TA69 · Tribunal Administratif de Lyon — 22 décembre 2025

Vu la procédure suivante : 
 
Par une requête et un mémoire, enregistrés les 16 et 19 décembre 2025, la Fédération de la Loire des associations agréées de pêche et de protection du milieu aquatique, représentée par Me Rollin, demande au juge des référés :  
 
1°) d’ordonner, sur le fondement des dispositions de l’article L. 521-1 du code de justice administrative la suspension de l’exécution de l’arrêté n°DT-25-0737 du 11 décembre 2025 par lequel la préfète de la Loire a autorisé jusqu’au 31 décembre 2025, à titre dérogatoire et temporaire, pour tous les îlots situés en zone vulnérable, les épandages de fertilisants organiques azotés ; 
 
2°) de mettre à la charge de l’État la somme de 2 000 euros au titre de l’article L. 761-1 du code de justice administrative. 
 
Elle soutient que : 
- elle dispose d’un intérêt à agir, eu égard à son objet statutaire et ses missions, outre qu’elle est membre du conseil départemental de l'environnement et des risques sanitaires et technologiques ; 
- la condition d’urgence est remplie, dès lors que l’arrêté en cause vient déroger aux périodes minimales d’interdiction d’épandage des fertilisants azotés, et qu’il est de nature à augmenter les fuites de nitrates et à les porter à un niveau incompatible avec les objectifs de restauration et de préservation de la qualité des eaux ; 
- sont de nature à faire naitre un doute sérieux quant à la légalité de l’arrêté, les moyens suivants : 
* l’arrêté est entaché d’un défaut de base légale, en ce qu’il se fonde sur un arrêté du 19 juillet 2018 abrogé ; 
* le courrier du 30 octobre 2025 de demande de dérogation est insuffisant au regard de l’article 4 de l’arrêté préfectoral du 19 juillet 2024 portant Programmes d’actions régional, qui précise que la demande de dérogation doit comporter les surfaces potentiellement concernées avec leur localisation précise ainsi qu’un argumentaire détaillé ; au demeurant, la demande de dérogation ne portait que sur l’automne 2025, qui prend fin le 21 décembre, alors que l’arrêté en litige autorise la dérogation jusqu’au 31 décembre 2025 ; 
* l’arrêté est insuffisamment motivé ; 
* l’arrêté est entaché d’une erreur manifeste dans l’appréciation des cas de situation exceptionnelle retenus : la préfète de la Loire ne démontre pas qu’elle était dans l’obligation de prendre les mesures adoptées, alors que des arrêtés de dérogation sont déjà intervenus ; les éléments invoqués ne permettent pas de caractériser une situation exceptionnelle ; 
* l’arrêté est entaché d’une erreur de droit et d’une erreur manifeste d’appréciation dans la détermination des parcelles concernées par la dérogation : l’arrêté autorise une dérogation générale en zone vulnérable ; à supposer que l’article 4 du Programme d’action régional fasse écran, l’article 4 de l’arrêté méconnait les obligations imposées par le Programme d’actions national ; 
* l’arrêté est entaché d’une erreur de droit et d’une erreur manifeste d’appréciation en l’absence de toute condition préalable aux épandages ; 
* l’arrêté est entaché d’une erreur de droit et d’une erreur manifeste d’appréciation en l’absence de précisions sur les fertilisants azotés autorisés ; 
* l’arrêté est entaché d’une erreur de droit et d’une erreur manifeste d’appréciation en l’absence de précisions sur le type de culture concernée par la dérogation ; à supposer que l’article 4 du Programme d’action régional fasse écran, l’article 4 de l’arrêté méconnait les obligations imposées par le Programme d’actions national ; 
* l’arrêté est entaché d’une erreur manifeste d’appréciation dans la fixation du nombre de jours de dérogation. 
 
Par un mémoire en défense enregistré le 19 décembre 2025, la préfète de la Loire conclut au rejet de la requête. 
 
Elle fait valoir que : 
- l’arrêté, qui rappelle les textes dont il fait application et les circonstances de son édiction est suffisamment motivé ; 
- la demande de dérogation était suffisante pour comprendre la justification de la demande d’aménagement du calendrier d’épandage ; 
- la pluviométrie observée en septembre 2025 et les restrictions liées à la crise de la Dermatose et à l’existence d’un foyer d’influenza aviaire, qui ont limité les possibilités d’épandage, constituent des circonstances exceptionnelles justifiant la dérogation. 
 
 
Vu : 
- les autres pièces du dossier ; 
- la requête enregistrée sous le n° 2515781 par laquelle la Fédération requérante demande l’annulation de l’arrêté en litige. 
 
Vu : 
- la Constitution, notamment son Préambule ; 
- la directive 91/676/CEE du Conseil du 12 décembre 1991 ; 
- le code de l’environnement ; 
- le code de justice administrative. 
 
La présidente du tribunal a désigné M. Bertolo, premier conseiller, pour statuer sur les demandes de référé. 
 
Les parties ayant été régulièrement averties du jour de l'audience. 
 
Ont été entendus au cours de l’audience publique, tenue en présence de Mme Senoussi, greffière d’audience : 
 
- le rapport de M. Bertolo, juge des référés : 
- les observations de Me Rollin, représentant la Fédération requérante, qui a repris ses moyens et conclusions, après avoir rappelé le cadre juridique du litige. S’agissant de la condition d’urgence, il a précisé que les dispositions du code de l’environnement visaient à limiter la fuite de nitrates, et que l’arrêté contesté, en autorisant une dérogation sans conditions, était de nature à augmenter les fuites de nitrates et à les porter à un niveau incompatible avec les objectifs de restauration et de préservation de la qualité des eaux. Il a également précisé que l’intérêt de cet épandage n’était pas démontré, alors que la qualité des eaux dans la Loire est dégradée, que 73 des 95 captages d’eau potable dans la Loire sont situés en zone vulnérable, et qu’il existe un risque de pollution reconnu par les acteurs des filières agricoles. Il a également souligné qu’aucune évaluation n’était conduite, alors que plusieurs arrêtés de dérogation ont été pris, dont l’effet cumulé n’est pas envisagé, et que l’arrêté, contrairement aux précédents arrêtés, autorise une dérogation générale sans aucune condition ni précision. Il a par ailleurs indiqué que la prise d’arrêtés de courtes durées ne favorisait pas une contestation utile, alors qu’au demeurant seul cet arrêté a été effectivement soumis à un avis préalable du Coderst. S’agissant de la légalité de l’arrêté, il a précisé soulever un moyen nouveau, tiré de ce que l’arrêté n’a pas été soumis à une évaluation environnementale et à une consultation du public, obligations imposées par le code de l’environnement pour les projets ayant une incidence notable sur l’environnement. 
- les observations de M. C..., directeur de la Fédération requérante ; 
- les observations de M. B... et M. A..., représentant la préfète de la Loire, qui ont précisé le contexte d’édition des arrêtés, en insistant sur la pluviométrie du mois de septembre 2025 et les restrictions liées à la crise de la Dermatose et à l’existence d’un foyer d’influenza aviaire, qui ont limité les possibilités d’épandage. Ils ont indiqué que le risque de pollution était faible, eu égard aux conditions météorologiques, et compte-tenu des températures douces actuelles. Ils ont également précisé que les délais ne permettaient pas la mise en œuvre d’une évaluation environnementale préalable et que cette décision ne saurait revenir seule à la préfète de la Loire. 
 
Par une ordonnance du 19 décembre 2025, la clôture de l’instruction a été différée au 19 décembre 2025 à 18h00. 
 
Des pièces ont été enregistrées pour la préfète de la Loire le 19 décembre à 16h30. 
 
Un mémoire a été enregistré pour la Fédération de la Loire des associations agréées de pêche et de protection du milieu aquatique, représentée par Me Rollin, le 19 décembre 2025 à 17h38. 
 
Elle soutient que : 
- l’arrêté méconnait les dispositions de l’article L. 122-1 du code de l’environnement, dès lors qu’il devait être précédé d’une évaluation environnementale au regard de ses effets propres et des effets cumulés avec les précédentes dérogations ; 
- aucune consultation du public n’a été organisée, en méconnaissance de l’article 7 de la charte de l’environnement et de l’article L. 123-1-A du code de l’environnement. 
 
 
 
 
Considérant ce qui suit : 
 
 
1. Aux termes de l’article L. 521-1 du code de justice administrative : « Quand une décision administrative, même de rejet, fait l’objet d’une requête en annulation ou en réformation, le juge des référés, saisi d’une demande en ce sens, peut ordonner la suspension de l’exécution de cette décision, ou de certains de ses effets, lorsque l’urgence le justifie et qu’il est fait état d’un moyen propre à créer, en l’état de l’instruction, un doute sérieux quant à la légalité de la décision. (…) ».  
2. La Fédération de la Loire des associations agréées de pêche et de protection du milieu aquatique demande au juge des référés d’ordonner, sur le fondement des dispositions de l’article L. 521-1 du code de justice administrative, la suspension de l’exécution de l’arrêté n°DT-25-0737 du 11 décembre 2025 par lequel la préfète de la Loire a autorisé jusqu’au 31 décembre 2025, à titre dérogatoire et temporaire, pour tous les îlots situés en zone vulnérable, les épandages de fertilisants organiques azotés. 
3. D’une part, en vertu de son article premier, la directive du Conseil du 12 décembre 1991 concernant la protection des eaux contre la pollution par les nitrates à partir de sources agricoles vise à : « - réduire la pollution des eaux provoquée ou induite par les nitrates à partir de sources agricoles, / - prévenir toute nouvelle pollution de ce type ». Aux termes de l’article L. 210-1 du code de l’environnement : « L'eau fait partie du patrimoine commun de la nation. Sa protection, sa mise en valeur et le développement de la ressource utilisable, dans le respect des équilibres naturels, sont d'intérêt général. / Le respect des équilibres naturels implique la préservation et, le cas échéant, la restauration des fonctionnalités naturelles des écosystèmes aquatiques, qu'ils soient superficiels ou souterrains, dont font partie les zones humides, et des écosystèmes marins, ainsi que de leurs interactions. Ces fonctionnalités sont essentielles à la reconquête de la biodiversité, à l'adaptation au changement climatique ainsi qu'à l'atténuation de ses effets et participent à la lutte contre les pollutions. A ce titre, les écosystèmes aquatiques et les écosystèmes marins constituent des éléments essentiels du patrimoine de la Nation. (…) ». Selon les dispositions de l’article L. 211-1 du même code : « I.-Les dispositions des chapitres Ier à VII du présent titre ont pour objet une gestion équilibrée et durable de la ressource en eau ; cette gestion prend en compte les adaptations nécessaires au changement climatique et vise à assurer : (…) 2° La protection des eaux et la lutte contre toute pollution par déversements, écoulements, rejets, dépôts directs ou indirects de matières de toute nature et plus généralement par tout fait susceptible de provoquer ou d'accroître la dégradation des eaux en modifiant leurs caractéristiques physiques, chimiques, biologiques ou bactériologiques, qu'il s'agisse des eaux superficielles, souterraines ou des eaux de la mer dans la limite des eaux territoriales ; / 3° La restauration de la qualité de ces eaux et leur régénération ; (…) II.-La gestion équilibrée doit permettre en priorité de satisfaire les exigences de la santé, de la salubrité publique, de la sécurité civile et de l'alimentation en eau potable de la population. Elle doit également permettre de satisfaire ou concilier, lors des différents usages, activités ou travaux, les exigences : (…) 3° De l'agriculture, des pêches et des cultures marines, de la pêche en eau douce, de l'industrie, de la production d'énergie, en particulier pour assurer la sécurité du système électrique, des transports, du tourisme, de la protection des sites, des loisirs et des sports nautiques ainsi que de toutes autres activités humaines légalement exercées. (…) ». L’article L. 211-2 du même code prévoit que : « I. - Les règles générales de préservation de la qualité et de répartition des eaux superficielles, souterraines et des eaux de la mer dans la limite des eaux territoriales sont déterminées par décret en Conseil d'Etat. / II. - Elles fixent : (…) 3° Les conditions dans lesquelles peuvent être : / a) Interdits ou réglementés les déversements, écoulements, jets, dépôts directs ou indirects d'eau ou de matière et plus généralement tout fait susceptible d'altérer la qualité des eaux et du milieu aquatique ; (…) ». Selon l’article L. 211-3 du même code : « I. - En complément des règles générales mentionnées à l'article L. 211-2, des prescriptions nationales ou particulières à certaines parties du territoire sont fixées par décret en Conseil d'Etat afin d'assurer la protection des principes mentionnés à l'article L. 211-1. / II. - Ces décrets déterminent en particulier les conditions dans lesquelles l'autorité administrative peut : (…) 5° Délimiter, afin d'y établir un programme d'actions dans les conditions prévues au 4° du présent article : (…) 7° Encadrer, par un programme d'actions, dans les aires d'alimentation des captages associées à des points de prélèvement sensibles, au sens de l'article L. 211-11-1, les installations, travaux, activités, dépôts, ouvrages, aménagements ou occupations du sol de nature à nuire directement ou indirectement à la qualité des eaux ; / Le programme d'actions peut notamment concerner les pratiques agricoles, en limitant ou interdisant, le cas échéant, certaines occupations des sols et l'utilisation d'intrants. Il est établi dans les conditions prévues à l'article L. 114-1 du code rural et de la pêche maritime. (…) ».   
4. D’autre part, selon l’article R. 211-77 du même code : « I.-Sont désignées comme zones vulnérables toutes les zones qui alimentent les eaux atteintes par la pollution par les nitrates ou susceptibles de l'être et qui contribuent à la pollution ou à la menace de pollution. (…) ». Selon l’article R. 211-80 du même code : « I.-L'utilisation des fertilisants organiques et minéraux, naturels et de synthèse contenant des composés azotés, ci-après dénommés fertilisants azotés, ainsi que les pratiques agricoles associées font l'objet de programmes d'actions dans les zones vulnérables désignées conformément aux dispositions de l'article R. 211-77. / II.-Ces programmes comportent les mesures et actions nécessaires à une bonne maîtrise des fertilisants azotés et à une gestion adaptée des terres agricoles dans ces zones, en vue de limiter les fuites de nitrates à un niveau compatible avec les objectifs de restauration et de préservation de la qualité des eaux souterraines, des eaux douces superficielles et des eaux des estuaires, des eaux côtières et marines. (…) ». L’article R. 211-81 du même code dispose que : « I.-Les mesures du programme d'actions national comprennent : / 1° Les périodes minimales d'interdiction d'épandage des fertilisants azotés ; (…) ». L’article R. 211-81-1 du même code prévoit que : « I. – Les programmes d'actions régionaux comprennent, sur tout ou partie des zones vulnérables, les mesures prévues aux 1°, 3°, 7° et 8° du I de l'article R. 211-81, renforcées au regard des objectifs fixés au II de l'article R. 211-80, des caractéristiques et des enjeux propres à chaque zone vulnérable ou partie de zone vulnérable. (…) ». Selon l’article R. 211-81-5 du même code : « Dans les cas de situations exceptionnelles, en particulier climatiques, le représentant de l'Etat dans le département peut déroger temporairement : / 1° Aux mesures prévues aux 1°, 2°, 6° et 7° du I de l'article R. 211-81, le cas échéant renforcées par les programmes d'actions régionaux en application de l'article R. 211-81-1 ; (…) Le représentant de l'Etat dans le département arrête la dérogation après avis du conseil départemental de l'environnement et des risques sanitaires et technologiques. ».  
5. Enfin, l’arrêté du 30 janvier 2023, modifiant l'arrêté du 19 décembre 2011 relatif au programme d'actions national à mettre en œuvre dans les zones vulnérables afin de réduire la pollution des eaux par les nitrates d'origine agricole, fixe les dates d’interdiction d’épandage, par type de culture et de fertilisant azoté. L’arrêté de la préfète de la région Auvergne-Rhône-Alpes du 19 juillet 2024 relatif au programme d’actions régional en vue de la protection des eaux contre la pollution par les nitrates d’origine agricole pour la région Auvergne-Rhône-Alpes renforce en son article 2 les périodes minimales d’interdiction d’épandage des fertilisants azotés et précise en son article 4 que : « Dans le cadre des dérogations pour situations exceptionnelles, en particulier climatiques, en application de l'article R. 211-81-5 du code de l'environnement, la demande de dérogation devra être déposée, à la Préfecture du département par la Chambre d'Agriculture. Elle devra comporter les surfaces potentiellement concernées avec leur localisation précise ainsi qu'un argumentaire détaillé. / Par ailleurs, si un exploitant, compte-tenu de sa situation personnelle (cas de grêle par exemple), n'est pas en mesure de respecter les obligations relatives à la couverture des sols avant cultures de printemps, il devra prendre contact avec la DDT du département concerné pour examen de sa situation. » 
6. La condition d’urgence à laquelle est subordonné le prononcé, sur le fondement de l’article L. 521-1 du code de justice administrative, d’une mesure de suspension de l’exécution d’un acte administratif doit être regardée comme remplie lorsque l’exécution de la décision contestée préjudicie de manière suffisamment grave et immédiate à un intérêt public, à la situation du requérant ou aux intérêts qu’il entend défendre. 
7. Pour justifier d’une situation d’urgence, la Fédération requérante se prévaut de ce que l’arrêté en cause vient déroger aux périodes minimales d’interdiction d’épandage des fertilisants azotés, tels qu’elles sont définies dans le Programme d’actions national Nitrates, et qu’il est de nature à augmenter les fuites de nitrates et à les porter à un niveau incompatible avec les objectifs de restauration et de préservation de la qualité des eaux, portant atteinte aux intérêts qu’elle défend. La Fédération se prévaut également de ce que l’intérêt de cet épandage n’est pas démontré, alors que la qualité des eaux dans la Loire est dégradée, que la plupart des captages d’eau potable dans la Loire sont situés en zone vulnérable, et qu’il existe un risque de pollution reconnu par les acteurs des filières agricoles. La Fédération requérant entend enfin se prévaloir de ce qu’aucune évaluation n’est prévue, alors que plusieurs arrêtés de dérogation ont été pris, dont l’effet cumulé n’est pas envisagé, et que l’arrêté, contrairement aux précédents arrêtés, autorise une dérogation générale sans aucune condition ni précision. Toutefois, s’il est vrai que l’arrêté en litige fait suite à trois autres arrêtés de dérogation de la préfète de la Loire du 1er octobre, 31 octobre et 12 novembre 2025, il résulte de l’instruction et n’est pas sérieusement contesté par la Fédération requérante que les exploitants agricoles de la Loire n’ont pas été en capacité de procéder à l’épandage habituellement réalisé à l’automne, du fait des fortes pluviométries du mois de septembre 2025, et des interdictions d’épandage liées à l’instauration de zones réglementées  en lien avec le foyer de Dermatose nodulaire contagieuse déclaré le 18 septembre 2025 dans le Rhône, et le foyer d’Influenza aviaire hautement pathogène déclaré fin novembre 2025 dans la Loire, de sorte qu’il ne résulte pas de l’instruction que la quantité totale de fertilisants azotés à épandre dans les zones vulnérables, serait susceptible d’être supérieur aux années précédentes, et par suite d’augmenter les fuites de nitrates et de les porter à un niveau incompatible avec les objectifs de restauration et de préservation de la qualité des eaux. Par ailleurs, ni la Fédération requérante, ni la préfète de la Loire, n’ont apporté d’éléments permettant d’appréhender avec précision l’état de la qualité de l’eau dans la Loire, et les impacts éventuels de l’arrêté sur cette qualité de l’eau, en lien avec les conditions climatiques actuelles. En outre, l’arrêté en litige a été pris pour une courte durée de quinze jours, et a maintenu les interdictions habituelles destinées à éviter les risques de ruissellement ou de pollution, ainsi que les interdictions liées aux zones réglementées précédemment évoquées. Dans ces conditions, eu égard à l’ensemble de ces éléments, la condition d’urgence requise par les dispositions de l’article L. 521-1 du code de justice administrative n’apparait pas remplie. 
8. Il résulte de ce qui précède que la requête de la Fédération de la Loire des associations agréées de pêche et de protection du milieu aquatique doit être rejetée, y compris ses conclusions présentées au titre de l’article L. 761-1 du code de justice administrative. 
 
 
O R D O N N E : 
 
 
Article 1er : La requête de la Fédération de la Loire des associations agréées de pêche et de protection du milieu aquatique est rejetée. 
 
Article 2 : La présente ordonnance sera notifiée à la Fédération de la Loire des associations agréées de pêche et de protection du milieu aquatique et à la préfète de la Loire. 
 
 
 
 
Fait à Lyon, le 22 décembre 2025. 
 
 
Le juge des référés, 
 
 
 
 
C. Bertolo 
 
 
 
La République mande et ordonne à la préfète de la Loire en ce qui la concerne ou à tous commissaires de justice à ce requis en ce qui concerne les voies de droit commun contre les parties privées, de pourvoir à l’exécution de la présente décision. 
 
Pour expédition,  
Un greffier,