer en totalité l’administration de sa responsabilité. 
  
La société Benephyt n’est, en tout état de cause, pas fondée à se prévaloir des interprétations administratives publiées le 4 décembre 2019 sous la référence BOI-CTX-RDI-30 n°160, celles-ci se bornant à rappeler le principe déjà énoncé au point 2 du présent jugement et ne contenant aucune interprétation de la loi fiscale différente de celle dont il est fait application en l’espèce. 
 
Il résulte de ce qui précède, sans qu’il soit besoin d’examiner la recevabilité du recours, que les conclusions indemnitaires de la société Benephyt doivent être rejetées, ainsi que, par voie de conséquence, ses conclusions relatives à l’application de l’article L. 761‑1 du code de justice administrative. 
 
 
D E C I D E : 
 
 
La requête de la société Benephyt est rejetée. 
 
Le présent jugement sera notifié à Société Benephyt et à la ministre chargée des comptes publics. Copie sera adressée au directeur régional des finances publiques de la région Grand Est et du département du Bas-Rhin. 
 
Délibéré après l’audience du 11 février 2026, à laquelle siégeaient : 
 
- M. Jean-Baptiste Sibileau, président de chambre, 
- M. Mohammed Bouzar, premier conseiller,  
- Mme Sarah Fuchs Uhl, conseillère.   
 
 
 
Rendu public par mise à disposition au greffe, le 30 avril 2026. 
 
 
La rapporteure, 
 
S. Fuchs Uhl 
Le président, 
 
J.-B. Sibileau 
 
 
 
Le greffier, 
 
S. Pillet 
 
La République mande et ordonne au ministre de l’économie, des finances et de la souveraineté industrielle, énergétique et numérique en ce qui le concerne ou à tous commissaires de justice à ce requis en ce qui concerne les voies de droit commun contre les parties privées, de pourvoir à l’exécution de la présente décision. 
 
Pour expédition conforme, 
Le greffier,