TA64 · CHAMBRE 1 — 26 mars 2026

Vu la procédure suivante : 
 
Par une requête et des mémoires, enregistrés le 15 décembre 2023 et les 26 février et 14 mars 2025, l’association Défense des milieux aquatiques demande au tribunal, dans le dernier état de ses écritures :  
 
1°) d’annuler la décision implicite par laquelle le préfet des Pyrénées-Atlantiques a refusé de faire droit à sa demande de révision du mode d’instruction administrative des demandes de licences de pêche professionnelle fluviale dans l’Adour pour la pêche de poissons migrateurs anadromes ;  
 
2°) d’enjoindre au préfet des Pyrénées-Atlantiques, à titre principal, de refuser toute demande de licences de pêche professionnelle fluviale des poissons migrateurs anadromes dans l'Adour, de conditionner le cas échéant tout octroi éventuel de nouvelle licence de pêche professionnelle fluviale des poissons migrateurs anadromes dans l'Adour au respect strict des objectifs de conservation de tous les sites Natura 2000 du bassin de l'Adour dotés d’objectifs de conservation des poissons migrateurs ainsi que de retirer et abroger toutes les licences de pêche professionnelle fluviale des poissons migrateurs anadromes dans l'estuaire de l'Adour en vigueur adoptées en violation des objectifs de conservation de ces sites et à titre subsidiaire, d’adopter toute mesure utile à la mise en conformité des décisions administratives de l’Etat avec l’autorité de la chose jugée dans un délai de quinze jours à compter de la notification du jugement à intervenir ;  
 
3°) de mettre à la charge de l’Etat une somme de 2 500 euros au titre de l’article L. 761-1 du code de justice administrative. 
L’association requérante soutient que :  
 
- le mémoire en défense est produit sous un format qui n’est pas conforme aux dispositions de l’article L. 300-4 du code des relations entre le public et l’administration ; 
- la décision attaquée a été prise en méconnaissance des dispositions combinées des articles L. 414-4, R. 414-19 et R. 414-23 du code de l’environnement dès lors qu’elle n’a pas été précédée d’une évaluation des incidences Natura 2000, en se limitant à l’utilisation d’un formulaire d’évaluation, alors que l’octroi de licences de pêche professionnelle fluviale, d’une part, constitue une autorisation d’occupation temporaire du domaine public fluvial et, d’autre part, est susceptible d'affecter de manière significative  les objectifs de conservation du site Natura 2000 de l'Adour, et par suite, tous les sites en amont de celui-ci   ;  
- elle est entachée d’illégalité et d’inconventionnalité, par voie d’exception, en raison de l’illégalité des dispositions du 17° de l’article R. 414-19 du code de l’environnement et de l’arrêté n° 2022-1074 des 20 et 29 juin 2022 portant approbation du cahier des charges pour l'exploitation du droit de pêche de l'Etat dans les eaux mentionnées à l'article L. 435-1 du code de l'environnement dans les Landes et les Pyrénées-Atlantiques pour la période 2023-2027.  
  
Par des mémoires en défense, enregistrés les 6 février et 13 mars 2025, le préfet des Pyrénées-Atlantiques conclut au rejet de la requête.  
 
Il fait valoir que :  
- la requête est irrecevable dès lors que la décision attaquée, qui ne fait pas grief, est insusceptible de recours, la fixation des modalités d’instructions des demandes de licences de pêche professionnelle constituant une mesure d’organisation interne au sujet de laquelle l’administration exerce un pouvoir discrétionnaire ;  
- subsidiairement, les moyens soulevés ne sont pas fondés.  
 
 
Vu les autres pièces du dossier.  
 
Vu : 
- la directive 92/43/CE du Parlement Européen et du Conseil du 21 mai 1992 ; 
- le code de l’environnement ; 
- le code des relations entre le public et l’administration ; 
- l’arrêté du 2 mai 2018 relatif aux caractéristiques techniques de l'application mentionnée à l'article R. 414-1 du code de justice administrative ; 
- le code de justice administrative. 
 
 
Les parties ont été régulièrement averties du jour de l’audience. 
 
Ont été entendus au cours de l’audience publique : 
- le rapport de Mme Marquesuzaa, conseillère,  
- et les conclusions de Mme Neumaier, rapporteure publique. 
 
 
Considérant ce qui suit :  
 
Par un courrier du 10 octobre 2023, l’association Défense des milieux aquatiques a demandé au préfet des Pyrénées-Atlantiques de réviser le mode d’instruction administrative des demandes de licences de pêche fluviale professionnelle en amont de l’estuaire de l’Adour pour la pêche de poissons migrateurs anadromes valables à partir du 1er janvier 2024. Une décision implicite de rejet, dont l’association Défense des milieux aquatiques demande l’annulation, est née du silence gardé par le préfet des Pyrénées-Atlantiques.    
 
Sur l’office du juge :  
 
Lorsque le juge administratif est saisi d’une requête tendant à l’annulation du refus opposé par l’administration à une demande tendant à ce qu’elle prenne des mesures pour faire cesser la méconnaissance d’une obligation légale lui incombant, il lui appartient, dans les limites de sa compétence, d’apprécier si le refus de l’administration de prendre de telles mesures est entaché d’illégalité et, si tel est le cas, d’enjoindre à l’administration de prendre la ou les mesures nécessaires. Cependant, et en toute hypothèse, il ne lui appartient pas, dans le cadre de cet office, de se substituer aux pouvoirs publics pour déterminer une politique publique ou de leur enjoindre de le faire. 
 
Il incombe à l’administration d’accomplir ses missions dans le respect des règles de droit qui lui sont applicables. Elle doit, à cet effet, faire disparaître de l’ordonnancement juridique les dispositions qui y contreviennent et qui relèvent de sa compétence. Il lui appartient, en outre, de prendre les mesures administratives d’ordre juridique, financier, technique ou organisationnel qu’elle estime utiles pour assurer ou faire assurer le respect de la légalité. Lorsque le juge administratif constate, eu égard notamment à la gravité ou à la récurrence des défaillances relevées, la méconnaissance caractérisée d’une règle de droit dans l’accomplissement de ses missions par l’administration et que certaines mesures administratives seraient, de façon directe, certaine et appropriée, de nature à en prévenir la poursuite ou la réitération, il lui revient, dans les limites de sa compétence et sous la réserve mentionnée au point 2, d’apprécier si le refus de l’administration de prendre de telles mesures est entaché d’illégalité. Cette illégalité ne peut être regardée comme constituée que s’il apparaît au juge qu’au regard de la portée de l’obligation qui pèse sur l’administration, des mesures déjà prises, des difficultés inhérentes à la satisfaction de cette obligation, des contraintes liées à l’exécution des missions dont elle a la charge et des moyens dont elle dispose ou, eu égard à la portée de l’obligation, dont elle devrait se doter, celle-ci est tenue de mettre en œuvre des actions supplémentaires. 
 
Lorsque l’illégalité du refus de l’administration de prendre des mesures est établie, le juge, saisi de conclusions en ce sens, lui enjoint d’y mettre fin par toutes mesures utiles. Il appartient normalement aux autorités compétentes de déterminer celles des mesures qui sont les mieux à même d’assurer le respect des règles de droit qui leur sont applicables. Toutefois, le juge peut circonscrire le champ de son injonction aux domaines particuliers dans lesquels l’instruction a révélé l’existence de mesures qui seraient de nature à prévenir la survenance des illégalités constatées, le défendeur conservant la possibilité de justifier de l’intervention, dans le délai qui a lui été imparti, de mesures relevant d’un autre domaine mais ayant un effet au moins équivalent. Enfin, dans l’hypothèse où l’édiction d’une mesure déterminée se révèle, en tout état de cause, indispensable au respect de la règle de droit méconnue et où l’abstention de l’autorité compétente de prendre cette mesure exclurait, dès lors, qu’elle puisse être respectée, il appartient au juge d’ordonner à l’administration de prendre la mesure considérée. 
 
Enfin, l’effet utile de l’annulation pour excès de pouvoir du refus opposé à la demande de l’association requérante de prendre toute mesure utile permettant de garantir le respect des droits invoqués et d’atteindre certains objectifs, réside dans l’obligation, que le juge peut prescrire d’office en vertu des dispositions de l’article L. 911-1 du code de justice administrative, pour l’autorité compétente, de prendre les mesures jugées nécessaires. Il s’ensuit que lorsqu’il est saisi de conclusions aux fins d’annulation d’un tel refus, le juge de l’excès de pouvoir est conduit à apprécier sa légalité au regard des règles applicables et des circonstances prévalant à la date de sa décision. 
 
Sur la recevabilité des écritures produites en défense : 
 
Aux termes de l’article L. 300-4 du code des relations entre le public et l’administration : « Toute mise à disposition effectuée sous forme électronique en application du présent livre se fait dans un standard ouvert, aisément réutilisable et exploitable par un système de traitement automatisé ». Aux termes de l’article R. 414-1 du code de justice administrative : « Lorsqu'elle est présentée par (…) une personne morale de droit public autre qu'une commune de moins de 3 500 habitants (…), la requête doit, à peine d'irrecevabilité, être adressée à la juridiction par voie électronique au moyen d'une application informatique dédiée accessible par le réseau internet (…) ». 
 
Aux termes de l’article 1er de l’arrêté du 2 mai 2018 relatif aux caractéristiques techniques de l'application mentionnée à l'article R. 414-1 du code de justice administrative : « L'application informatique mentionnée à l'article R. 414-1 du code de justice administrative est une application fondée sur une procédure électronique de transmission utilisant le réseau Internet, dénommée « Télérecours »./ Elle permet aux avocats, (…), aux personnes morales de droit public (…) d'introduire des requêtes, d'échanger avec les juridictions administratives des mémoires, des pièces et des courriers durant la procédure contentieuse et de consulter leur dossier contentieux par voie électronique. La liaison avec le site s'effectue au moyen d'un protocole sécurisé. (…) ». L’article 7 de cet arrêté dispose que « La disposition d'un navigateur Internet usuel dans une version maintenue par l'éditeur est recommandée pour une utilisation optimale de l'application Télérecours. L'utilisation de l'application requiert en outre un logiciel permettant la lecture des documents au format PDF (Portable Document Format). » et l’article 8 précise que « L’application Télérecours accepte les fichiers aux formats PDF, DOC, DOCX (document Word), RTF (Rich Text Format), JPEG (Joint Photographic Expert Group) et ODT (Open Document). Ces fichiers doivent uniquement avoir un contenu statique, être non protégés, et leur taille maximale est fixée à 32 Mo. / Pour les documents comportant une signature électronique, seules les signatures au format PADES des documents PDF peuvent être transmises ». Enfin l’article 9 de l’arrêté indique que l'application Télérecours permet de paramétrer les droits d'accès des personnes habilitées à s'y connecter selon, d'une part, les fonctionnalités qu'elles sont autorisées à utiliser et, d'autre part, les dossiers auxquels elles sont autorisées à accéder. Les fonctionnalités que les personnes sont autorisées à utiliser en tout ou partie comprennent la consultation de l'application, la préparation de la transmission de documents, la validation de la transmission de documents ainsi que la gestion des profils des différents utilisateurs et le paramétrage des subdivisions permettant l'accès aux dossiers.  
 
Les 13 et 26 mars 2025, l’application Télérecours a émis un accusé de réception de l’enregistrement des documents déposés les mêmes jours par le préfet des Pyrénées-Atlantiques, sous un format PDF, conformément aux dispositions précitées de l’arrêté du 2 mai 2018 relatif aux caractéristiques techniques de l'application mentionnée à l'article R. 414-1 du code de justice administrative. L’association requérante n’est pas fondée à se prévaloir des dispositions précitées de l’article L. 300-4 du code des relations entre le public et l’administration au seul motif que le format standardisé du mémoire en défense aurait retardé son analyse, faute d’avoir pu procéder à l’extraction numérique de parties du texte. Par suite, le moyen soulevé en ce sens ne peut qu’être écarté.   
 
 
 
 
 
 
Sur la fin de non-recevoir opposée en défense : 
 
 Il ressort des pièces du dossier que l’association Défense des milieux aquatiques a adressé au préfet des Pyrénées-Atlantiques une demande tendant à ce que soient prises des mesures visant notamment à conditionner l’attribution des licences de pêche à la réalisation d’une évaluation des incidences Natura 2000 de sorte que les décisions de refus qui ont été opposées à l’association requérante ne sauraient être regardées comme une mesure d’organisation interne insusceptible de recours. Il s’ensuit que la fin de non-recevoir opposée en défense doit être écartée.  
 
Sur les conclusions à fin d’annulation : 
 
Aux termes de l’article L. 414-4 du code de l’environnement : « I. Lorsqu'ils sont susceptibles d'affecter de manière significative un site Natura 2000, individuellement ou en raison de leurs effets cumulés, doivent faire l'objet d'une évaluation de leurs incidences au regard des objectifs de conservation du site, dénommée ci-après " Evaluation des incidences Natura 2000" : / 1° Les documents de planification qui, sans autoriser par eux-mêmes la réalisation d'activités, de travaux, d'aménagements, d'ouvrages ou d'installations, sont applicables à leur réalisation ; / 2° Les programmes ou projets d'activités, de travaux, d'aménagements, d'ouvrages ou d'installations ; / 3° Les manifestations et interventions dans le milieu naturel ou le paysage. (…) / III. Sous réserve du IV bis, les documents de planification, programmes ou projets ainsi que les manifestations ou interventions soumis à un régime administratif d'autorisation, d'approbation ou de déclaration au titre d'une législation ou d'une réglementation distincte de Natura 2000 ne font l'objet d'une évaluation des incidences Natura 2000 que s'ils figurent : / 1° Soit sur une liste nationale établie par décret en Conseil d'Etat ; / 2° Soit sur une liste locale, complémentaire de la liste nationale, arrêtée par l'autorité administrative compétente. / IV. Tout document de planification, programme ou projet ainsi que toute manifestation ou intervention qui ne relève pas d'un régime administratif d'autorisation, d'approbation ou de déclaration au titre d'une législation ou d'une réglementation distincte de Natura 2000 peut être soumis à autorisation en application de la présente section et fait alors l'objet d'une évaluation des incidences Natura 2000. Sans préjudice de l'application du IV bis, une liste locale des documents de planification, programmes ou projets ainsi que des manifestations ou interventions concernés est arrêtée par l'autorité administrative compétente parmi ceux figurant sur une liste nationale de référence établie par décret en Conseil d’Etat. / IV bis. Tout document de planification, programme ou projet ainsi que manifestation ou intervention susceptible d'affecter de manière significative un site Natura 2000 et qui ne figure pas sur les listes mentionnées aux III et IV fait l'objet d'une évaluation des incidences Natura 2000 sur décision motivée de l'autorité administrative (…) ». 
  
Il résulte des dispositions du I et du IV bis de l’article L. 414-4 du code de l’environnement, qui ont pour objet de transposer l’article 6 de la directive Habitats, tel qu’interprété par l’arrêt de la Cour de justice de l’Union européenne (CJUE) du 7 septembre 2004, Waddenvereniging et Vogelbeschermingsvereniging (affaire C-127/02), que tout plan ou projet, non directement lié ou nécessaire à la gestion du site Natura 2000, fait l'objet d'une évaluation appropriée de ses incidences sur celui-ci au regard des objectifs de conservation de ce site, lorsqu'il ne peut être exclu, sur la base d'éléments objectifs, que le projet est susceptible d’affecter ledit site de manière significative, individuellement ou en conjugaison avec d'autres plans ou projets. 
 
Par suite, la procédure d’instruction des licences de pêche professionnelle dans le département des Pyrénées-Atlantiques doit donner lieu à une évaluation de leurs incidences sur le site Natura 2000 situé dans son ressort géographique lorsque l’exercice de l’activité de pêche qu’elles permettent est susceptible d’affecter de manière significative les espèces à la protection desquelles ce site est dédié. La circonstance que l’activité de pêche en litige ne figure pas sur les listes prévues au III de l’article L. 414-4 du code de l’environnement ne dispense pas de l’évaluation des incidences lorsque la condition figurant aux I et IV bis de cet article est remplie. 
 
Il ressort des pièces du dossier que le bassin versant de l’Adour s’étend sur quatre départements (Gers, Landes, Pyrénées-Atlantiques et Hautes-Pyrénées) et a été désigné par arrêté du 23 septembre 2016 « Zone Spéciale de Conservation » (zone « FR7200724 - L'ADOUR ») laquelle correspond au parcours de l'Adour depuis la limite des départements des Landes et du Gers en amont jusqu'à l'embouchure à Anglet dans le département des Pyrénées-Atlantiques. Il est constant qu’aucune évaluation des incidences n’a été réalisée à l’échelle du bassin de l’Adour. 
  
En l’espèce, d’une part, selon la liste rouge des espèces protégées en France dressée par l’Union internationale pour la conservation de la nature (UICN) en juillet 2019, la grande alose, dont l’état s’est systématiquement dégradé jusqu’en 2023, a été classée comme espèce en « danger critique d’extinction ». Selon le bilan intermédiaire d’application du PLAGEPOMI du bassin de l’Adour 2015-2019, « la qualité des milieux de vie de cette espèce doit faire l’objet d’une reconquête importante ». L’alose feinte, quant à elle, est identifiée comme une espèce quasi-menacée sur cette liste rouge ce qui signifie qu’il s’agit d’une espèce proche du seuil des espèces menacées ou qui pourrait être menacée si des mesures de conservation spécifiques n’étaient pas prises. S’agissant du saumon atlantique, il a également été identifié comme une espèce quasi-menacée sur cette liste rouge. Depuis l’actualisation de la liste rouge mondiale des espèces menacées le 11 décembre 2023, il est considéré comme en « danger critique d’extinction ». Leur état de conservation est également jugé « défavorable-mauvais » au regard des objectifs de conservation de la directive « Habitats » dans la région Atlantique. 
  
D’autre part, le bilan d’application du PLAGEPOMI de l’Adour 2015-2019 prorogé révèle que « si toutes les espèces françaises de poissons migrateurs amphihalins restent présentes dans le bassin Adour-côtiers, leurs situations respectives sont inégales : (…) préoccupante pour la grande alose, mitigée pour le saumon, et indéterminée pour l’alose feinte et la lamproie fluviatile » et qu’à « des facteurs environnementaux à l’origine de ces états s’ajoutent des sources de mortalité directe (hydroélectricité, pêche) ». A cet égard, pour les espèces pour lesquelles la situation est préoccupante à mauvaise, la question des mortalités directes d’origine anthropique, et notamment celle de l’exploitation par la pêche, prend une acuité encore plus marquée que précédemment. S’agissant plus précisément du saumon, il est précisé que le taux d’exploitation sur les saumons de plusieurs hivers de mer est élevé, tant à la ligne qu’au filet et que le travail en cours sur la détermination de limite de conservation pour l’espèce pourrait amener à réviser le jugement porté sur l’état de cette pression.  
 
Ainsi, les décisions d’attribution des licences de pêche, qui autorisent la capture d’espèces de poissons migrateurs dont l’état de conservation est protégé au regard des objectifs de conservation de ce site, sont susceptibles d’affecter de manière significative le site Natura 2000 de l’Adour. Alors qu’elles doivent, conformément aux dispositions précitées du I et IV bis de l’article L. 414-4 du code de l’environnement, faire l’objet d’une évaluation de leurs incidences au regard des objectifs de conservation du site, il est constant que tel n’est pas le cas des demandes de licences de pêche professionnelle fluviale dans l’Adour. Il s’ensuit que l’association requérante est fondée à soutenir qu’en s’abstenant de prendre toute mesure appropriée de nature à s’assurer de la réalisation d’une telle évaluation puis de sa prise en compte, dans le cadre de l’attribution des licences de pêche, le préfet des Pyrénées-Atlantiques a méconnu les dispositions de l’article L. 414-4 du code de l’environnement.  
 
 
 
 
 
Il résulte de ce qui précède que, sans qu’il soit besoin de se prononcer sur les autres moyens de la requête, l’association Défense des milieux aquatiques est fondée à demander l’annulation de la décision implicite de rejet du préfet des Pyrénées-Atlantiques de réviser le mode d’instruction administrative des demandes de licences de pêche. 
 
Sur les conclusions à fin d’injonction : 
 
L’exécution du présent jugement implique seulement qu’il soit enjoint au préfet des Pyrénées-Atlantiques, dans un délai de six mois à compter de la notification du présent jugement, de prendre toutes mesures utiles de nature à s’assurer du respect des dispositions de l’article L. 414-4 du code de l’environnement dans le cadre de l’attribution des licences de pêche, par notamment la réalisation d’évaluations des incidences Natura 2000 et la  prise en compte de leurs résultats préalablement à une éventuelle délivrance de licence. 
 
Sur les frais liés au litige :  
 
L’association requérante, qui n’est pas représentée par un avocat, ne justifie pas avoir exposé, dans le cadre de la présente instance, des frais. Ses conclusions présentées au titre des dispositions de l’article L. 761-1 du code de justice administrative doivent être rejetées. 
 
 
 
 
D E C I D E : 
 
 
 
 
Article 1er : La décision par laquelle le préfet des Pyrénées-Atlantiques a refusé de réviser le mode d’instruction administrative des demandes de licences de pêche est annulée.   
 
Article 2 : Il est enjoint au préfet des Pyrénées-Atlantiques, dans un délai de six mois à compter de la notification du présent jugement, de prendre toutes mesures utiles de nature à s’assurer du respect des dispositions de l’article L. 414-4 du code de l’environnement, dans le cadre de l’attribution des licences de pêche, par notamment la réalisation d’évaluation des incidences Natura 2000 et la prise en compte de leurs résultats préalablement à une éventuelle délivrance de licence.   
 
Article 3 : Le surplus des conclusions des parties est rejeté.  
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
 
Article 4 : Le présent jugement sera notifié à l’association Défense des milieux aquatiques et à la ministre de la transition écologique, de la biodiversité et des négociations internationales sur le climat et la nature.  
 
Copie en sera adressée, pour information, au préfet des Pyrénées-Atlantiques.   
 
 
Délibéré après l'audience du 5 mars 2026, à laquelle siégeaient : 
 
Mme Madelaigue, présidente, 
Mme Marquesuzaa, conseillère, 
Mme Becirspahic, conseillère. 
 
Rendu public par mise à disposition au greffe le 26 mars 2026. 
 
 
La rapporteure, 
 
A. MARQUESUZAA 
La présidente, 
 
M. MADELAIGUE 
 
La greffière, 
 
M. A... 
 
 
 
La République mande et ordonne à la ministre de la transition écologique, de la biodiversité et des négociations internationales sur le climat et la nature en ce qui la concerne ou à tous commissaires de justice à ce requis en ce qui concerne les voies de droit commun, contre les parties privées, de pourvoir à l'exécution de la présente décision. 
 
Pour expédition conforme : 
La greffière,